Ban Tơn giáo Chính phủ là cơ quan trực thuộc Bội Nội vụ, có chức năng tham mƣu giúp Bộ trƣởng Bộ Nội vụ quản lý Nhà nƣớc về lĩnh vực tôn giáo trong phạm vi cả nƣớc và thực hiện các dịch vụ thuộc lĩnh vực tôn giáo theo qy định của pháp luật. Ban Tơn giáo Chính phủ là cơ quan tƣơng đƣơng cấp Tổng cục, có tƣ cách pháp nhân, con dấu hình Quốc huy, có tài khoản riêng theo quy định của pháp luật và trụ sở làm việc tại TP. Hà Nội.
Ban Tơn giáo Chính phủ thực hiện các nhiệm vụ: trình Bộ trƣởng Bộ Nội vụ để trình Chính phủ, Thủ tƣớng Chính phủ xem xét quyết định: dự án luật, pháp lệnh, dự thảo nghị quyết của Quốc hội, Ủy Ban Thƣờng vụ Quốc hội, dự thảo nghị định của Chính phủ, dự thảo các quyết định của Thủ tƣớng Chính phủ về công tác tôn giáo; chiến lƣợc, quy hoạch, các chƣơng trình mục tiêu quốc gia, chƣơng trình hành động, đề án, dự án quan trọng về cơng tác tơn giáo. Trình Bộ trƣởng Bộ Nội vụ xem xét quyết định: dự thảo các thông tƣ và các văn bản khác về tôn giáo; kế hoạch dài hạn, năm năm và hằng năm về công tác tôn giáo. Tổ chức thực hiện các văn bản quy phạm pháp luật, chính sách, chiến lƣợc, quy hoạch, kế hoạch, chƣơng trình, đề án, dự án sau khi đƣợc ban hành, phê duyệt. Ban hành các văn bản hƣớng dẫn nghiệp vụ về công tác tôn giáo theo quy định của pháp luật…
Hiện nay, cơ cấu tổ chức bộ máy, biên chế cán bộ của Ban Tôn giáo Chính phủ gồm: Vụ Cơng giáo, Vụ Phật giáo, Vụ Tin lành, Vụ Cao đài, Vụ các tôn giáo
khác, Vụ Hợp tác quốc tế, Vụ Tổ chức cán bộ, Vụ pháp chế-Thanh tra, Văn phịng, Viện Nghiên cứu chính sách Tơn giáo, Tạp chí cơng tác Tơn giáo, Trung tâm Thơng tin, Trƣờng Nghiệp vụ công tác Tôn Giáo.