Sau khi nghiên cứu hồ sơ vụ án một cách khách quan, toàn diện và đầy đủ, trên cơ sở kết luận điều tra đề nghị truy tố của CQĐT, thấy đủ căn cứ và cần thiết phải truy cứu trách nhiệm hình sự thì Viện kiểm sát quyết định truy tố bị can ra trước Toà án để xét xử.
Quyết định truy tố của Viện kiểm sát phải trên cơ sở đề nghị truy tố của CQĐT. Viện kiểm sát không truy tố những bị can, tội danh mà CQĐT không khởi tố hoặc đề nghị truy tố. Nếu thấy CQĐT bỏ lọt tội phạm hoặc hành vi phạm tội thì Viện kiểm sát trả hồ sơ cho CQĐT để Điều tra bổ sung. Tuy nhiên, Viện kiểm sát có quyền chấp nhận tồn bộ hay một phần đề nghị truy tố của CQĐT, có thể truy tố theo khoản nặng hơn hoặc nhẹ hơn, có thể đình chỉ đối với từng bị can hoặc từng hành vi phạm tội cụ thể. Ví dụ: CQĐT đề nghị truy tố A về tội Mua bán trái phép chất ma túy theo Khoản 1 Điều 194 BLHS. Qua nghiên cứu hồ sơ thấy A khai đã bán nhiều lần, phù hợp với vật chứng là ma túy và số tiền A đã bán, do vậy Viện kiểm sát truy tố A về tội mua bán trái phép chất ma túy theo Điểm b, Khoản 2 Điều 194 BLHS.
Kiểm sát viên phải chủ động dự thảo cáo trạng để báo cáo Lãnh đạo viện hoặc Kiểm sát viên được Viện trưởng ủy quyền. Thông thường việc trình dự thảo cáo trạng được thực hiện cùng lúc khi Kiểm sát viên báo cáo án.
Bản cáo trạng phải đảm bảo những quy định tại Điều 167 BLTTHS và phải theo mẫu của Viện kiểm sát nhân dân tối cao quy định (mẫu số 107 ban hành ngày 02/01/2008). Trước khi trình Lãnh đạo viện ký cáo trạng, Kiểm sát viên phải kiểm tra kỹ nội dung và hình thức bản cáo trạng, khơng để xảy ra sai sót, khơng được tẩy xóa.
Bản cáo trạng phải được giao cho bị can hoặc người đại diện hợp pháp của bị can tùy theo từng trường hợp cụ thể và phải có ký nhận vào biên bản bàn giao cáo trạng. Bị can có quyền ghi những ý kiến của mình vào biên bản bàn giao sau khi đọc cáo trạng. Bị can cũng có quyền khơng nhận cáo trạng. Trường hợp này Kiểm sát viên có thể mời Giám thị trại giam, Quản giáo xác nhận (nếu bị can đang bị tạm giam) hoặc mời chính quyền địa phương, đại diện gia đình bị can, xác nhận việc bị can không nhận bản cáo trạng (nếu là bị can tại ngoại).Vì nếu khơng có biên bản bàn giao cáo trạng hoặc căn cứ xác định Viện kiểm sát đã thực hiện việc giao cáo trạng thì Tịa án sẽ khơng nhận hồ sơ vụ án.
Theo quy định tại Khoản 3 Điều 166 BLTTHS thì trong thời hạn 3 ngày kể từ ngày ban hành bản cáo trạng, Viện kiểm sát phải chuyển hồ sơ đến Tòa án.
Đối với những vụ án vừa có bị can tạm giam, vừa có bị can tại ngoại thì Kiểm sát viên phải lưu ý: Theo hướng dẫn tại Điểm 8 Mục I Công văn số 81/2002/TANDTC, nếu Viện kiểm sát gặp khó khăn trong việc giao cáo trạng cho bị can tại ngoại thì Tịa án vẫn nhận hồ sơ vụ án nhưng chậm nhất là 15 ngày Viện kiểm sát phải gửi biên bản bàn giao cáo trạng đối với bị can tại ngoại đến Tòa án. Nhưng theo quy định của Nghị quyết số 04/2004/NQHĐTP ngày 05/11/2004 của Hội đồng thẩm phán TANDTC thì Viện kiểm sát khơng được “nợ” biên bản bàn giao cáo trạng nữa. Do đó, Viện kiểm sát phải chủ động dự kiến trước về việc giao cáo trạng cho bị can tại ngoại. Có thể dự kiến ngày ban hành cáo trạng để trước đó gửi giấy triệu tập, có thể đề nghị Điều tra viên, Cơng an phường, xã kết hợp cùng Kiểm sát viên để thực hiện việc giao cáo trạng.
Hồ sơ truy tố của Viện kiểm sát, ngoài các tài liệu hồ sơ điều tra do CQĐT chuyển đến, hồ sơ truy tố của Viện kiểm sát cịn có cả các tài liệu của Viện kiểm sát: Các quyết định áp dụng, thay đổi, hủy bỏ biện pháp ngăn chặn v.v... các lời khai, biên bản xác minh của Kiểm sát viên... cáo trạng và biên bản bàn giao cáo trạng. Các tài liệu trên được đánh số bút lục tiếp theo bút lục của CQĐT và được ghi vào bản kê tài liệu.
Trước khi chuyển hồ sơ đến Tòa án, Kiểm sát viên kiểm tra kỹ lưỡng lại hồ sơ để tránh thiếu sót, nhầm lẫn.