mưu Quân đội viễn chinh Đông Dương gửi Công sứ Toàn quyền Pháp tại Bắc Kỳ, Phông Phủ Thống sứ Bắc kỳ (N0 56737, TL 1078191, F94, tr 9), Trung tâm Lưu trữ Quốc gia I Hà Nội.
vấn đề binh lính Pháp tại Văn Miếu đã và đang tiếp tục gây ra nhiều hậu quả xấu cho Ngôi miếu vừa được trùng tu lại59
. Ông cũng nhắc đến những “hậu quả đáng chê trách” mà học sinh các trường học trong thành phố đã để lại sau khi đến thăm Văn Miếu không theo ngày qui định60
.
Cuối cùng các đơn thư khiếu nại của người Việt cũng đã có hiệu quả. Sau năm 1901, trường lính khèn đã được di chuyển ra khỏi khu vực Văn Miếu. Song trên thực tế, Ngôi miếu vẫn chưa hoàn toàn được trả lại cho việc thờ cúng, tế lễ.
Do dân số Hà Nội gia tăng quá nhanh61, người dân chưa có ý thức giữ gìn vệ sinh, tình hình dịch tễ không đảm bảo nên dịch tả hoành hành hàng năm. Thành phố trải qua hai đại dịch vào năm 1888 và 1914. Đầu năm 1903, dịch tả và dịch hạch xuất hiện62 khiến nhiều người chết. Văn Miếu một lần nữa bị trưng dụng làm bệnh xá để cách ly những người bị mắc dịch và nghi bị mắc dịch63. Sự kiện này kéo dài đến tận tháng 3 năm 1904, sau khi trại cách ly người bệnh mới được xây dựng xong tại Bạch Mai thì tất cả các khu nhà trong Văn Miếu mới được phun thuốc khử trùng và chính thức trả lại cho việc thờ cúng, tế lễ 64
. Chưa hết, trong quá trình chiếm đóng, qui hoạch, xây dựng lại Hà Nội (1888-1940), vườn Giám và hồ Văn (khu ngoại tự của Văn Miếu) đã bị chia cắt khỏi địa phận Ngôi miếu; phần đất ở phía Bắc (thuộc khu vực Quốc Tử Giám xưa) cũng bị chiếm dụng để xây Bảo tàng Mỹ thuật, làm đường phố Duvillier
59
Công văn số 1954 ngày 23/9/1901 của Công sứ Pháp tại Cầu Đơ gửi Công sứ Toàn quyền Bắc Kỳ, Phông Phủ Thống sứ Bắc kỳ (N0