Bái, làm hai cột đá hình bút lông trước cửa điện Đại Thành. Năm 1762, chúa Trịnh Doanh tiếp tục cho sửa: cửa Đại Thành 3 gian 2 chái lợp bằng ngói đồng. Đông vu, Tây vu mỗi dãy đều 7 gian. Đằng sau có cửa nhỏ 1 gian, điện Canh phục 1 gian 2 chái. Nhà bếp 2 gian. Kho tế khí 3 gian 2 chái. Cửa Thái Học 3 gian, có tường ngang lợp bằng ngói đồng. Nhà bia phía Đông và phía Tây mỗi dãy đều 12 gian. Kho để ván khắc in sách 4 gian. Ngoại nghi môn 1 gian xung quanh đắp tường. Cửa Hành Mã ngoài tường 3 gian. Nhà Minh Luân 3 gian 2 chái. Cửa nhỏ bên Tả và bên Hữu đều 1 gian, có tường ngang. Nhà giảng dạy ở phía Đông và phía Tây 2 dãy, mỗi dãy đều 14 gian. Phòng học của học sinh Tam xá ở phía Đông và phía Tây đều 3 dãy mỗi dãy 25 gian mỗi gian 2 người135
. Đến 1785, nhà Thái Học lại được tu sửa. Năm 1771, Nguyễn Hoản khi được giao trông coi Quốc Tử Giám đã cho giải tỏa bớt nhà ở của dân xây dựa lưng vào Hồ Văn, mở rộng đường, cho lát gạch, trồng cây, lập hai bia Hạ mã, làm cho cảnh quan Thái Học thêm phần tôn nghiêm. Đến 1785, Bùi Huy Bích lại cho trùng tu nhà Thái Học. Do biến loạn Lê -Trịnh cuối thế kỷ XVIII, Văn Miếu – Quốc Tử Giám bị hư hỏng nặng.
Thời Tây Sơn (1778-1802): Sau khi lên ngôi, vua Quang Trung đã ra chiếu Khuyến học, dự định thi hành những chính sách cải cách tiến bộ trong đó có những cải cách về giáo dục nhằm đáp ứng nhu cầu phát triển của đất nước. Nhà Vua (trong thư trả lời nông dân trại Văn Chương) đã hứa cho tu sửa lại các tấm bia Tiến sĩ tại Văn Miếu bị quân lính Tây Sơn làm hư hại khi tiến vào giải phóng Thăng Long:
Nay mai dựng lại nước nhà
Bia Nghè lại dựng dưới toà muôn gian136
Song đáng tiếc Ông mất sớm nên dự định đó không kịp thực hiện.