Luật Đất đai năm 1993 cho phép chuyển nh−ợng, chuyển đổi quyền sử dụng đất, do đó Luật thuế chuyển quyền sử dụng đất đ−ợc ban hành ngày 22/6/1994 để điều tiết thu nhập đối với ng−ời chuyển nh−ợng quyền sử dụng đất. Căn cứ tính thuế là diện tích đất chuyển nh−ợng, giá đất và thuế suất với mức, Luật thuế chuyển quyền sử dụng đất năm 1999 đ−ợc ban hành sửa đổi thuế suất với tỷ lệ động viên áp dụng là 2% và 4%.
Kết quả thu thuế chuyển quyền sử dụng đất từ năm 1995 đến năm 2000 là: Năm 1995: 289 tỷ đồng; Năm 1996: 319 tỷ đồng; Năm 1997: 329 tỷ đồng; Năm 1998: 355 tỷ đồng; Năm 1999: 347 tỷ đồng; Năm 2000: 213 tỷ đồng. Tuy nhiên, số thu này ch−a đúng với thực tế đang diễn ra vì những hộ ch−a có giấy
tờ hợp pháp thì họ thực hiện việc chuyển nh−ợng quyền sử dụng đất không qua cơ quan Nhà n−ớc có thẩm quyền.
Theo quy định hiện hành thì các tr−ờng hợp đã chuyển quyền sử dụng đất tr−ớc ngày 1/1/2000 mà có một trong các giấy tờ hợp lệ về quyền sử dụng đất quy định tại khoản 2 Điều 3 Nghị định số 17/1999/NĐ-CP thì ng−ời sử dụng đất chỉ phải nộp thuế chuyển quyền sử dụng đất một lần theo quy định.
Tr−ờng hợp đã chuyển quyền sử dụng đất tr−ớc ngày 1/1/2000 mà không có một trong các giấy tờ hợp lệ về quyền sử dụng đất thì ng−ời sử dụng đất không phải nộp thuế chuyển quyền sử dụng đất mà phải làm thủ tục xin cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất (nộp tiền sử dụng đất). Trong khi trên thực tế phần lớn các hoạt động trao đổi, chuyển nh−ợng quyền sử dụng đất cho nhau chỉ mới có xác nhận của Uỷ ban nhân dân cấp xã và thậm chí là không có, vậy nếu không cho phép ng−ời sử dụng đất nộp thuế chuyển quyền sử dụng đất đối với những tr−ờng hợp đã chuyển nh−ợng cho nhau tr−ớc năm 80 hoặc tr−ớc ngày 15/10/93 là bất hợp lý và gây khó khăn cho ng−ời đang sử dụng đất.
Mặt khác, mục tiêu của thuế chuyển quyền sử dụng đất là điều tiết thu nhập của ng−ời chuyển quyền sử dụng đất có thu nhập cao do chi phí đầu vào khi có đất thấp nay do đô thị hoá hoặc đ−ợc Nhà n−ớc đầu t− xây dựng cơ sở hạ tầng, nâng cấp đô thị làm giá trị đất tăng lên không thực hiện đ−ợc, không khuyến khích phát triển thị tr−ờng bất động sản, không khuyến khích đầu t− vào khai thác quỹ đất, không khuyến khích ng−ời bán, ng−ời mua quyền sử dụng đất tự giác kê khai thực tế giá giao dịch bất động sản. Qua nghiên cứu cho thấy mức nộp thuế chuyển quyền sử dụng đất tính theo giá trị chuyển nh−ợng và tính theo mức giá trị tăng thêm của đất giữa nhận chuyển nh−ợng và chuyển nh−ợng thì thu thuế giá trị tăng thêm của đất điều tiết công bằng đ−ợc thu nhập của ng−ời sử dụng đất, khuyến khích ng−ời sử dụng đất tự giác, kê khai trung thực giá mua, giá bán bất động sản.
3.2.3. Phí và lệ phí