Bệnh viện công lập là một đơn vị HCSN có thu nên phải tuân thủ các nguyên tắc trích lập các quỹ và sử dụng các quỹ này. Hàng năm, căn cứ vào kết quả hoạt động tài chính, sau khi trang trải các khoản chi phí, thực hiện đầy đủ nghĩa vụ với NSNN theo quy định (thuế và các khoản phải nộp), số chênh lệch thu lớn hơn chi (thu, chi hoạt động thường xuyên và nhiệm vụ nhà nước đặt hàng). Giám đốc các bệnh viện sẽ chủ động quyết định việc trích lập quỹ sau khi thống nhất với tổ chức công đoàn của đơn vị và đưa vào quy chế chi tiêu nội bộ của đơn vị thực hiện theo theo Thông tư số 71/2006/TT-BTC, ngày 09/8/2006 của Bộ Tài Chính hướng dẫn thực hiện Nghị định số 43/2006/NĐ-CP trình tự như sau: (1) Trích tối thiểu 25% số chênh lệch thu lớn hơn chi để lập Quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp. (2) Trả thu nhập tăng thêm cho người lao động, đối với đơn vị tự chủ một phần được quyết định tổng mức thu nhập tăng thêm trong năm nhưng tối đa không quá 2 lần quỹ tiền lương cấp bậc, chức vụ trong năm do nhà nước quy định. Đối với đơn vị tự chủ hoàn toàn được quyết định tổng mức thu nhập tăng thêm trong năm theo quy chế chi tiêu nội bộ của đơn vị. (3) Trích lập Quỹ khen thưởng, Quỹ phúc lợi, Quỹ dự phòng ổn định thu nhập. Đối với Quỹ khen thưởng, Quỹ phúc lợi mức trích tối đa hai quỹ không quá 3 tháng tiền lương, tiền công và thu nhập tăng thêm bình quân trong năm.
triển nâng cao hoạt động SN, bổ sung vốn đầu tư xây dựng cơ sở vật chất, mua sắm trang thiết bị, phương tiện làm việc, áp dụng tiến bộ khoa học công nghệ, huấn luyện nâng cao tay nghề năng lực công tác CBCNV; được sử dụng góp vốn liên doanh, liên kết với các tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước để tổ chức hoạt động dịch vụ phù hợp với chức năng, nhiệm vụ được giao. (2) Quỹ dự phòng ổn định thu nhập: Nhằm mục đích đảm bảo thu nhập tương đối ổn định cho người lao động trong trường hợp nguồn thu bị giảm sút, không đảm bảo kế hoạch đề ra. (3) Quỹ khen thưởng: Dùng thưởng định kỳ, đột xuất cho tập thể, cá nhân trong và ngoài đơn vị theo hiệu quả công việc và thành tích đóng góp vào hoạt động của đơn vị. (4) Quỹ phúc lợi: Dùng để xây dựng, sửa chữa các công trình phúc lợi, chi cho các hoạt động phúc lợi tập thể của người lao động trong đơn vị. Trợ cấp khó khăn đột xuất cho người lao động, kể cả trường hợp nghỉ hưu, nghỉ mất sức, chi thêm cho người lao động trong biên chế thực hiện tinh giản biên chế.