Căn cứ Điều 7 Luật Doanh nghiệp năm 2005, Giấy phép và điều kiện kinh doanh phải được quy định tại văn bản Luật, Pháp lệnh, Nghị định hoặc Quyết định của Thủ tướng Chính phủ. Như vậy, về nguyên tắc, tất cả các Giấy phép và điều kiện kinh doanh khơng có cơ sở pháp lý trong ba văn bản pháp lý trên sẽ khơng có hiệu lực và cần được bãi bỏ.
Tuy nhiên trên thực tế, Luật và Pháp lệnh thường không quy định về Giấy phép hoặc nếu có quy định thì thường mang tính chung chung, khơng rõ ràng. Nội dung quy định về từng loại Giấy phép và điều kiện kinh doanh rất phân tán. Mỗi Giấy phép thường được quy định tại nhiều loại văn bản: Luật, Pháp lệnh của Quốc hội; Nghị định của Chính phủ; Thơng tư, Quyết định của các Bộ, cơ quan ngang Bộ. Phần lớn nội dung chủ yếu và quan trọng được áp dụng trong thực tế thường được quy định tại Thông tư hay Quyết định của các Bộ.
Thực tế cũng cho thấy có nhiều Cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định Giấy phép và điều kiện kinh doanh.Từ đó dẫn đến tình trạng rất khó để có được một quy trình cấp phép thật rõ ràng, minh bạch và nhất quán, đồng thời tạo điều kiện cho việc lạm quyền trong thực tiễn áp dụng. Hậu quả sau cùng và không thể khác từ thực tế trên là làm tăng chi phí kinh doanh và thời gian gia nhập thị trường của Doanh nghiệp. Thực tế trên càng trở nên phức tạp hơn khi khơng có đủ cơ sở pháp lý hay ngun tắc ban hành Giấy phép và điều kiện kinh doanh mới, cụ thể khơng có một cơ chế hợp pháp hay cơng cụ đánh giá tác động pháp lý. Điều này dự đoán khả năng các cơ quan nhà nước sẽ vẫn có thể tự do ban hành Giấy phép và điều kiện kinh doanh mới mà họ cho là cần thiết và thuận lợi cho cơ quan chủ quản trong quá trình quản lý, giám sát.
Ví dụ cụ thể cho thực trạng này là “Văn bản chấp thuận cho Tổ chức tín dụng được thực hiện dịch vụ bao thanh tốn”, Điều 49 Luật các Tổ chức tín dụng số 07/1997/QHX năm 1997 được Quốc hội thông qua ngày 12 tháng
12 năm 1997 (được sửa đổi bổ sung bởi Luật số 20/2004/QH11 ngày 15 tháng 06 năm 2004) quy định: Tổ chức tín dụng được cấp tín dụng cho tổ chức, cá nhân dưới các hình thức cho vay, chiết khấu thương phiếu và các giấy tờ có giá khác, bảo lãnh, cho th tài chính và các hình thức khác theo quy định của Ngân hàng Nhà nước. Theo quy định này, các tổ chức tín dụng khơng phải “xin phép” để thực hiện dịch vụ bao thanh toán. Tuy vậy, Quyết định số 1069/2004/QĐ-NHNN ngày 06 tháng 09 năm 2004 của Ngân hàng nhà nước Việt Nam quy định tổ chức tín dụng phải có văn bản chấp thuận của Ngân hàng nhà nước Việt Nam về việc cung cấp dịch vụ bao thanh toán mới được quyền cung cấp dịch vụ này.
Các quy định về “Giấy phép sử dụng các dịch vụ và ứng dụng Internet của các tổ chức tín dụng” cũng là một minh chứng cho thực trạng trên. Điều 17 Nghị định số 55/2001/NĐ-CP quy định “Căn cứ vào chiến lược, quy
hoạch phát triển Internet tại Việt Nam, Tổng Cục Bưu điện quy định thủ tục, điều kiện cấp phép cung cấp dịch vụ truy nhập và dịch vụ kết nối Internet; Bộ Văn hố thơng tin quy định thủ tục, điều kiện cấp phép cung cấp thông tin Internet; các Bộ, ngành theo lĩnh vực quản lý nhà nước chuyên ngành quy định điều kiện cung cấp các dịch vụ ứng dụng Internet khác”. Tiếp theo đó,
Điều 36 của Nghị định này quy định: “Các Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan
thuộc Chính phủ thực hiện quản lý nhà nước đối với các dịch vụ ứng dụng Internet thuộc lĩnh vực quản lý chuyên ngành của mình, bao gồm:
1. Ban hành và hướng dẫn thực hiện các quy định quản lý đối với việc cung cấp và sử dụng các dịch vụ ứng dụng Internet.
2. Ban hành và công bố danh mục các dịch vụ ứng dụng Internet bị cấm hoặc chưa được phép cung cấp và sử dụng trên Internet”
Trên tinh thần “thực hiện quản lý nhà nước thuộc lĩnh vực quản lý chun ngành của mình”, Thơng tư số 09/2003/TT – NHNN ngày 05 tháng 8
năm 2003 của Ngân hàng Nhà nước Việt Nam đã có quy định về “Giấy phép sử dụng các dịch vụ ứng dụng Internet của các tổ chức tín dụng”. Cụ thể tại Khoản 3 mục II Thông tư này quy định:
“1. … 2. ….
3. Các tổ chức, đơn vị hoạt động trong lĩnh vực Ngân hàng muốn cung cấp dịch vụ ứng dụng Internet phải được Thống đốc Ngân hàng Nhà nước cho phép với các điều kiện sau:
a) Có mục đích rõ ràng;
b) Có thiết kế mạng thơng tin máy tính với đầy đủ thiết bị phục vụ thuận tiện cho việc kiểm tra, kiểm sốt đảm bảo an tồn, bí mật thơng tin;
c) Có đội ngũ cán bộ kỹ thuật tương ứng với yêu cầu của hệ thống.
d) Tuân thủ các quy định về cung cấp, sử dụng dịch vụ ứng dụng Internet.”
Như vậy, để thực hiện việc quản lý, Ngân hàng Nhà nước đã đặt thêm yêu cầu về Giấy phép và thẩm quyền cấp Giấy phép cho riêng mình.
Các ví dụ trên cho thấy quy định có tính ngun tắc u cầu các Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan khác thuộc Chính phủ khơng được quyền ban hành các quy định về Giấy phép và điều kiện kinh doanh không được thực hiện (dù nguyên tắc này được quy định ngay trong Luật Doanh nghiệp năm 1999).
Một thực tế khác là văn bản pháp luật “gốc” là căn cứ pháp lý của một số Giấy phép hoặc điều kiện kinh doanh khi hết hiệu lực do bị thay thế bằng một văn bản pháp luật mới nhưng các Giấy phép và điều kiện kinh doanh có liên quan, được “khai sinh” từ văn bản đó vẫn tiếp tục được áp dụng. Ví dụ, “Giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh xăng dầu nội địa” có căn cứ pháp lý là Nghị định số 11/1999/NĐ - CP ngày 03 tháng 03 năm 1999 nhưng Nghị định này đã được thay thế bởi Nghị định số 59/2006/NĐ- CP quy định chi tiết
Luật thương mại về hàng hoá, dịch vụ cấm kinh doanh, hạn chế kinh doanh và kinh doanh có điều kiện.