Việc quản lý sử dụng NSNN của các BVCL tuân thủ theo Luật NSNN và các văn bản, chế độ tài chính hiện hành, trong đó quan trọng nhất là Nghị định 43/2006/NĐ- CP ngày 25/04/2006 của Chính phủ giao quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy biên chế và tài chính đối với tất cả các đơn vị SNCL. Trong những năm vừa qua, việc quản lý sử dụng NSNN tại các BVCL của tỉnh đã có những thay đổi căn bản phù hợp với cơ chế quản lý tài chính hiện hành, theo hướng tăng quyền chủ động quản lý chi tiêu cho các đơn vị, thể hiện trên các mặt:
Về quản lý chi thường xuyên: hàng năm các bệnh viện căn cứ dự toán ngân sách được giao, tổ chức thực hiện xây dựng qui chế chi tiêu nội bộ, thông qua Hội nghị cán bộ, viên chức đầu năm. Dựa trên các định mức chi tiêu mang tính hướng dẫn của Nhà nước như: lương, các khoản mang tính chất lương, lương tăng thêm, các khoản đóng góp BHXH, BHYT, kinh phí công đoàn, công tác phí, hội nghị, chi cho nghiệp vụ chuyên môn, chi trích lập các quỹ,... các đơn vị xây dựng định mức phù hợp với đặc thù và nguồn kinh phí của đơn vị. Qui chế chi tiêu nội bộ trình Sở Y tế rà soát, xem xét, cho ý kiến sau đó Giám đốc đơn vị ra quyết định thực hiện. Qui chế chi tiêu nội bộ là căn cứ để Sở Y tế và các cơ quan chức năng như cơ quan tài chính, KBNN, thanh tra, kiểm toán,... kiểm tra, kiểm soát và xét duyệt quyết toán.
Thực tế hiện nay, công tác quản lý chi tiêu của các BVCL trên địa bàn tỉnh Quảng Trị đều phải thực hiện theo nguyên tắc quản lý như sau: Các khoản chi đều phải có kế hoạch và được duyệt theo đúng các quy định của luật NSNN, chế độ kế toán HCSN, chế độ đấu thầu xây dựng và mua sắm tài sản, các chế độ quy định hiện hành. Các khoản chi phải đúng chế độ, định mức do cơ quan có thẩm quyền quy định và được người đứng đầu các BV duyệt chi.Chứng từ chi kể cả tạm ứng phải được lập theo đúng quy định. Khi thanh toán các khoản chi, tạm ứng phải có đầy đủ chứng từ, hóa đơn hợp pháp.Việc chi phải được hạch toán đúng mục lục NSNN quy định. Không được dùng nguồn kinh phí HCSN để chi cho xây dựng cơ bản, lập quỹ phúc lợi.
Theo công tác quản lý các khoản chi thường xuyên của các BVCL hiện nay được chia ra thành 4 nhóm chính sau: (1) Nhóm I (Chi cho con người): chiếm từ 75% - 79% tổng chi trong kinh phí thường xuyên do NSNN cấp cho các đơn vị và 12%-18% tổng kinh phí nguồn thu viện phí, BHYT. Trong nhóm chi này, các đơn vị dùng để chi bổ sung vào cải cách tiền lương là chủ yếu. (2) Nhóm II (Chi nghiệp vụ chuyên môn): là khoản chi quan trọng ảnh hưởng đến chất lượng KCB. Khoản chi này chiếm tỷ trọng từ 15% - 19% nguồn NSNN cấp cho nhóm chi này dựa trên định mức giường bệnh được giao cho các cơ sở KCB và chiếm 70%-78% tổng nguồn thu viện phí và BHYT, trong đó chủ yếu được sử dụng để mua thuốc, hóa chất, vật tư tiêu hao phục vụ trực tiếp cho người bệnh. (3) Nhóm III (Chi khác): Chiếm tỷ trọng 4% - 5% tổng chi NSNN và 8% - 15% từ nguồn viện phí và BHYT, chủ yếu do ngân sách tiết kiệm được để trích lập quỹ phúc lợi của một số đơn vị nhỏ, nguồn thu hạn chế, tiết kiệm chi từ nguồn kinh phí chi thường xuyên của đơn vị. (4) Nhóm IV (Chi đầu tư phát triển): Nhóm chi này chiếm tỷ trọng thấp chỉ từ 6% – 10% tổng chi NSNN và 10% - 15% nguồn thu viện phí và BHYT. Vì NSNN cấp tương đối ổn định qua các năm, ngân
sách cấp cho nhóm chi này bằng các kênh đầu tư khác nên rất hạn chế trong việc tái đầu tư mua sắm về cơ sở vật chất trang thiết bị máy móc y học hiện đại. Giá trị tài sản trang thiết bị y tế rất lớn nên NSNN đầu tư cho nhóm chi này không thể đáp ứng được nhu cầu của các đơn vị.