Giống Paul Bert, Jean Louis de Lanessan – Toàn quyền Đông Dương từ 1891 đến 1894 cũng “chủ trương hợp tác, tranh thủ nhà cầm quyền, đội ngũ quan lại, Nho sĩ Việt, thi hành chính sách lôi kéo, dụ hàng”140
.
Riêng Paul Doumer – Toàn quyền Đông Dương (giai đoạn 1897-1902) không theo chính sách “hợp tác” chính trị mang tính nhân đạo, mị dân giống những người tiền nhiệm nhưng với tư chất của một nhà khoa học lại có tham vọng muốn biến xứ Đông Dương thuộc Pháp thành một “ban công của Thái Bình Dương”141
và Hà Nội thành “một Paris thu nhỏ”142. Do vậy, khi đến nhận chức, Paul Doumer đã phản đối việc phá thành Hà Nội. Ông nói: “Tôi đến quá chậm để cứu lấy những phần đặc sắc, cụ thể là các cổng thành. Những di tích ấy đáng lẽ phải được bảo tồn. Chúng có những đặc trưng quí giá, chỉ như vậy thôi cũng đáng được chúng ta trân trọng. Đó là những kỷ niệm lịch sử gắn bó với nơi đây, chúng có thể làm đẹp cho các khu vực xây dựng mới của Thành phố”143
. Trên tinh thần này, người đứng đầu chính phủ bảo hộ Pháp đã chấp thuận đề nghị của giới sĩ phu người Việt cho di chuyển toàn bộ lực lượng quân sự ra khỏi Văn Miếu và duyệt cấp kinh phí tu sửa để bảo vệ một di tích tiêu biểu bậc nhất của Bắc kỳ.
Tiếp đó, trong nhiệm kỳ cai trị (1902-1907) của mình, Toàn quyền Jean Baptiste Paul Beau đã ký nghị định ngày 15/4/1905 về vấn đề bảo tồn và xếp hạng các di tích tại Hà Nội; Theo nghị định này Văn Miếu Hà Nội là một trong bảy công trình được công nhận là di tích lịch sử của Thành phố144. Đến năm 1925,Văn Miếu tiếp tục được xếp hạng là Di tích lịch sử của Đông