M E5/3 E5/4 E40/3 Ei/10 ĐC
6: E.ictaluri ATTC 3
3.5.2.5. Ảnh hưởng của nồng độ betain
Betain là chất hóa học gây mất ổn định cấu trúc xoắn của ADN, có thể làm giảm sự hình thành cấu trúc thứ cấp trong trình tự giàu GC, giúp ADN có thể chấp nhận ADN polymerase bám vào, do đó nó được sử dụng để nâng cao hiệu quả khuếch
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 M
200 500 500 1000
101
đại của ADN trong phản ứng LAMP. Sự có mặt của 0,1- 1,5 M betain giúp giảm sự chồng chéo của các base, ảnh hưởng không chỉ đến độ nhạy của phản ứng mà còn tăng mục tiêu chọn lọc của enzym polymerase [77].
Năm 2005, Yeh et al. đã công bố khi tăng nồng độ betain thì lượng sản phẩm phản ứng LAMP cũng tăng và sản phẩm phản ứng LAMP bắt đầu giảm khi nồng độ betain trong phản ứng cao hơn 0,6 mM [116]. Trong nghiên cứu này ở nồng độ 0,1 M betain, sản phẩm phản ứng LAMP đã được khuếch đại. Khi nồng độ betain trong các phản ứng tăng lên thì các băng ADN xuất hiện đậm và rõ ràng hơn. Kết quả được trình bày ở hình 3.29 B. Do đó, có thể sử dụng nồng độ betain trong các phản ứng LAMP để khuếch đại một phần gen eip18 là từ 0,1-0,5 mM. Trong nghiên cứu này chúng tôi lựa chọn giá trị nồng độ Betain là 0,1 mM.
Hình 3.29. Ảnh hưởng của tỷ lệ mồi (A) và nồng độ betain (B) đến phản ứng LAMP. M-marker 100 bp.
A: Ảnh hưởng của tỷ lệ mồi ngoài/mồi trong. 1-2: tỉ lệ 1:1; 3-4: tỉ lệ 1:2; 5-6: tỉ lệ 1:3; 7-8: tỉ lệ 1:4; 9-10: tỉ lệ 1:5; 11-12: tỉ lệ 1:6; 13-14: tỉ lệ 1:7; 15-16: tỉ lệ 1:8. B: Ảnh hưởng nồng độ Betain. 1-2: 0 mM tỉ lệ 1:5; 11-12: tỉ lệ 1:6; 13-14: tỉ lệ 1:7; 15-16: tỉ lệ 1:8. B: Ảnh hưởng nồng độ Betain. 1-2: 0 mM
Betain; 3-4: 0,1 mM Betain; 5-6: 0,2 mM Betain; 7-8: 0,3 mM Betain; 9-10: 0,4 mM Betain; 11-12: 0,5 mM Betain; 13-14: 0,6 mM; 15-16: 0,7 mM Betain. Các đường chạy lẻ là đối chứng âm
không có ADN