Cùng với chúa Trịnh ở Đàng Ngoài, ở Đàng Trong cỏc chỳa Nguyễn cũng cho thi hành một chính sách thuế khóa nặng nề, trong đó thuế thân luôn là một gánh nặng đối với nhân dân. Nếu như Đàng Ngoài lúc này, việc thu thuế chưa có một cơ quan chuyên trách riờng thỡ ở Đàng Trong từ cấp phủ, huyện trở xuống, họ Nguyễn đặt thêm một ngạch quan chức – chuyên
trách thu thuế gọi là Bản Đường quan. Ngạch quan chuyên trách thu thuế này rất cồng kềnh, nặng nề và tham nhũng cực độ. Những viên chức thu thuế này trở thành một hệ thống quan liêu biệt lập, không lệ thuộc vào cấp bộ chính quyền địa phương tương đương mà trực thuộc vào nội phủ là cơ quan thu thuế khóa tương đương đóng ở Phỳ Xuõn. Việc tách rời ngạch Bản Đường quan khỏi hệ thống hành chính này làm cho bộ máy quan liêu ở Đàng Trong thêm cồng kềnh và tạo điều kiện cho bọn quan lại thu thuế mặc sức tham ô, nhũng lạm.
Để việc đánh thuế được dễ dàng và đạt hiệu quả cao, chúa Nguyễn cho thi hành phép duyệt tuyển. Theo phép này, cứ 6 năm 1 lần duyệt tuyển lớn gọi là đại điển, 3 năm 1 lần duyệt tuyển nhỏ gọi là tiểu điển. Đến năm duyệt tuyển thì tháng giêng sai các tổng, xã làm sổ hộ tịch, để riêng dõn chớnh hộ là dân chính quán ở xã, và dõn khỏch hộ là dân ngụ cư rồi chia làm các hạng: trỏng, quõn, dõn, lóo, tật, cố, cùng, đào, bất cụ đói với dân thường, đối với những con cháu quan lại, chức sắc không phải là người bản tộc, bản huyện, người Thanh Hóa cũng phân loại đúng cỏc thứ thuế nhân đinh khác nhau.
Ở Thuận Hóa, thuế nhân đinh đánh vào các hạng chính hộ như sau: [14, tr141].
Các hạng đinh Sai dư Cước mễ Thường tân Tiết liệu
Tráng hạng 2 quan 6 tiền 3 tiền 30 đồng
3 tiền 30 đồng Dân hạng 8 tiền 6 tiền 2 tiền 30
đồng
2 tiền 30 đồng
Cố hạng 5 tiền 6 tiền 6 tiền
Bất cụ 5 tiền 6 tiền
Cùng hạng 3 tiền Miễn Miễn Miễn
Quan viên tráng 2 quan 6 tiền 3 tiền 45 đồng
3 tiền 45 đồng Quan viên tử
tôn
1 quan 6 tiền 3 tiền 45 đồng
3 tiền 45 đồng
Nhưng ở Thuận Hóa chỉ có nhân dân ở 5 huyện: Quảng Điền, Phú Vang, Đăng Xương, Hương Trà, Hải Lăng phải nộp đủ 4 thứ thuế thân như trên, cũn cỏc huyện khác có thể được miễn trừ một vài thứ thuế thân để thay bằng những hình thức phục dịch khác cho Nhà nước phong kiến.
Vào đến Quảng Nam, thể lệ thu các thứ thuế thân ngày càng phức tạp hơn và thường thay đổi theo từng phủ, huyện. Ở đây, mỗi phủ họ Nguyễn lập ra 4 trường thu thuế, mỗi trường phụ trách một loại thuế riêng: sai dư, thường tân, tiết liệu và tô ruộng. Vì vậy, nhân dân phải nộp thuế ở nhiều nơi rất phiền phức và phải cung cấp nhiều phí tổn, ngụ lộc cho bọn quan lại thu thuế ở nhiều trường rất nặng nề.
Vì thế, Lê Quý Đôn đã nhận xét rằng: “Lệ phú thuế ở Quảng Nam với
Thuận Hóa, lệ trưng thu so với Thuận Hóa nặng hơn, cho nên số thu vào kho rất nhiều, bổng lộc của quan lại rất nhiều…”[14, tr143].
Từ Phú Yên vào đến Gia Định là miền đất mới khai thác, lúc ban đầu họ Nguyễn có giảm nhẹ các thứ thuế cước mễ, thường tân, tiết liệu nhưng về sau lại tăng lên dần.
Chính sách thuế khóa của họ Nguyễn ở Đàng Trong vốn đã rất nặng nề và phức tạp, sang thế kỷ XVIII lại càng nặng nề hơn, nhằm cung ứng cho nhu cầu xa xỉ của bọn quý tộc và cả bộ máy quan liêu to lớn. Theo Lê Quý Đụn thỡ ở Đàng Trong “hàng năm có trăm thứ thuế, mà trưng thu thì phiền
phức, gian lậu, nhân dân khốn khổ về nỗi một cổ hai tròng”. Vào cuối thế
kỷ XVIII, chính sách thuế thân ngày càng thêm nặng nề.
Không những nhân dân người Việt bị bần cùng kiệt quệ vì chính sách thuế thân nặng nề, phức tạp của họ Nguyễn, mà nhân dân thiểu số ở miền núi và cao nguyên cũng phải đóng thuế thân rất nặng nề. Ví như: miền núi huyện Khang Lộc (Quảng Bỡnh) cú 3 sách người thiểu số là An Đại, An Niễm, Cẩm Lý năm 1774 phải nộp trên 994 quan tiền, riêng tiền thuế là 612 quan. Riờng sách An Đại chỉ có 11 dân đinh mà phải nộp tới 434 quan, trong đó người
nhiều nhất phải nộp 60 quan, người nhất cũng 15 quan…Ngạch thuế thân như vây là nặng nề gấp bội so với thuế thân ở miền xuôi[14, tr254].
Chính sách thuế thân nặng nề của nhà nước phong kiến họ Nguyễn đó gõy lũng bất bình, oán giận sâu sa trong mọi tầng lớp nhân dân Đàng Trong. Những mâu thuẫn trong xã hội Đàng Trong ngày càng sâu sắc dẫn tới những phong trào đấu tranh rộng lớn của nhân dân.