Có thể khẳng định, phí cấp phép là vấn đề ít được đề cập trên các diễn đàn khoa học về Giấy phép và điều kiện kinh doanh cũng như từ phía Doanh nghiệp. Dù vậy, trong nhiều trường hợp, xuất phát từ những khó khăn, bất cập nêu trên của Giấy phép và điều kiện kinh doanh, phụ phí được yêu cầu bởi cơ quan nhà nước có thẩm quyền và trong một số trường hợp được chủ động đề xuất bởi chính các Doanh nghiệp như một nỗ lực tài chính vận động cho việc cấp phép hoặc phê duyệt đủ điều kiện kinh doanh. Điều này một phần nguyên nhân dẫn đến nạn tham nhũng và hối lộ ở nước ta. Bảng chỉ số nhận
thức tham nhũng (Corruption Perceptions Index - CPI) do Tổ chức Minh
bạch Quốc tế (Transparency International - TI)thực hiện hàng năm. Bảng chỉ số này xếp thứ tự các quốc gia trên thế giới theo"mức độ tham nhũng được nhận thức tồn tại trong các giới cơng chức và chính trị gia" và “tham nhũng” được định nghĩa là "lạm dụng chức vụ công để hưởng tư lợi" (xem bảng 1).
Bảng 1: Chỉ số nhận thức tham nhũng Việt Nam Nguồn: Cổng thơng tin điện tử Thanh tra Chính phủ
Kết quả đánh giá của bảng chỉ số nhận thức tham nhũng năm 2007 cho thấy: điểm của Việt Nam giữ nguyên ở mức 2,6 so với năm 2006 (trên mức tối đa 10 điểm), nhưng vị trí của Việt Nam trên thế giới đã tụt từ hạng 111 vào năm 2006 xuống hạng 123 trong năm 2007. Chỉ số này được xem là rất cao và tiếp tục ở mức cao so với các nước châu Á như Trung Quốc, Malaysia và Thái Lan. Dù chỉ số này khơng hồn tồn phản ánh về thực trạng tham nhũng trong việc cấp Giấy phép và phê duyệt điều kiện kinh doanh ở Việt Nam nhưng rõ ràng có thể khẳng định sự phức tạp trong thủ tục cấp phép và phê duyệt điều kiện kinh doanh đang làm gia tăng sự tùy tiện, tạo dư địa cho nạn tham nhũng ở nước ta.