Các BV thực hiện theo chương trình kế hoạch công tác hàng năm được Sở Y tế và UBND tỉnh phê duyệt và giao nhiệm vụ. Công tác kiểm tra tài chính của các BV là một nội dung quan trọng trong việc kiểm tra kết quả thực hiện của các BV theo chương trình và kế hoạch hàng năm được giao. Để từ đó hướng tới phát huy những điểm mạnh và ngăn ngừa kịp thời hạn chế các vi phạm pháp luật, vi phạm chức năng và nhiệm vụ được giao, nâng cao ý thức chấp hành quy định, quy chế chuyên môn cũng như quy định về QLTC trong các BV cũng như trong cán bộ công nhân viên.
Công cụ kiểm tra tài chính gồm: Văn bản chính sách liên quan đến quản lý sử dụng nguồn ngân sách, viện phí và BHXH; Kế hoạch triển khai các văn bản, biên bản kiểm toán, trình độ, nghiệp vụ và kinh nghiệm của nhân viên phòng Kế hoạch và tổng hợp và phòng Tài Chính Kế toán; sổ sách tài chính kế toán, việc tham khảo ý kiến người bệnh về tinh thần, thái độ phục vụ của bệnh viện.
Kiểm tra BV là một trong các nội dung quan trọng không thể thiếu được trong công tác QLTC BV. Các bệnh viện xem việc kiểm tra bệnh viện định kỳ theo kế hoạch nhằm đánh giá toàn diện thực trạng về cơ sở hạ tầng, trang thiết bị, hoạt động tài chính và nhân lực BV; chất lượng và hiệu quả công tác khám chữa bệnh, thực hiện Quy chế bệnh viện và các quy định liên quan của Nhà nước trong việc khám, chữa bệnh.
Qua công tác kiểm tra tài chính được thực hiện tốt nên đã đánh giá đúng thực trạng, xác định được những ưu điểm, khuyết điểm một cách khách quan trung thực, tìm ra nguyên nhân của những hạn chế, từ đó đề xuất những giải pháp tích cực trong lĩnh vực tài chính. Quy chế chi tiêu nội bộ của các bệnh viện đã được xây dựng và thông qua hội nghị CBCNV. Có các văn bản như: biên bản hội nghị cán bộ công chức, báo cáo thực hiện nhiệm vụ, phương hướng công tác và các giải pháp thực hiện nhiệm vụ, đánh giá thực hiện nghị quyết hội nghị CBCNV, báo cáo thực hiện nghị định 43/NĐ- CP, thực hiện quy chế chi tiêu nội bộ,... là những căn cứ để thực hiện và kiểm tra việc thực hiện các kế hoạch tài chính.