Vốn CTMTQG có thể được cấp phát theo các phương thức sau:
- Cấp phát vốn đầu tư bằng lệnh chi tiền: cơ quan tài chính căn cứ vào kế hoạch chi hàng quý lập lệnh chi tiền yêu cầu cơ quan quản lý quỹ NSNN xuất quỹ NSNN chuyển tiền trực tiếp vào tài khoản tiền gửi của KBNN mở riêng cho chi vốn CTMT.
KBNN căn cứ vào kế hoạch vốn của dự án và tiến độ thực hiện của dự án công trình
để làm thủ tục thanh toán cho đơn vị thụ hưởng. Đối với phương thức cấp phát này thì thời điểm xuất quỹ NSNN và thời điểm thực chi NSNN có sự cách biệt về thời gian
tương đối lớn. Mặt khác, việc xuất quỹ ngân sách cho chi vốn CTMT thường rất lớn,
làm cho ngân sách thường xuyên bị căng thẳng khi nhu cầu chi khác của ngân sách đòi hỏi nhưng tiền vốn của ngân sách thì vẫn tồn đọng trên tài khoản chi vốn CTMT.
- Cấp phát bằng mức vốn đầu tư: hàng quý cơ quan tài chính lập thông báo hạn mức vốn đầu tư (chi tiết theo nguồn vốn đầu tư) gửi KBNN, đây là mức vốn tối đa KBNN được chi trong quý. KBNN căn cứ vào kế hoạch vốn của dự án và tiến độ thực hiện của dự án công trình để làm thủ tục thanh toán cho đơn vị thụ hưởng. Đối với
phương thức cấp phát này thì thời điểm xuất quỹ ngân hàng nhà nước và thời điểm thực chi NSNN là trùng nhau và khắc phục được những hạn chế của phương thức cấp phát vốn đầu tư bằng lệnh chi tiền nhưng vẫn còn hạn chế đó là hạn mức vốn đầu tư
phân theo nguồn vốn đầu tư, do đó không thể dùng hạn mức của nguồn vốn này để
thanh toán cho dự án sử dụng hạn mức của nguồn vốn khác dẫn đến tình trạng có thời
điểm khối lượng thực hiện của dự án chờ tiền do thiếu hạn mức vốn đầu tư.
- Cấp phát theo dự toán: KBNN căn cứ vào dự toán chi NSNN phân bổ cho dự án công trình tiến hành thanh toán cho các đơn vị thụ hưởng theo tiến độ thực hiện của dự
án. Dự toán ngân sách năm của dự án được phân bổ có chia ra theo từng quý và chi tiết theo từng khoản mục. Đây là một phương thức cấp phát có tính chất ưu việt hơn hẳn
hai phương thức cấp phát nêu trên và khắc phục được các hạn chế của các phương
thức cấp phát bằng lệnh chi tiền và mưc vốn đầu tư. Nhưng để thực hiện được phương
thức cấp phát theo dự toán thì việc lập, phân bổ dự toán ngân sách năm cho dự án phải chính xác và mang tính chất ổn định dài hạn.
- Cấp phát bằng hình thức ghi thu ghi chi vốn đầu tư: đây là phương thức cấp
phát mang tính đặc thù so với 3 phương thức trên được sử dụng cho các khoản chi bằng hiện vật, chi bằng hiện vật, chi bằng ngày công lao động cho các công trình, chi vốn đầu tư bằng nguồn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) cho các dự án công trình.
Căn cứ vào số lượng vật liệu, ngày công lao động đã sử dụng vào công trình và giá cả
theo thị trường được duyệt hoặc số vốn đầu tư bằng nguồn hỗ trợ phát triển chính thức
đã giải ngân cho dự án công trình, cơ quan tài chính lập lệnh ghi thu và lệnh chi gửi
KBNN để hạch toán ghi thu ngân sách, ghi chi cấp phát thanh toán vốn đầu tư cho dự
án công trình.