Hồ sơ cấp phép là sự thể hiện trên giấy tờ các điều kiện cấp phép. Khi điều kiện cấp phép không cụ thể, thiếu minh bạch, thiếu căn cứ khoa học và khả năng tiên liệu trước thì hồ sơ cấp phép cũng sẽ không tránh được những đặc điểm đó, cụ thể:
Thứ nhất, chưa chuẩn hố về nội dung và hình thức các giấy tờ cần có trong hồ sơ cấp phép. Ví dụ: Quyết định 07/2005/QĐ- BGTVT quy định
hồ sơ mở bến khách ngang sông gồm: (i) Đơn đề nghị cấp Giấy phép hoạt
động bến khách ngang sơng có xác nhận của Ủy ban nhân dân xã, phường nơi mở bến theo mẫu; (ii) văn bản của đơn vị quản lý đường thủy nội địa xác
nhận vị trí bến bảo đảm các điều kiện nêu tại mục 1 phần II; (iii) Bản thiết kế cơng trình bến theo tiêu chuẩn cấp kỹ thuật bến phà đối với bến có phương tiện vận tải ngang sơng được phép chở ô tô. Tuy nhiên bản thân các quy định về các điều kiện kinh doanh nêu trên không đưa ra nội dung Ủy ban nhân dân xã, phường cần xác nhận là gì; trình tự và tiêu chí để Ủy ban nhân dân có căn cứ cấp xác nhận? Tương tự, đối với xác nhận của cơ quan quản lý đường thủy
nội địa, không xác định rõ là cơ quan cấp nào sẽ là cơ quan có thẩm quyền xác nhận nội dung vị trí bến, trình tự, thủ tục và tiêu chí xác nhận?
Thứ hai, khái niệm “hồ sơ hợp lệ” được sử dụng một cách phổ biến nhưng gần như khơng có sự hướng dẫn cụ thể về tính “hợp lệ” của hồ sơ.
Cùng với việc không chuẩn hố về nội dung và hình thức đã làm cho cách hiểu và áp dụng “hồ sơ hợp lệ” trên thực tế trở nên mang nặng tính chủ quan. Thêm vào đó, thời hạn cấp phép được tính từ thời điểm cơ quan cấp phép nhận được “hồ sơ hợp lệ “, không phải từ ngày “nhận hồ sơ”. Ví dụ Đơn đăng ký đầu tư – một loại Giấy tờ trong Hồ sơ đăng ký thành lập Doanh nghiệp và Dự án đầu tư được xây dựng theo mẫu có nội dung “Diện tích đất dự kiến sử dụng”, trường hợp Doanh nghiệp không thuê đất mà thuê trụ sở (thuê nhà hoặc thuê văn phòng trong các tịa nhà), Doanh nghiệp ghi: “Dự án khơng dự kiến thuê đất” lập tức được cán bộ thụ lý trả hồ sơ với lý do “Khơng hợp lệ” bởi theo giải thích của cán bộ này “diện tích đất dự kiến sử dụng” chính là số m2
của ngơi nhà hoặc văn phịng Doanh nghiệp thuê. Vẫn với nội dung tương tự, bộ hồ sơ xin đăng ký thành lập Doanh nghiệp và Dự án đầu tư thứ hai được lập, Doanh nghiệp có trụ sở đi thuê tại tòa nhà kê khai số m2 thuê được trong nội dung trên nhưng cán bộ thụ lý tại bộ phận một cửa (là một người khác) trả lại hồ sơ và yêu cầu ghi rõ
“Doanh nghiệp không thuê đất, dự kiến thuê ….. m2 mặt bằng”.
Thứ ba, trong các giấy tờ tạo thành hồ sơ, tồn tại các giấy tờ thực chất là một Giấy phép tồn tại dưới hình thức “xác nhận”, “chấp thuận”, “đồng ý”, “văn bản thẩm định”…. Đây thực chất là “Giấy phép con” của “Giấy phép”. Và thực tế là các giấy tờ dưới tên gọi “xác nhận”, “chấp thuận”, “đồng ý”, “văn bản thẩm định”… nêu trên phần lớn khơng được quy định về trình tự, thủ tục, điều kiện và thời hạn để được cơ quan nhà nước có thẩm quyền
cấp. Trong nhiều trường hợp, việc xin được các loại giấy phép con để hoàn thành hồ sơ cấp phép cịn khó khăn và mất nhiều thời gian, cơng sức và chi phí hơn so với việc xin Giấy phép chính. Có thể lấy ví dụ đối với trường hợp xin Giấy phép khai thác mỏ. Để có được Giấy phép này, Doanh nghiệp sau khi có đầy đủ nhân công, trang thiết bị, Doanh nghiệp phải làm công văn xin ý kiến của cơ quan quốc phòng và cơ quan du lịch về kế hoạch khai thác mỏ. Tiếp theo, Doanh nghiệp phải đạt công văn chấp thuận về mặt nguyên tắc của Ủy ban nhân dân cấp xã nơi có mỏ. Sau khi có chấp thuận về mặt nguyên tắc của xã, Doanh nghiệp phải lên Ủy ban nhân dân huyện để xin huyện chấp nhận ý kiến của xã. Sau đó, huyện có cơng văn lên Sở Tài nguyên môi trường. Sở Tài ngun Mơi trường giao cho Phịng quản lý khống sản xuống kiểm tra thực địa. Có kết quả khảo sát, Sở Tài nguyên Môi trường làm công văn đề nghị Ủy ban nhân dân tỉnh ký quyết định chấp thuận. Tiếp đó, Ủy ban nhân dân tỉnh phải xin ý kiến của Bộ tài nguyên Môi Trường. Tùy từng loại mỏ, Bộ Tài nguyên Môi trường sẽ quyết định phân cấp để tỉnh cấp phép hoặc Bộ cấp phép. Sau khi có quyết định của Bộ Tài ngun Mơi trường , tỉnh sẽ yêu cầu Doanh nghiệp lập dự án khai thác mỏ, lập báo cáo tác động mơi trường. Hồn thành xong hai văn bản trên, Doanh nghiệp tiếp tục phải đến Trung tâm Đo đạc địa chính đến đo khu vực khai thác. Sau khi hồn thành tất cả các cơng đoạn trên và có ý kiến chấp thuận ở tất cả các cấp, Bộ Tài nguyên Môi trường hoặc Sở Tài nguyên Môi trường tỉnh sẽ cấp phép. Tổng thời gian và chi phí cho tất cả quá trình này trên thực tế đã có trường hợp lấy mất của Doanh nghiệp khoảng thời gian gần 1 năm và chi phí riêng cho việc đi lại để xin phép ước tính là 20 triệu đồng [25, tr. 17].
Một ví dụ khác, ở tỉnh Lạng Sơn, muốn về các huyện Văn Lang, Lộc Bình, Đình Lập tuyển lao động, các Công ty xây dựng và thương mại Traenco, Cty sản xuất và kinh doanh xuất nhập khẩu Prosimex, Cty du lịch và
dầu khí Việt Nam... phải có cơng văn của Sở Lao động Thương binh Xã hội Lạng Sơn chuyển xuống Ủy ban nhân dân các huyện trên. Để có cơng văn này, các Doanh nghiệp trên phải chứng minh mình là Doanh nghiệp có uy tín, phải xuất trình các hồ sơ, giấy phép đưa lao động đi làm việc tại nước ngoài, hợp đồng ký với đối tác, được Cục Quản lý Lao động ngoài nước giới thiệu cũng như phải chứng minh đã đạt "hiệu quả tích cực" trong phối hợp xuất khẩu lao động với các địa phương khác trong tỉnh. Những yêu cầu này đi ngược lại chủ trương tuyển lao động tại các địa phương được Chính phủ khuyến khích và các Doanh nghiệp có Giấy phép đưa lao động đi làm việc tại nước ngoài đã phải tuân thủ đầy đủ các điều kiện trong quá trình xin cấp Giấy phép. Rõ ràng, vì lợi ích cục bộ nhiều tỉnh, huyện, xã đã đặt ra nhiều quy định thậm chí là những mệnh lệnh bằng miệng để gây khó cho Doanh nghiệp. Hợp đồng cung ứng lao động với đối tác nước ngoài đã được ký, nếu không tuyển đủ số lao động, chắc chắn các Doanh nghiệp xuất khẩu lao động sẽ bị phạt. Vì vậy trên thực tế đã có trường hợp các Doanh nghiệp phải trả phần trăm cho chính quyền địa phương đối với mỗi lao động được tuyển để tránh bị phạt hợp đồng từ phía đối tác [17].
Cũng về vấn đề này, thực tế tại tỉnh Hà Nam phản ánh một khía cạnh khác cho thấy thực trạng “phép vua thua lệ làng” trong thực tế “xin” và “cho” Giấy phép. Tỉnh Hà Nam chỉ cho phép 1 Doanh nghiệp tuyển lao động xuất khẩu thực hiện trên địa bàn tỉnh. Điều kỳ lạ hơn là tỉnh này không quan tâm đến chất lượng hoạt động của Doanh nghiệp, thứ hạng hoạt động của Doanh nghiệp trong lĩnh vực đưa người đi lao động. Cũng có địa phương lại áp dụng cơ chế đặt rào cản cho Doanh nghiệp mới,"ưu tiên" Doanh nghiệp cũ. Những trở ngại này là một trong những nguyên nhân làm cho thị trường lao động xuất khẩu mất đi sự cạnh tranh, đồng thời có thể phát sinh những yếu tố khác bất lợi.
