Hoạt động này được duy trì với các mục đích khác nhau. Chính phủ bảo hộ Pháp cho phép tổ chức tế lễ trong khuôn khổ của “chính sách” tôn trọng phong tục của người Việt để lôi kéo họ và giữ lại “một nét đẹp” của xứ thuộc địa. Còn người Việt chủ trương duy trì tế lễ để bảo lưu và cổ vũ cho các truyền thống tốt đẹp của dân tộc mình. Chính vì vậy, việc tế Khổng tại Văn Miếu Hà Nội luôn thu hút sự ủng hộ của đông đảo các sĩ phu và nhân dân Hà thành.
Từ triều Lý đến hết triều Lê, Văn Miếu Thăng Long - Hà Nội là Văn miếu chung của cả nước. Việc tế lễ tại đây được tiến hành long trọng theo đúng điển lễ quốc gia. Đến thời Nguyễn, Văn Miếu Hà Nội chỉ còn là Văn miếu hàng tỉnh nên các qui định về tế lễ tuân theo qui định tế lễ của Văn miếu cấp tỉnh nhưng do việc thờ tự lại giống như ở Văn miếu quốc gia nên các nghi thức, phẩm vật dâng tế có phức tạp hơn ở Văn Miếu hàng tỉnh.
Năm Minh Mạng 18 (1837), nhà Nguyễn định lệ xuân, thu tế ở Văn Miếu và đền Khải Thánh Bắc thành. Lễ ở Văn Miếu dùng trâu, dê, lợn mỗi loại 1 con, xôi, quả, phẩm 3 mâm; Tế các vị Phối hưởng dùng lợn 2 con, xôi 2 mâm, quả phẩm 8 mâm; Tế Tiên triết dùng lợn 1 con, xôi 2 mâm, quả phẩm 4 mâm; Lễ ở đền Khải Thánh: Chính vị dùng lợn 1 con, xôi 1 mâm, quả phẩm 3 mâm.
Trong giai đoạn 1884 - 1945, lễ tế Khổng Tử tại Văn Miếu Hà Nội về cơ bản vẫn theo lệ nhà Nguyễn. Việc tổ chức tế lễ tuy có bị gián đoạn một thời gian do điều kiện chiến tranh song nhìn chung vẫn diễn ra khá đều đặn. Nguyên nhân chính của việc gián đoạn là vì vào năm 1884, Văn Miếu bị quân đội viễn chinh pháp biến thành khu vực quân sự. Thời gian đầu, từ 1884 đến 1888 người Việt vẫn có quyền vào Văn miếu tế lễ. Về sau, để đảm bảo bí mật quân sự, trong giai đoạn từ 7/1888 đến 13/4/1895, quân đội Pháp đã cấm hoàn toàn không cho dân bản xứ vào Văn Miếu cúng tế.
Trước sự phản đối của một số trí thức Pháp và hàng loạt đơn thư khiếu nại của các sĩ phu Hà Nội, Hà Đông về việc Văn Miếu bị binh lính chiếm đóng ; đến ngày13/4/1895, quân đội viễn chinh buộc phải đồng ý cho khôi phục việc tế lễ
tại Văn Miếu Hà Nội. Tuy nhiên phải đến tận sau năm 1904, việc thờ cúng ở đây mới chính thức được phục hồi.
Từ đó, việc tế lễ Xuân Thu nhị kỳ theo nghi lễ cũ ở đây được các chức sắc Hà Đông chủ trì và tiến hành khá chu đáo, đầy đủ. Hàng năm Chính phủ bảo hộ cũng dành một số kinh phí nhất định cho các kỳ tế lễ112
.
Điều bất cập là, Văn Miếu nằm trên địa bàn của Thành phố Hà Nội nhưng việc tế lễ lại do tỉnh Hà Đông phụ trách nên các thủ tục hành chính xin tổ chức các buổi tế phức tạp, rườm rà. Trước mỗi kỳ tế, Thống đốc Hà Đông hoặc đại diện của tỉnh đều phải gửi công văn trình về thời gian, nghi thức tổ chức các buổi tế trong tỉnh lên Công sứ Pháp tại Hà Đông để ông này trình lên Thị trưởng Hà Nội xét duyệt113. Nội dung tờ trình ngày 01/03/1905 ghi rõ:
“Thưa ngài Công sứ,
Xin kính trình lên Ngài kế hoạch tế Xuân sắp tới. Chúng tôi đã có kế hoạch ngày mùng 5 tới (tức mùng 10 tháng 3 âm lịch) tế ở miếu Xã tắc tại đình Cầu Đơ; ngày 14 (tức 19 tháng 3 âm lịch) tế tại miếu Khổng Tử; ngày 18 (tức 23 tháng 3 âm lịch) tế ở miếu Hội đồng.
Chúng tôi xin phép được mổ thịt súc vật, dựng lầu tế, đánh trống, chơi nhạc trong buổi tế. Xin kính trình để ngài biết.
Thưa ngài, miếu Khổng Tử và miếu Hội đồng nằm trên địa phận do Thành phố Hà Nội quản lý. Vậy, đề nghị Ngài báo cáo cho ngài Thị trưởng và ngài Nghị sĩ Hoàn Long biết để họ thông báo cho ngài Giám đốc Sở Cảnh sát và Giám đốc vườn Bách thảo biết ”114.