Bộ máy quản lý là một trong những nhân tố ảnh hƣởng đến công tác quản lý nhà nƣớc về hoạt động tôn giáo. Việc tổ chức tốt bộ máy triển khai có tính quyết định đến việc thực thi và hồn thành các nhiệm vụ đƣợc giao.
Hiện nay, ở cấp Trung ƣơng nƣớc ta có bộ máy đầu mối, chuyên trách về thực hiện công tác quản lý nhà nƣớc về hoạt động tơn giáo là Ban Tơn giáo Chính phủ. Nhiệm vụ của Ban Tơn giáo Chính phủ đƣợc thực hiện theo Quyết định số 06/2015/QĐ-TTg ngày 12/02/2015 của Thủ tƣớng Chính phủ. Cơ cấu tổ chức gồm 10 đơn vị hành chính giúp Trƣởng ban thực hiện nhiệm vụ quản lý nhà nƣớc; 05 đơn vị sự nghiệp phục vụ chức năng quản lý nhà nƣớc của Ban Tơn giáo Chính phủ [76].
Ở cấp địa phƣơng, cơ quan quản lý trực tiếp hoạt động tơn giáo là có Sở Nội vụ là cơ quan tham mƣu có hiệu quả cho Tỉnh ủy, UBND tỉnh về công tác tôn giáo và quản lý nhà nƣớc đối với các hoạt động tôn giáo trên địa bàn tỉnh; Thực sự là cầu nối, giữ mối liên hệ giữa Chính quyền với các tổ chức và cá nhân tôn giáo, tạo ra sự đồng thuận để giữ vững an ninh - chính trị, trật tự, an tồn xã hội trên địa bàn, góp phần quan trọng cho mục tiêu phát triển kinh tế - xã hội của tỉnh. Ủy ban nhân dân cấp xã quản lý hoạt động tín ngƣỡng, tơn giáo, các chức sắc, chức việc, nhà tu hành, ngƣời chun hoạt động tơn giáo, ngƣời do tín đồ bầu ra để hoạt động tôn giáo tại cơ sở thờ tự trên địa bàn xã theo nội dung, chƣơng trình hoạt động tơn giáo hàng năm đã đăng ký với UBND cấp xã…..
Việc tổ chức bộ máy chuyên trách trong công tác quản lý nhà nƣớc về hoạt động tôn giáo là thực sự cần thiết, đây là cơ quan đảm nhận chức năng nghiên cứu, tham mƣu cho Nhà nƣớc các cơ chế, chính sách về hoạt động tơn giáo cũng nhƣ xây dựng văn bản pháp luật về lĩnh vực này. Tổ chức bộ máy QLNN về tôn giáo tại địa phƣơng có ảnh hƣởng rất lớn đối với hiệu lực, hiệu quả QLNN đối với hoạt động tôn giáo hiện nay.