Được tin quân Nguyên sắp tiến sang, nhà Trần ráo riết chuẩn bị đối phó. Trần Hưng Đạo một lần nữa được phong làm Quốc Công Tiết Chế để lãnh đạo toàn quân.
Tháng 12/1287, quân Nguyên chia hai đường thủy, bộ tiến sang. Quân bộ do Thoát Hoan chỉ huy đánh vào Lạng Sơn rồi tiến xuống. Quân nhà Trần chặn đánh địch ở một số nơi hiểm yếu rồi rút lui. Thoát Hoan sau đó đóng quân tại Vạn Kiếp, xây dựng nơi đây thành căn cứ và chờ đợi tin tức của thủy quân.
Cánh quân đường thủy do Ô Mã Nhi cầm đầu, gồm 600 chiến thuyền, theo sông Bạch Đằng tiến vào. Đi sau Ô Mã Nhi là đoàn thuyền lương của Trương Văn Hổ. Tướng Trần Khánh Dư đã đem quân chặn nhưng bị đánh lui. Ô Mã Nhi cho rằng quân nhà Trần không dám chặn đánh nữa nên hăm hở tiến nhanh đến Vạn Kiếp để hội quân cùng Thoát Hoan, bỏ mặc đoàn thuyền lương đang ì ạch phía sau.
Trần Khánh Dư liền tập hợp số quân còn lại và mai phục tại Vân Đồn. Tại đây, quân ta đã diệt gọn đoàn thuyền lương của Trương Văn Hổ.
Cuối tháng 01/1288, Thoát Hoan sốt ruột không thấy Trương Văn Hổ đến, bèn dẫn quân đánh Thăng Long. Một lần nữa, trước mặt chúng lại là một kinh thành trống không. Quân giặc thiếu lương ăn, tinh thần sa sút nghiêm trọng. Thoát Hoan túng thế lại lui về Vạn Kiếp. Đây cũng là lúc Trần Hưng Đạo xác định thời cơ phản công. Quân ta đánh phá Vạn Kiếp liên tục khiến Thoát Hoan cùng đường phải chia quân làm hai để rút về nước.
Tháng 4/1288, Ô Mã Nhi dẫn thủy quân theo đường cũ rút trước. Chúng không ngờ Trần Hưng Đạo
sợ hãi bỏ Thăng Long. Đến vùng Vạn Kiếp, chúng rơi vào trận địa do Trần Hưng Đạo bố trí sẵn. Trong cơn nguy khốn, Thoát Hoan phải chui vào ống đồng rồi bắt lính khiêng chạy về nước.
Vào lúc này, Toa Đô từ mạn Thanh Hóa kéo quân ra Thăng Long, định hội quân với Thoát Hoan. Hoàng đế Trần Nhân Tông và Thượng hoàng Trần Thánh Tông trực tiếp điều khiển tướng sĩ chặn đánh giặc tại Tây Kết. Quân Nguyên tan vỡ. Toa Đô bị chém đầu.
Sau 6 tháng chiến đấu, quân và dân nhà Trần đã đánh tan hơn nửa triệu quân xâm lược. Trong niềm xúc động và tự hào về những chiến thắng vừa qua, Thượng tướng Thái sư, Chiêu Minh Vương Trần Quang Khải đã sáng tác bài thơ Tụng giá hoàn kinh sư mang đầy khí phách:
“Bến Chương Dương cướp giáo Cửa Hàm Tử bắt thù
Thái bình nên gắng sức Non nước cũ ngàn thu”1.
Cuộc kháng chiến lần thứ ba (1287-1288)
Thất bại năm 1285 khiến hoàng đế nhà Nguyên là Hốt Tất Liệt vô cùng tức tối. Năm 1287, hắn giao cho Thoát Hoan thống lĩnh 30 vạn quân2 sửa soạn sang đánh Đại Việt báo thù. Rút kinh nghiệm hai lần trước, Hốt Tất Liệt chuẩn bị sẵn một lượng lớn quân lương, giao cho Trương Văn Hổ bảo vệ và theo đường biển tiến sang.
1. Trần Quang Khải: Tụng giá hoàn kinh sư (Phò giá về kinh). Bản dịch in trong Bùi Duy Tân (Chủ biên): Hợp tuyển văn kinh). Bản dịch in trong Bùi Duy Tân (Chủ biên): Hợp tuyển văn học trung đại Việt Nam (thế kỷ X-XIX), Sđd, t.1, tr.89.
2. Một số tài liệu ghi là 50 vạn quân.
Được tin quân Nguyên sắp tiến sang, nhà Trần ráo riết chuẩn bị đối phó. Trần Hưng Đạo một lần nữa được phong làm Quốc Công Tiết Chế để lãnh đạo toàn quân.
Tháng 12/1287, quân Nguyên chia hai đường thủy, bộ tiến sang. Quân bộ do Thoát Hoan chỉ huy đánh vào Lạng Sơn rồi tiến xuống. Quân nhà Trần chặn đánh địch ở một số nơi hiểm yếu rồi rút lui. Thoát Hoan sau đó đóng quân tại Vạn Kiếp, xây dựng nơi đây thành căn cứ và chờ đợi tin tức của thủy quân.
Cánh quân đường thủy do Ô Mã Nhi cầm đầu, gồm 600 chiến thuyền, theo sông Bạch Đằng tiến vào. Đi sau Ô Mã Nhi là đoàn thuyền lương của Trương Văn Hổ. Tướng Trần Khánh Dư đã đem quân chặn nhưng bị đánh lui. Ô Mã Nhi cho rằng quân nhà Trần không dám chặn đánh nữa nên hăm hở tiến nhanh đến Vạn Kiếp để hội quân cùng Thoát Hoan, bỏ mặc đoàn thuyền lương đang ì ạch phía sau.
Trần Khánh Dư liền tập hợp số quân còn lại và mai phục tại Vân Đồn. Tại đây, quân ta đã diệt gọn đoàn thuyền lương của Trương Văn Hổ.
Cuối tháng 01/1288, Thoát Hoan sốt ruột không thấy Trương Văn Hổ đến, bèn dẫn quân đánh Thăng Long. Một lần nữa, trước mặt chúng lại là một kinh thành trống không. Quân giặc thiếu lương ăn, tinh thần sa sút nghiêm trọng. Thoát Hoan túng thế lại lui về Vạn Kiếp. Đây cũng là lúc Trần Hưng Đạo xác định thời cơ phản công. Quân ta đánh phá Vạn Kiếp liên tục khiến Thoát Hoan cùng đường phải chia quân làm hai để rút về nước.
Tháng 4/1288, Ô Mã Nhi dẫn thủy quân theo đường cũ rút trước. Chúng không ngờ Trần Hưng Đạo
đã thiết lập sẵn trận thế cho một trận quyết chiến chiến lược ngay tại cửa sông Bạch Đằng. Nhiều cọc nhọn được đóng xuống lòng sông, còn trên bờ, các đạo quân ta đã phục sẵn.
Quân Trần liên tục tập kích khiến Ô Mã Nhi rất vất vả mới đến được Bạch Đằng. Đúng như thời gian ta dự kiến, ngày 09/4/1288, quân ta cho thuyền nhẹ ra khiêu chiến rồi giả thua, nhử địch đuổi theo. Ô Mã Nhi thúc đại quân đuổi theo và rơi vào trận địa mai phục của ta. Đúng lúc ấy, thủy triều rút dần, các chiến thuyền của ta xông ra đánh quyết liệt. Quân Nguyên lúng túng vội rút ra biển. Lúc này thủy triều rút, bãi cọc nhọn nhô cao cản bước chúng. Nhiều thuyền giặc bị chọc thủng rồi vỡ, đắm. Quân Nguyên khiếp hãi chạy lên bờ và bị đại quân nhà Trần đón sẵn, tiêu diệt gọn. Đạo thủy binh của giặc tan tành. Ô Mã Nhi bị bắt sống.
Trong khi Ô Mã Nhi đại bại, cánh quân Thoát Hoan cũng bị đánh cho tơi tả trên đường rút về hướng Lạng Sơn. Hắn cùng đám bại quân phải chật vật lắm mới thoát được.
Ngày 18/4/1288, nhà Trần làm lễ mừng chiến thắng. Nhà Nguyên từ đấy không dám xâm lược nước ta nữa.
Ba mươi năm (1258-1288), ba lần đương đầu với thế lực xâm lược hùng mạnh nhưng quân và dân ta thời Trần vẫn vững vàng vượt qua. Đế chế Mông - Nguyên hung bạo bất khả chiến bại trên thế giới đã bị nước Đại Việt bé nhỏ đẩy lui đến ba lần. Các thắng lợi này là thắng lợi của khối đoàn kết toàn dân tộc dưới sự lãnh đạo tài giỏi của vương triều Trần đang
lúc cường thịnh, trong đó không thể không nhắc đến vai trò chỉ huy thiên tài của bậc đại danh tướng, anh hùng dân tộc Trần Hưng Đạo.