Dựa trên các tắnh chất của protein có thể tinh sạch bằng các kỹ thuật sắc ký khác nhau: + Sắc ký lọc gel dựa vào kắch thước và khối lượng phân tử protein
+ Sắc ký trao ựổi ion dựa trên khả năng tắch ựiện protein trong môi trường pH nào ựó. + Sắc ký tương tác kỵ nước dựa vào các nhóm kỵ nước trong phân tử protein
+ Sắc ký ái lực dựa trên khả năng gắn với các nhóm chức năng chuyên biệt như tương tác giữa enzyme-cơ chất, enzyme-chất ức chế enzyme, kháng nguyên- kháng thể, DNA- protein.
Mỗi kỹ thuật ựều có các yêu cầu khác nhau về cách chuẩn bị mẫu cho vào cột, dung dịch ựệm pha mẫu, chọn lựa gel thắch hợp, tốc ựộ dòngẦ[101]. Tuy nhiên, việc chọn lựa các kỹ thuật chạy sắc ký như thế nào ựể tinh sạch một protein hoàn toàn chưa biết còn tùy
thuộc rất nhiều vào ựặc tắnh riêng biệt của loại protein ựó. Khoảng 100 tiến trình tinh sạch protein thành công, mỗi tiến trình tinh sạch trung bình cần kết hợp khoảng 4 bước, hiếm có protein nào duy nhất một bước tinh sạch ngay cả protein có nhóm chức năng chuyên biệt (Bonnerjea,1986 ựược trắch bởi Jansson, 1998) [51]. Do ựó, nếu hỗn hợp protein phức tạp ngoài bước tinh sạch sơ bộ cần phải kết hợp các kỹ thuật sắc ký khác nhau mới có thể tách riêng ựược protein cần chiết tách.
để ựánh giá mức ựộ thành công của việc tinh sạch một protein, ựiều quan trọng nhất là chứng minh hoạt tắnh sinh học của nó vẫn hoạt ựộng, cụ thể ựối với enzyme là hoạt tắnh riêng của chúng sẽ ựược tăng lên qua mỗi bước tinh sạch khác nhau. Do vậy cứ qua mỗi bước tinh sạch cần xác ựịnh hoạt tắnh tổng và hàm lượng protein ựể tắnh hoạt tắnh riêng ựặc hiệu. Kết thúc các bước của quy trình tinh sạch thu thập các số liệu, lập bảng tổng kết ựể qua ựó sẽ ựánh giá ựược hiệu quả của một tiến trình tinh sạch protein. Ngoài ra, qua mỗi bước tinh sạch có thể kiểm tra ựộ tinh sạch thông qua ựiện di ựồ bằng kỹ thuật ựiện di SDS-PAGE.
Theo Jansson (1998) việc cải thiện những dụng cụ tinh vi làm cho quá trình phân tắch, tinh sạch protein ngày càng tốt hơn vì ựôi lúc người ta xem việc tinh sạch protein là một nghệ thuật hơn là một ngành khoa học [51]. Quá trình ựầu tư nghiên cứu một cách hiệu quả ựể tinh sạch một protein hoặc một hormon từ một tế bào chiết tách phải trải qua hàng tháng trời, tốn nhiều công sức và tiền của. Vì vậy, sự phát triển các kỹ thuật sắc ký, hệ thống sắc ký tự ựộng, các kỹ thuật ựiện di mới, các hệ thống phân tắch nhanh protein ựã làm gia tăng hiệu quả ựánh giá tiến trình và mức ựộ tinh sạch protein. Tiếp theo sau ựây là các kỹ thuật ựiện di thường sử dụng ựể ựánh giá mức ựộ tinh sạch protein sau khi qua các bước sắc ký hoặc trước khi phân tắch trình tự các amino acid.
1.3.3 Kỹ thuật ựiện di