Các văn bản, chế độ quy định định mức chi tiêu đối với các BVCL còn nhiều bất cập như: chính sách thu một phần viện phí, các quy định về chi tiêu công tác phí, hội nghị phí... Vấn đề đặt ra là cần sửa đổi, bổ sung để hoàn thiện hệ thống các văn bản quy định về tài chính cho các đơn vị hành chính sự nghiệp có thu nói chung, trong các bệnh viện công lập nói riêng. Cụ thể là xây dựng một “khung định mức chuẩn” (có tính đến yếu tố đặc thù của mỗi ngành) để các bệnh viện căn cứ vào đó để xây dựng chế độ chi tiêu nội bộ phù hợp với mình nhưng vẫn đảm bảo tính pháp lý.
Thực tế cho thấy việc giao quyền tự chủ cho các BVCL là một chủ trương đúng, nó giúp huy động được nguồn lực to lớn của xã hội để nâng cao chất lượng công tác KCB cho người dân, tạo điều kiện chăm sóc sức khỏe nhân dân. Tuy nhiên, để phát huy những ưu điểm, bổ khuyết những nhược điểm của cơ chế tự chủ tài chính khi thực hiện Nghị định 43/NĐ-CP như đã nêu trên, tác giả có một số đề xuất sau:
Giao quyền tự chủ cho các bệnh viện công lập nhưng vẫn phải đảm bảo đầu tư thích đáng từ NSNN, đảm bảo chủ trương của Đảng là giảm dần sự đóng góp của dân. Về cơ bản Nhà nước phải đảm bảo vốn đầu tư cơ sở hạ tầng, trang thiết bị để các đơn vị có đủ điều kiện chuyên môn thực hiện nhiệm vụ được giao. Tập trung ưu tiên phân bổ từ NSNN cho các đơn vị không có đủ điều kiện và khả năng xã hội hóa như các bệnh viện tuyến huyện...Còn đối với các đơn vị đủ điều kiện xã hội hóa thì NSNN hỗ trợ một phần chi đầu tư, còn lại để đơn vị tự thực hiện huy động vốn từ các nguồn khác của xã hội.
Thực hiện tính đúng tính đủ chi phí các dịch vụ. Cần phân biệt rạch ròi giữa “ khám chữa dịch vụ công” và “khám chữa dịch vụ tư”. Tách bạch các bệnh viện công đâu là thiết bị tài sản công dùng để khám chữa bệnh dịch vụ công, còn khi thực hiện khám chữa bệnh dịch vụ tư thì cần phải tính đúng, tính đủ các khoản chi phí nộp sử dụng tài sản đó vào ngân quỹ nhà nước. Tránh tình trạng dùng tài sản công để sử dụng cho khám chữa bệnh dịch vụ tư để thu tiền phục vụ lợi ích của một nhóm người.
Cần xem xét điều chỉnh các định mức tiêu chuẩn chi tiêu đã lạc hậu để đảm bảo kinh phí cho các đơn vị hoạt động, bên cạnh đó đảm bảo thu nhập cho cán bộ y tế.
Để phù hợp với tình hình hiện nay thì cần có quy định, hướng dẫn cụ thể các chỉ tiêu định lượng để đánh giá kết quả thực hiện nhiệm vụ được giao kết hợp với đánh giá hiệu quả sử dụng kinh phí hàng năm để có cơ sở xem xét giao dự toán thu chi NSNN cho các năm tiếp theo. Bên cạnh đó, các cơ quan chức năng bổ sung hướng dẫn cụ thể về phân cấp, phân quyền trong thực hiện quyền tự chủ về tổ chức bộ máy, biên chế theo Nghị định số 43/2006/NĐ-CP cho các đơn vị để có thể tự chủ trong việc quyết định biên chế hàng năm sát với thực tế, điều kiện đặc thù của từng ngành nghề. Nghị định số 43/2006/NĐ-CP cũng khuyến khích các đơn vị SN chuyển đổi sang hoạt động theo mô hình doanh nghiệp cung cấp dịch vụ công, hoặc thực hiện nhiệm vụ do Nhà nước giao, đặt hàng, trên cơ sở này các cấp có thẩm quyền có thể chuyển đổi phương thức từ việc giao dự toán hàng năm sang phương thức Nhà nước đặt hàng mua hàng, giao kế hoạch tài chính, tự quyết định số người làm việc và trả lương trên cơ sở thang bảng lương của Nhà nước và hiệu quả, chất lượng công việc nhằm nâng cao tính cạnh tranh.
Để việc thực hiện cơ chế tự chủ về tài chính trong các đơn vị sự nghiệp công lập đạt hiệu quả cao, trong thời gian tới Nhà nước cần sớm sửa đổi, bổ sung, ban hành các chế độ chính sách hướng dẫn về việc giao quyền tự chủ để tạo điều kiện cho các đơn vị sự nghiệp thực hiện đồng bộ, đầy đủ quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về tài chính; đồng thời có các quy định cụ thể hơn về thực hiện quyền tự chủ trong từng nội dung, từng lĩnh vực để việc thực hiện thuận lợi và hiệu quả.