Để quản lý nhà nƣớc đối với hoạt động tôn giáo, thì Nhà nƣớc sử dụng các cơng cụ, phƣơng thức, biện pháp….để định hƣớng, tạo điều kiện cho các tôn giáo hoạt động, đồng thời cũng tiến hành thanh tra, kiểm tra, xử phạt vi phạm đối với các hoạt động tôn giáo (không đúng theo quy định của pháp luật) nhằm thực hiện đƣợc mục tiêu đã đề ra. Để QLNN đối với hoạt động tôn giáo, cần thực hiện quản lý trên các lĩnh vực sau:
Thứ nhất, chia theo tiến trình quản lý nhà nước, gồm [75]:
Một là, xây dƣ̣ng chính sách , ban hành văn bản quy pha ̣m phá p luâ ̣t về tín ngƣỡng, tôn giáo.
Hai là, quy đi ̣nh tổ chƣ́c bô ̣ máy quản lý nhà nƣớc về tín ngƣỡng, tôn giáo. Ba là, tổ chƣ́ c thƣ̣c hiê ̣n chính sách, pháp luật về tín ngƣỡng, tơn giáo. Bốn là, phổ biến, giáo dục pháp luâ ̣t về tín ngƣỡng, tôn giáo.
Năm là, nghiên cƣ́u trong lĩnh vực tín ngƣỡng, tơn giáo; đào ta ̣o, bời dƣỡng cán bộ, công chƣ́c, viên chƣ́c làm công tác tín ngƣỡng, tôn giáo.
Sáu là , thanh tra, kiểm tra , giải quyết khiếu nại , tố cáo và xƣ̉ lý vi pha ̣ m pháp luật về tín ngƣỡng, tơn giáo.
Bảy là, quan hê ̣ quốc tế trong lĩnh vƣ̣c tín ngƣỡng, tôn giáo.
Thứ hai, chia theo nhóm lĩnh vực quản lý liên quan đến tín ngưỡng, tơn giáo gồm:
Một là, quản lý việc đăng ký hoạt động của tổ chức tôn giáo và công nhận tổ chức tôn giáo; chia tách, sáp nhập, hợp nhất các tổ chức tôn giáo trực thuộc; việc đăng ký ngƣời vào tu và hoạt động của dòng tu, tu viện, hội đồn tơn giáo.
Hai là, quản lý việc phong chức, phong phẩm, bổ nhiệm, bầu cử, suy cử; cách chức, bãi nhiệm, thuyên chuyển trong tôn giáo; quản lý về đình chỉ hoạt động tơn giáo.
Ba là, quản lý về đại hội, hội nghị của tổ chức tôn giáo.
Bốn là, quản lý việc đăng ký hoạt động tôn giáo (thƣờng xuyên, đột xuất, ngồi cơ sở tơn giáo).
Năm là, quản lý việc kinh doanh, xuất, nhập khẩu kinh sách tôn giáo và đồ dùng việc đạo; về hoạt động in ấn, xuất bản, phát hành các ấn phẩm tôn giáo.
Sáu là, quản lý việc quyên góp; hoạt động từ thiện nhân đạo của các tôn giáo.
Bảy là, quản lý việc đào tạo, bồi dƣỡng những ngƣời chuyên hoạt động tôn giáo. Nhà nƣớc tạo điều kiện tối đa cho các tổ chức tôn giáo đào tạo chức sắc, nhà tu hành trong nƣớc tại các cơ sở đào tạo đã đƣợc Nhà nƣớc cho phép. Ngoài ra, các tơn giáo có thể cử các nhà chức sắc, nhà tu hành đi đào tạo ở nƣớc ngoài nếu thực sự có nhu cầu. Nhà nƣớc cho phép các giảng viên đƣợc giảng dạy ở các trƣờng đào tạo trong nƣớc.
Tám là, QLNN đối với tài sản, đất đai, cơ sở thờ tự của các tôn giáo luôn đƣợc Nhà nƣớc ta quan tâm và nhất quán thực hiện, đó là việc đảm bảo cho có cơ sở và điều kiện để hành đạo. Nhà nƣớc ta bảo hộ các tài sản hợp pháp của tôn
giáo, nghiêm cấm việc xâm phạm đến tài sản đó. Đối với đất có các cơng trình do cơ sở tơn giáo sử dụng gồm đất thuộc chùa, nhà thờ, trƣờng đào tạo những ngƣời chuyên hoạt động tôn giáo, trụ sở của tổ chức tôn giáo, các cơ sở khác của tôn giáo đƣợc Nhà nƣớc cho phép hoạt động đƣợc sử dụng ổn định, lâu dài và Nhà nƣớc tạo điều kiện cho tổ chức tôn giáo đƣợc cải tạo, nâng cấp, xây dựng mới các cơng trình thuộc cơ sở tơn giáo.
Đối với nội dung này, Nhà nƣớc bảo hộ tài sản hợp pháp thuộc cơ sở tín ngƣỡng, tơn giáo và nghiêm cấm việc xâm phạm các tài sản đó. Chẳng hạn nhƣ chùa, nhà thờ, thánh đƣờng, thánh thất… Đất có các cơng trình do cơ sở tơn giáo sử dụng gồm đất thuộc chùa, nhà thờ hay trụ sở của tổ chức tôn giáo đƣợc Nhà nƣớc cho phép hoạt động và đƣợc sử dụng ổn định lâu dài.
Chín là, quản lý chƣơng trình hành đạo thƣờng xuyên và đột xuất: Hàng năm các tổ chức tơn giáo hợp pháp đăng ký chƣơng trình hoạt động tơn giáo với chính quyền các cấp và đƣợc chính quyền các cấp xem xét tạo điều kiện để sinh hoạt tơn giáo đƣợc diễn ra bình thƣờng tại nơi thờ tự. Những hoạt động tôn giáo thuần tuý đƣợc bảo đảm tự do hành đạo. Những hoạt động mê tín dị đoan nhƣ: lên đồng, bói toán... cần phải đƣợc nhắc nhở, ngăn chặn hoặc giải quyết bằng phƣơng pháp hành chính.
Mƣời là, quản lý các hoạt động quốc tế và đối ngoại tôn giáo: Hoạt động quốc tế của tổ chức, cá nhân tôn giáo phải tuân thủ và phù hợp với chính sách đối ngoại của Nhà nƣớc CHXHCNVN, trên cơ sở tơn trọng độc lập chủ quyền quốc gia, vì hồ bình, ổn định, hợp tác và hữu nghị.
Mƣới một là, quản lý các hoạt động khác của tôn giáo, bao gồm: 1) Quản lý chức sắc tôn giáo: Việc đào tạo chức sắc, nhà tu hành tôn giáo trong các trƣờng phải đƣợc Nhà nƣớc công nhận là bảo đảm sự phát triển bình thƣờng của các tơn giáo, bảo đảm tính kế thừa cho các thế hệ chức sắc, nhà tu hành. Ngƣời đứng đầu các cơ sở đào tạo chức sắc, nhà tu hành tôn giáo chịu trách nhiệm trƣớc pháp luật về mọi hoạt động; 2) Quản lý việc phong chức, bổ nhiệm, thuyên chuyển chức sắc, nhà tu hành tôn giáo. Đối với nội dung này, việc phong chức, phong phẩm, bổ nhiệm, bổ cử, suy cử phải đáp ứng một số điều kiện nhất định và đƣợc thực hiện theo hiến chƣơng, điều lệ của tổ chức tơn giáo; trƣờng hợp có yếu tố nƣớc ngồi thì cịn phải có sự thỏa thuận với cơ quan QLNN về tôn giáo ở
Trung ƣơng; 3) Quản lý việc xử lý các khiếu tố, khiếu nại liên quan đến tôn giáo: Căn cứ theo Luật Khiếu nại, tố cáo và các chính sách tơn giáo của Đảng, Nhà nƣớc để giải quyết ngay từ cơ sở và đúng thẩm quyền của từng cấp quản lý. Xử lý các điểm nóng liên quan đến tơn giáo phải đảm bảo có lý, có tình và đúng pháp luật.
Ngoài ra, những việc đăng ký con dấu, làm con dấu, thay đổi con dấu, tách, nhập tổ chức giáo hội cơ sở, thuyên chuyển chức sắc, lập các hội đoàn đều phải tuân thủ theo qui định của pháp luật hiện hành.