Thực tế cho thấy có các trường hợp điển hình về khơng cụ thể, rõ ràng về trình tự cấp phép như sau:
Thứ nhất, không rõ ràng về thời điểm tính thời hạn cấp phép. Như trên
đã đề cập, thời hạn cấp phép được tính từ thời điểm nhận “hồ sơ hợp lệ”.Tuy nhiên điều kiện để một bộ hồ sơ được coi là hợp lệ phụ thuộc rất lớn vào nhận định chủ quan của người tiếp nhận.
Thứ hai, không tuân thủ quy định về thời hạn cấp phép. Phần lớn các
quy định hiện hành thiếu sót quy định về thời hạn cơ quan nhận hồ sơ yêu cầu sửa đổi, bổ sung hồ sơ. Về thời hạn cấp phép, phần lớn các trường hợp đều được pháp luật quy định cụ thể về thời hạn cấp phép: 7 ngày, 10 ngày, 15 ngày, 30 ngày hoặc một thời gian cụ thể dài hơn. Tuy nhiên, do tính khơng cụ thể và rõ ràng về trình tự, thủ tục, hồ sơ cấp phép nên thời hạn dù đã được xác định trước như trên thường không được áp dụng trên thực tế. Phần lớn các quy định hiện hành thiếu nội dung về thời hạn cụ thể theo đó cơ quan cấp phép hoặc phê duyệt đủ điều kiện kinh doanh đưa ra ý kiến trả lời bằng văn bản về tính hợp lệ của hồ sơ; thời hạn để cơ quan cấp phép phải đưa ra yêu cầu sửa đổi bổ sung hồ sơ (nếu có) và sau thời hạn đó đương nhiên hồ sơ của chủ thể xin cấp được coi là hợp lệ.
Thứ ba, phần lớn các quy định về việc xác nhận đã nộp/ đã nhận hồ sơ
chưa rõ ràng. Giấy phép cung cấp thơng tin trên mạng Internet (ICP) là một ví dụ cho nhận định này. Việc xin Giấy phép ICP được thực hiện tại hai cơ quan: Sở Văn hóa – Thể thao – Du lịch và Vụ Báo chí – Bộ Văn hố - Thể thao – Du lịch. Vụ này không cấp Giấy biên nhận hoặc Giấy hẹn xác nhận việc đã
nhận hồ sơ với lý do hồ sơ nộp ở Vụ về việc này không nhiều. Trong cuộc rà sốt 37 Giấy phép kinh doah do Phịng Cơng nghiệp và thương mại Việt Nam (VCCI) thực hiện vào cuối năm 2006, chỉ có duy nhất Giấy phép xây dựng có quy định về việc lập “Giấy biên nhận khi đủ hồ sơ hợp lệ”. Rõ ràng khi không xác nhận đã nhận hồ sơ của cơ quan có thẩm quyền cáp Giấy phép hoặc phê duyệt điều kiện kinh doanh, người xin phép sẽ khơng có căn cứ pháp lý để thực hiện tố quyền của mình khi cơ quan Nhà nước vi phạm quy định về thời hạn cấp phép.
Thứ tư, phần lớn các Giấy phép và điều kiện kinh doanh vẫn chưa được
quy định cụ thể về cách thức và nội dung cơng khai, minh bạch hố các thơng tin về Giấy phép, điều kiện kinh doanh. Riêng với Giấy phép có nhiều bộ phận trong cùng một cơ quan hay nhiều cơ quan khác nhau tham gia vào việc thẩm tra, thẩm định hồ sơ thì trình tự, trách nhiệm, thời hạn cho từng khâu thẩm định này thường không được quy định. Trên thực tế, chủ thể xin phép không thể biết hồ sơ xin phép hiện đang ở đâu, cơ chế để các bộ phận khác nhau đưa ra quyết định cấp phép.
Việc các quy định về Giấy phép và điều kiện kinh doanh thiếu cụ thể và không hợp lý như đã nêu ở trên dẫn đến nhiều tác động tiêu cực trong thực tế áp dụng. Việc cấp phép và xin phép trên thực tế trở nên phức tạp, tốn kém hơn. Cũng bởi các quy định thiếu cụ thể, không đầy đủ nên có dư địa và cơ hội cho việc lạm dụng thẩm quyền của các cơng chức có liên quan. Cũng từ những quy định này, cơ quan nhà nước có thể có quyền cấp phép cho chủ thể này mà từ chối cấp phép cho chủ thể khác với cùng một nội dung tương tự, dẫn đến sự bất bình đẳng về cơ hội kinh doanh của các chủ thể kinh doanh.