Trong quá trình tổ chức QLNN, trên mỗi lĩnh vực cụ thể, Nhà nước thường tổ chức ra một hệ thống các cơ quan nhất định để thực hiện quyền lực đó. Hệ thống các cơ quan nhà nước này đóng vai trò chính trong sự phối hợp cùng các cơ quan nhà nước khác để thực hiện quyền lực đã được xác định. Để bảo đảm thực hiện quyền công tố trong thực tế đấu tranh chống tội phạm thì Nhà nước ban hành các văn bản pháp luật, trong đó quy định các quyền năng pháp lý thuộc nội dung quyền công tố. Các quyền năng đó, Nhà nước giao cho cơ quan nhà nước nào thực hiện để phát hiện tội phạm và truy cứu TNHS đối với người phạm tội, thì cơ quan ấy được gọi là cơ quan có trách nhiệm thực hành quyền công tố hoặc cơ quan công tố.
Các quy định pháp luật và thực tế tổ chức thực hiện QLNN của các nước trên thế giới cho thấy, dù có tên gọi hoặc vị trí trong cơ cấu bộ máy nhà nước có khác nhau, nhưng mỗi nước chỉ có một cơ quan được giao thực hiện chức năng thực hành quyền công tố. Căn cứ vào vị trí trong bộ máy nhà nước có thể thấy được sự đa dạng về việc tổ chức thực hiện quyền công tố của các nước trên thế giới. Có những nước mà ở đó Cơ quan công tố/VKS nằm trong cơ cấu của Bộ Tư pháp (Hoa Kỳ, Pháp, Bỉ, Nhật Bản, Ba Lan, Ru-ma-ni, Hà Lan, Đan Mạch…); có những nước mà ở đó Cơ quan công tố/VKS nằm trong thành phần của hệ thống tư pháp được đặt tại các Tòa án, nhưng độc lập với Tòa án về chức năng (Tây Ban Nha, Columbia, Bun-ga-ri…); hoặc có
những nước mà ở đó Cơ quan công tố/VKS là một hệ thống riêng biệt, hoặc trực thuộc Quốc hội, hoặc trực thuộc Nguyên thủ quốc gia (Trung Quốc, CHDCND Triều Tiên, Cu Ba, Việt Nam, Lào…). Tuy về cơ cấu tổ chức, dù cơ quan được giao thực hiện nhiệm vụ công tố nằm trong hệ thống hành pháp, tư pháp hoặc lập pháp… nhưng về chức năng thì hoàn toàn độc lập.
Ở Việt Nam, căn cứ vào các quy định pháp luật từ năm 1960 đến nay, thì VKSND chính thức là cơ quan được giao chức năng thực hành quyền công tố. “Không có cơ quan nhà nước nào có thể thay thế ngành kiểm sát để sử dụng quyền công tố; bắt, giam, tha, điều tra, truy tố, xét xử có đúng người, đúng tội, đúng pháp luật hay không, đó chính là việc VKS phải trông nom, bảo đảm cho tốt”7. Thực tiễn tổ chức và hoạt động mấy chục năm qua của VKSND các cấp cho thấy, 100% các vụ án hình sự đều do VKS truy tố và thực hiện sự buộc tội trước phiên toà sơ thẩm, đưa ra lời kết luận của mình tại phiên toà theo các trình tự phúc thẩm, giám đốc thẩm và tái thẩm. Cùng với những hoạt động đó, VKS các cấp còn có trách nhiệm xem xét, bảo đảm cho việc áp dụng, thay thế hoặc huỷ bỏ các biện pháp ngăn chặn được hợp lý và hợp pháp, có quyền khởi tố, yêu cầu khởi tố, xem xét việc khởi tố của Cơ quan điều tra và Toà án.
Theo quy định của pháp luật, tuy Cơ quan điều tra và Toà án các cấp cũng thực hiện việc khởi tố vụ án hình sự, thậm chí số vụ án do Cơ quan điều tra thực hiện việc khởi tố chiếm tới khoảng 96 - 97% số vụ án được khởi tố, nhưng nếu quyết định khởi tố vụ án hình sự của Cơ quan điều tra, của các cơ quan khác được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra không có căn cứ, thì chỉ có VKS mới có quyền quyết định hủy bỏ quyết định khởi tố đó; hoặc chỉ có VKS mới có quyền kháng nghị quyết định khởi tố vụ án hình sự không có căn cứ của Hội đồng xét xử. Cơ quan điều tra có quyền khởi tố, bắt, tạm giam người phạm tội, tiến
QUYềN CôNG Tố VÀ TỔ CHứC THựC HIệN QUYềN CôNG Tố TRONG NHÀ NướC PHÁP QUYềN
hành điều tra thu thập chứng cứ… nhưng phải có sự phê chuẩn của VKS cùng cấp. Tòa án chỉ đưa vụ án ra xét xử trên cơ sở bản cáo trạng, quyết định truy tố của VKS, và chỉ có VKS mới có quyền buộc tội bị cáo tại phiên tòa. Bản án kết tội của Toà án chính là sự chấp nhận lời buộc tội của VKS đối với người phạm tội.
Như vậy, ở Việt Nam, những hoạt động trên đây của VKS hoàn toàn mang tính độc lập, không lệ thuộc vào bất cứ cơ quan nào. Duy nhất chỉ có VKS được giao thực hiện việc truy cứu TNHS, buộc tội đối với bị can, bị cáo và bảo vệ quan điểm truy tố của mình.