Trong những năm qua nhà nước đã có nhiều đổi mới về chính sách QLTC đối với ngành y tế nói chung và các BVCL nói riêng nhằm hỗ trợ cho các BVCL hoạt động có hiệu quả hơn và đáp ứng được mục tiêu công bằng xã hội đối với người dân. Một trong những đổi mới về cơ chế chính sách QLTC là giao quyền tự chủ tài chính cho các BVCL nhằm giúp cho các bệnh viện chủ động trong việc huy động thêm các nguồn lực từ bên ngoài. Nhưng qua thời gian thực hiện đã bộc lộ một số bất cập sau:
Thứ nhất, cơ chế tự chủ về tài chính đã tạo động lực thúc đẩy các bệnh viện công phải tìm mọi cách để tăng nguồn thu, cắt giảm chi tiêu nhưng trong điều kiện quy định về giá thu viện phí của Nhà nước còn ở mức thấp. Do vậy, nhiều bệnh viện có xu hướng lạm dụng việc chỉ định dùng các dịch vụ y tế không cần thiết, làm các xét nghiệm thừa và chỉ định dùng thuốc ngoại đắt tiền cho người bệnh để thu phí dịch vụ cao. Chính điều này đã làm khó khăn cho người bệnh và đưa đến sự lãng phí chung của xã hội. Trong thực tế khi bệnh nhân chuyển từ bệnh viện này sang bệnh viện khác thì các cơ sở KCB đều thực hiện các dịch vụ xét nghiệm, khám lại từ đầu không sử dụng các kết quả trước đó đã làm tăng thêm chi phí chữa bệnh của người dân.
Thứ hai, hiện nay vấn đề y đức trong các bệnh viện công cũng khá nhức nhối, thì việc thực hiện cơ chế tự chủ tài chính lại càng làm vấn đề thêm phức tạp. Nhiều bệnh viện, nhiều cán bộ y tế chỉ quan tâm khám chữa bệnh dịch vụ cao mà ít quan tâm đến bệnh nhân BHYT, bệnh nhân nghèo làm cho mục tiêu quan trọng nhất của các bệnh viện công lập là đảm bảo công bằng xã hội cho người dân không thực hiện được.
Thứ ba, trao quyền tự chủ tự chịu trách nhiệm cho các bệnh viện công lập tất yếu sẽ hình thành thị trường dịch vụ y tế và theo đó là sự cạnh tranh giữa các BV công để thu hút bệnh nhân. Sự cạnh tranh dẫn đến việc đầu tư mua sắm trang thiết bị y tế mang tính cục bộ của từng bệnh viện công, gây ra bất hợp lý về thiết bị y tế của cả hệ thống y tế, hậu quả là lãng phí và kém hiệu quả trong sử dụng thiết bị y tế. Việc cung cấp dịch vụ y tế công cùng gây tình trạng vượt tuyến, kết quả là lãng phí nguồn lực đầu tư cho các bệnh viện tuyến dưới và quá tải ở bệnh viện tuyến trên.