Nguyên tắc về quy định các mức giá thu dịch vụ: Thông tư hướng dẫn của Bộ Tài chính về thực hiện Nghị định 43/2006/NĐ-CP số 71/2006/TT-BTC có xác định một số nguyên tắc: (1) Giá thu DVYT do Giám đốc đơn vị tự quyết định trên cơ sở đảm bảo đầy đủ các chi phí và có tích lũy. (2) Tổng số nguồn thu của các mô hình nêu trên (trừ giường thỏa thuận) được phân bổ như sau: Chi phí tiền thuốc, hóa chất, vật tư tiêu hao, nguyên vật liệu…; Chi phí sửa chữa, bảo trì máy móc, trang thiết bị; Chi phí cho hoạt động dịch vụ như: trả công người lao động, chi phí quản lý, văn phòng phẩm, điện, nước…; Trích khấu hao tài sản để hoàn vốn (hoặc lập quỹ phát triển sự nghiệp); Trả lãi suất theo tỷ lệ vốn góp; Nộp đầy đủ các khoản thuế theo quy định hiện hành; Phần thu nhập còn lại: trích 35% bổ sung nguồn kinh phí hoạt động và trích 65% bổ sung quỹ khen thưởng, phúc lợi.
Nguyên tắc về quản lý tài chính: Nguồn tài chính của các đơn vị sự nghiệp nói chung và các bệnh viện công lập nói riêng được quy định rõ ở Nghị định 43/2006/NĐ-CP điều 21 về nguồn tài chính của đơn vị: Nguồn tài chính phục vụ cho hoạt động chi thường xuyên sự nghiệp y tế gồm 3 nguồn chính như sau:
(1) Nguồn ngân sách nhà nước cấp (trong đó kể cả nguồn viện trợ không hoàn lại cho chi thường xuyên) cấp cho các bệnh viện công lập là nguồn kinh phí quan trọng phục vụ cho công tác KCB, phòng bệnh. Nguồn ngân sách nhà nước cấp (không kể kinh phí mua thẻ BHYT cho người nghèo) cho ngành y tế tỉnh Quảng Trị ngày càng tăng.
Theo số liệu chi ngân sách của tỉnh thì NSNN chi cho y tế chiếm khoảng 5%-9% tổng chi ngân sách của tỉnh. Năm 2008 chi cho y tế từ NSNN chỉ đạt 8%/tổng chi ngân sách của tỉnh. Do đầu tư từ NSNN cho y tế tăng khá mạnh trong 5 năm, ngân sách chi cho y tế thay đổi đáng kể theo hướng tăng tính công bằng nên đến năm 2013 đã đạt đến 10%. NSNN cấp có tăng về số tuyệt đối nhưng mức tăng còn thấp hơn so với nguồn thu viện phí.
Về định mức giường bệnh nội trú và phòng bệnh được Ủy ban nhân dân tỉnh Quảng Trị giao cho các bệnh viện. Ví dụ, năm 2011 định mức giao như sau: tuyến tỉnh: 12 triệu đồng/giường bệnh/năm; tuyến huyện: 11 triệu đồng/giường bệnh/năm.
(2) Nguồn thu sự nghiệp y tế: (gồm: thu một phần viện phí và BHYT; thu phí và lệ phí như: y tế dự phòng, vệ sinh môi trường, kiểm nghiệm dược phẩm; học phí của Trường Trung học Y tế) chiếm tỉ trọng lớn, là nguồn thu chủ yếu của đơn vị. Theo báo cáo quyết
toán của Sở Y tế tỉnh Quảng Trị các năm 2008-2013: bình quân cả giai đoạn từ năm 2008 – 2013 chiếm khoảng 60% - 65% trên tổng chi thường xuyên và có xu hướng ngày càng tăng. Riêng đối với bảo hiểm y tế khả năng khai thác còn rất lớn, có tính chia sẻ rủi ro và đảm bảo công bằng trong khám chữa bệnh.
Giá thu viện phí theo quy định của Thông tư số 14/TTLB, ngày 30/9/1995 của Liên bộ ban hành từ năm 1995 đến nay đã quá lạc hậu, không còn phù hợp với thực tế, lại được lấy làm căn cứ để cơ quan BHXH thanh toán chi phí KCB cho người có thẻ BHYT dẫn đến tình trạng các BV bội chi ngày càng tăng và đã ảnh hưởng đến nguồn tài chính của đơn vị.
Tại Nghị định số 03/NĐ-CP; Nghị định số 204/NĐ-CP; Nghị định 118/NĐ-CP và các Nghị định tăng lương khác của Chính phủ quy định đối với ngành y tế sử dụng tối thiểu 35% số viện phí sau khi trừ thuốc, máu, dịch truyền, hóa chất để thực hiện lương tăng thêm và Thông tư số 02 của Bộ Tài chính quy định sử dụng từ nguồn 35% số thu viện phí để chi cho phụ cấp ưu đãi ngành là chưa hợp lý do giá thu viện phí chưa kết cấu các khoản chi này mà mới chỉ thu một phần chi phí trực tiếp sử dụng cho người bệnh. Do hiện nay chỉ mới thu một phần viện phí nên mức thu chưa được tính đủ và số thu chưa được bù đắp chi phí mà BV đã chi cho người bệnh, cụ thể mức thu chỉ được tính một số chi phí trực tiếp để thực hiện dịch vụ như hóa chất, test, kíp xét nghiệm, phim X quang, vật tư tiêu hao, điện, nước, chưa cho phép thu tiền lương, khấu hao tài sản, chi phí quản lý...Và số thu viện phí thực chất không phải tăng thu cho ngành y tế mà toàn bộ số thu này được sử dụng trực tiếp lại cho người bệnh thông qua việc mua thuốc, máu, hóa chất...
Theo báo cáo quyết toán của Sở Y tế tỉnh Quảng Trị các năm 2008-2013: Số tiền viện phí thu được chủ yếu là tiền thuốc, máu, dịch truyền, vật tư tiêu hao của người bệnh sử dụng, chiếm khoảng 60 – 70% tổng số thu viện phí, nếu phải sử dụng 35% số thu để chi lương tăng thêm, mà khoản chi này ngày càng tăng thì bệnh viện sẽ không còn kinh phí để chi trả cho các hoạt động phục vụ bệnh nhân, sẽ ảnh hưởng đến chất lượng điều trị người bệnh và đơn vị sẽ tiếp tục xuống cấp, tụt hậu do không có ngân sách để hoạt động.
(3) Nguồn thu khác (gồm: thu tiền nhượng máu của bệnh viện truyền máu và huyết học; nguồn thu tài trợ của các tổ chức, cá nhân; nguồn thu sản xuất, cung ứng dịch vụ) bổ sung cho kinh phí hoạt động của đơn vị chiếm khoảng 4% tổng chi thường xuyên (Nguồn báo cáo quyết toán của Sở Y tế tỉnh Quảng Trị các năm 2008-2013)