Thực tiễn đổi mới GDĐH ở nước ta thời gian qua cho thấy có nhiều lý do để Nhà nước phải bảo đảm quyền TC&TNXH của các TĐH, đó là:
Thứ nhất, để hạn chế mức độ quản lý và sự can thiệp quá mức của cơ quan QLNN hay các nhóm lợi ích liên quan nào đó vào các hoạt động mang tính chức năng của TĐH, làm hạn chế quyền chủ động, sáng tạo, giảm khả năng phản biện xã hội độc lập hay tạo sự thụ động của TĐH.
Thứ hai, phi hành chính hóa trong quản lý TĐH, làm tăng tính chủ động, khả năng cạnh tranh và hiệu quả hoạt động của TĐH, góp phần thúc đẩy sự phát triển toàn hệ thống GDĐH. Đặc biệt là để phát triển và chuyển giao kiến thức mới, nghiên cứu rộng rãi các vấn đề xã hội, làm tăng sức cạnh tranh quốc gia và giúp Nhà nước xác lập vị thế trong cộng đồng quốc tế.
Thứ ba, để giúp các TĐH vượt qua những thách thức, một là, giữa mặt kinh tế và mặt văn hoá, bởi vì tự chủ giúp TĐH tích cực huy động các nguồn lực từ xã hội nhằm tăng nguồn thu để thực hiện nhiệm vụ đào tạo và NCKH, cung cấp NNL chất lượng cao và cung cấp tri thức trình độ cao đáp ứng nhu cầu phát triển KT-XH. Điều này sẽ thúc đẩy việc tự quản, sự độc lập tư duy, tìm tòi chân lý và tính nghiêm túc khoa học của TĐH; hai là, giữa tính dài hạn và tính ngắn hạn, chấp nhận phương thức quản lý có tính dự báo, những khả năng dự đoán trong việc đáp ứng nhu cầu của xã hội; ba là, giữa sự kiểm soát và tự do, nhờ vào việc thiết lập những phương tiện bảo đảm chất lượng và văn hoá đánh giá.
Thứ tư, bảo đảm cho TNXH của TĐH được thực hiện hiệu quả. Chức năng công cộng to lớn của TĐH buộc TNXH của nó phải được thực hiện. Với vai trò đại diện cho lợi ích toàn xã hội cùng những ưu thế về khả năng định hướng, hỗ trợ hay giám sát, Nhà nước phải nắm giữ trọng trách làm cho trách nhiệm báo cáo, giải trình của TĐH đi vào thực tiễn.
Bảo đảm TNXH của TĐH hiệu quả đòi hỏi Nhà nước phải có khả năng đánh giá tinh tế. Các chỉ số thực hiện hay khung trách nhiệm phải được kết nối cụ thể với mục tiêu, phải được sử dụng như mục tiêu trong việc ra quyết định.
Tuy nhiên, cũng cần thấy rằng việc bảo đảm TNXH không phù hợp, thiếu lý do rõ ràng hay quá mức sẽ làm tăng gánh nặng cho TĐH.
Như vậy, cần phải có cơ chế để TĐH thực sự có quyền tự chủ và có chế tài buộc các trường chịu trách nhiệm về sản phẩm của họ. Việc tăng quyền tự chủ cho TĐH không có nghĩa là trường hoàn toàn có quyền hoạt động không có sự kiểm soát và can thiệp của Nhà nước, mà là gắn kết hơn sự phối hợp giữa tác động của Nhà nước và thẩm quyền của trường dưới sự tham gia, giám sát của các nhóm lợi ích liên quan. Trong đó, Nhà nước rút khỏi việc quản lý trực tiếp các TĐH, đồng thời đưa ra phương thức để kiểm soát trách nhiệm của trường thông qua những cơ chế quản lý trong các lĩnh vực liên quan. Các TĐH không còn cách nào khác là phải đáp ứng các tiêu chí để được cấp kinh phí và các quy định thực hiện, đồng thời tự khẳng định vị thế của mình trong xã hội.