Như vậy, việc trùng tu Văn Miếu giai đoạn 1904 –1909 được tiến hành trong điều kiện thuận lợi hơn hai đợt trước (trại lính Quảng Yên và trường lính khèn Bắc kỳ đã rút khỏi Văn Miếu, Ngôi miếu đã được trả lại hoàn toàn cho việc tế lễ). Kinh phí tu bổ được lấy từ nguồn ngân sách của chính phủ bảo hộ, thành phố Hà Nội và một phần từ nguồn thu hoa lợi trên các lô đất không phải đóng thuế tại Văn Miếu. Kỹ thuật tu sửa áp dụng phương pháp truyền thống với sự tham gia của nhiều tốp thợ nề, thợ mộc, thợ sơn, thợ làm đồ thờ... đến từ các làng nghề truyền thống xung quanh Hà Nội.
Tuy vẫn còn hạn chế dẫn đến việc để xuất hiện một số cánh cổng bằng sắt “không hợp gì với kiến trúc phương Đông” như tác gia Pháp Aurousseau đã nhận xét164
nhưng đợt trùng tu đã được tiến hành trên qui mô lớn và đạt nhiều kết quả đáng được ghi nhận.
Hàng loạt hạng mục công trình trên toàn Văn Miếu từ khu vực Tứ trụ, cổng chính, Khuê Văn Các, vườn bia tiến sĩ, điện thờ Khổng Tử đến điện Khải Thánh đều được tu sửa. Mặt bằng Văn Miếu được san lấp, phát cỏ, cốt nền các công trình được nâng cao lên 10 cm. Toàn bộ các cánh cửa, khuôn cửa, dui mè, hoành phi, câu đối, bài vị, ngai thờ được sơn thếp lại. Nhiều chủng loại đồ thờ, vật dụng phục vụ tế lễ được sửa chữa, làm mới thêm…vv.
Các số liệu tu sửa giúp chúng ta khẳng định và phát hiện nhiều thông tin mới về Văn Miếu như:
- Khẳng định lại số lượng các danh nhân được thờ tại điện Đại Thành từ xưa đến nay. Trong số 17 bài vị cần sơn son thếp vàng tại miếu Văn Thánh (điện Đại Thành) có:
Bài vị thờ Khổng Tử: 01 cái Bài vị thờ Tứ Phối: 04 cái Bài vị thờ Thập triết: 10 cái
164
Temple de La Paix, Léonard Aurousseau Tạp chí Đông Dương, tập XX- các số ra từ tháng 07 đến tháng 11/1913.
Tổng số = 15 bài vị.
Trong số 02 bài vị còn lại: 01 bài vị là của Chu Tử (Chu Công)165; còn 01 bài vị dự đoán là của Tư nghiệp Quốc Tử Giám Chu Văn An.
- Xác định được danh tính các nhân vật được thờ tại miếu Khải Thánh. Đối chiếu với phần mô tả điện Khải Thánh Hà Nội của G.Dumoutier năm 1887166 và mô tả về việc thờ tự tại điện Khải Thánh ở Long Hồ - Huế trong sách
Đại Nam thực lục167
thì 09 bài vị được sơn son thếp vàng tại đây là các bài vị thờ: Cha mẹ của Khổng Tử, Chu Tử, Trình Tử, Tứ Phối và Trương Tử...
- Cung cấp danh mục chi tiết nhiều hạng mục kiến trúc, hiện vật đã được tu sửa và làm mới từ 1904 đến 1909.
Đồng thời, các tư liệu về đợt tu sửa này cũng làm xuất hiện một nghi vấn cần làm sáng tỏ: tổng số bài vị cần sửa và làm mới của cả Văn Miếu đợt này là 148 cái (gồm: 17 ở miếu Văn Thánh, 9 ở đền Khải Thánh, 1 bài vị Thổ thần, 1 bài vị làm mới và 119 cái khác). Trong khi đó tổng số bài vị của các danh nhân được thờ tại Văn Miếu Hà Nội là 102 cái, cụ thể là:
Khổng Tử : 01 bài vị Chu Công : 01 bài vị Tứ Phối : 04 bài vị Thập Triết : 10 bài vị Thất thập nhị hiền : 72 bài vị