Bên cạnh những mối quan hệ cơ bản trên, Nguyễn Xuân Khánh còn tổ chức một số mối quan hệ nhân vật khác: ông đặt nhân vật của mình ở nhiều mối quan hệ khác nhau nhằm làm nổi bật tư tưởng tác phẩm. Ví dụ: Quan hệ của Thanh Mai với Vua Chiêm - Ba Lậu Kê - Trần Khát Chân - Hồ Nguyên Trừng. Trong mối quan hệ này, Thanh Mai nổi lên là một nhân vật trung tâm kết nối các nhân vật khác. Thanh Mai là một cô gái đã chứng kiến những bước thăng trầm của cả hai nước Chiêm - Việt. Cô bị bắt, đưa về Chiêm Thành khi quân Chế Bồng Nga đánh cướp nước ta. Từ một cô gái bị đưa sang
làm vũ nữ trong triều đình của Chế Bồng Nga, được Chế Bồng Nga sủng ái, rồi trở thành nguyên nhân trực tiếp cho một tên lính Chiêm đào ngũ dẫn đến cái chết của Chế Bồng Nga; cuối cùng lại thành ca nữ trong trại mai của Thượng tướng Trần Khát Chân, thành giai nhân nức tiếng đất Kinh Kỳ - rồi quan hệ của cô với Nguyên Trừng...
Thanh Mai đã xen vào trong quan hệ của đôi bạn tri kỷ Trần Khát Chân - Hồ Nguyên Trừng - những con người luôn bị giằng xé vì tình bạn và nghĩa nước. Nhân vật Thanh Mai đã khiến cho cả hai nhân vật Khát Chân và Nguyên Trừng phải bộc lộ hết mình… Cách tổ chức mối quan hệ nhiều chiều, phức tạp kiểu này đã chứng tá một bút lực mạnh mẽ, sắc sảo của nhà văn Nguyễn Xuân Khánh.
Quan hệ giữa cha con Phạm Sư Ôn - Phạm Sinh cũng mở rộng ra nhiều mối quan hệ với các nhân vật khác và thể hiện chiều sâu tư tưởng tác phẩm. Đó là mối quan hệ giữa Phạm Sinh với Hồ Quý Ly, Sử Văn Hoa, Nguyễn Cẩn, Trần Khát Chân, Sư Vô Trụ, các anh em đồng môn… từ đó, Phạm Sinh hiểu rõ lẽ phải trái ở đời và từ bỏ con đường trả thù cá nhân, mong muốn được trở thành người hữu Ých cho giang sơn, đất nước.
Có thể nói, các nhân vật của Nguyễn Xuân Khánh ở hai cuốn Hồ Quý Ly và Mẫu Thượng Ngàn luôn được đặt trong nhiều mối quan hệ phức tạp, đem lại một thế giới nhân vật vô cùng phong phú - đa dạng - hấp dẫn.