Theo thống kê của Trung tâm Khí tượng thủy văn, mỗi năm, ĐBSCL nhận được lượng nước mặt lên đến 475 tỷ m3, chiếm hơn một nửa tổng lượng nước mặt của cả Việt Nam nhờ điều kiện địa lý thuận lợi: nằm trong khu vực châu Á gió mùa với lưu vực rộng trên 795.000 km2, lượng mưa bình qn lớn và có nguồn nước bổ sung từ dịng sơng Mekong đổ về. Tuy nhiên, nguồn nước mặt ở ĐBSCL hiện nay đối diện nguy cơ ô nhiễm nặng nề do việc sử dụng phân bón, thuốc trừ sâu quá mức (hệ quả của việc thâm canh 3 vụ/năm) cộng thêm hoạt động nuôi trồng, chế biến thủy, hải sản và xả thải công nghiệp. Điều này đặt ĐBSCL trước một nghịch lý: tài nguyên nước dồi dào nhưng lại thiếu nước sạch dùng cho sinh hoạt và sản xuất.
Mỗi năm, có khoảng 40 - 50% diện tích canh tác của ĐBSCL bị ngập mặn trong thời gian 3 - 4 tháng. Vào mùa khơ, 13 tỉnh của ĐBSCL ln ở tình trạng báo động vì thiếu nước tưới khi chênh lệch mức nước ngầm giữa mùa mưa và mùa khô lên đến 12 - 15m. Những điều này càng khiến tình trạng thiếu nước ở ĐBSCL thêm nghiêm trọng.
Theo báo cáo kinh tế thường niên ĐBSCL của Fubright và VCCI, năm 2020, diện tích đất ĐBSCL được sử dụng để sản xuất nông nghiệp là hơn 2,5 triệu hecta (chiếm khoảng 64% tổng diện tích tự nhiên), chủ yếu canh tác lúa nước và nuôi trồng thủy sản nước ngọt, nước lợ và nước mặn. Diện tích canh tác lớn nhưng hạ tầng kỹ thuật phục vụ tưới tiêu trong nông nghiệp lạc hậu, không đủ sức đáp ứng nhu cầu trước tình trạng khơ hạn kéo dài kèm theo nước biển dâng gây ngập mặn.