Đổi mới phương thức cấp phát kinh phí, thay cho việc cấp vốn ngân sách theo đầu vào bằng việc cấp vốn theo kết quả đầu ra. Nghĩa là, thay cho việc xây dựng kế hoạch ngân sách dựa vào số giường bệnh kế hoạch như hiện nay bằng việc cấp vốn căn cứ vào kết quả đầu ra: bệnh viện đã chăm sóc và chữa khỏi được bao nhiêu bệnh nhân; có bao nhiêu bệnh nhân được khám bệnh...
Kiến nghị UBND tỉnh thực hiện giao quyền tự chủ về biên chế và tài chính đối với đơn vị sự nghiệp y tế công lập với mục tiêu: Nhằm tạo điều kiện để các cơ quan, đơn vị địa phương phát huy quyền chủ động quản lý, tuyển dụng, sử dụng biên chế và sử dụng có hiệu quả kinh phí được giao phục vụ yêu cầu thực hiện nhiệm vụ chính trị của từng cơ quan, đơn vị, tăng thu nhập cho cán bộ công chức, viên chức, góp phần thúc đẩy phát triển kinh tế - xã hội của tỉnh.
Hiện nay, NSNN cấp được tính theo định mức/giường bệnh là rất thấp không đủ cho các BV duy trì các hoạt động thường xuyên. Nguồn NSNN cấp chủ yếu chi cho con người và các hoạt động quản lý của BV, chi phí KCB cho bệnh nhân chủ yếu từ nguồn thu viện phí và BHYT của người bệnh nộp. Hơn nữa nguồn nguồn kinh phí thường xuyên do NSNN cấp hàng năm có tỷ trọng giảm dần, chỉ đáp ứng 30- 40% nhu cầu của các BV trong khi các BV luôn phải đối mặt với tình trạng quá tải bệnh nhân. Các khoản chi NSNN cấp chủ yếu chỉ phục vụ cho các hoạt động trước mắt và ngắn hạn, không có mục tiêu chiến lược phát triển dài hạn. Do vậy hiện tại đối với các BV công việc cân đối ngân sách hoàn toàn phụ thuộc vào cân đối thu-chi ngoài ngân sách.