Luật Quản lý thuế đã thực sự chuyển từ cơ chế quản lý đối tượng sang cơ chế quản lý theo chức năng. Theo đó, công tác thanh tra thuế cũng thay đổi cả về tổ chức, cơ chế hoạt động và đội ngũ cán bộ làm công tác thanh tra.
Theo Quyết định số 115/2009/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ ngày 28/09/2009, Quyết định số 106/QĐ-BTC ngày 14/01/2010 của Bộ trưởng Bộ Tài chính, Quyết định số 108/QĐ-BTC ngày 14/01/2010 của Bộ trưởng Bộ Tài chính, quyết định số 503/QĐ-TCT ngày 29/03/2010 của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức của hệ thống thanh tra, kiểm tra thuế các cấp thì cơ cấu tổ chức của hệ thống thanh tra thuế bao gồm ba cấp từ trung ương đến địa phương, bao gồm: một Vụ thanh tra Tổng cục Thuế, 77 phòng thanh tra thuộc các Cục Thuế.
Bộ máy thanh tra được tổ chức theo hệ thống dọc, gắn với chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của CQT các cấp (Xem Sơ đồ 3.1. Tổ chức bộ máy thanh tra thuế 2007-2012)
Bộ phận thanh tra thuộc Tổng cục Thuế (Vụ thanh tra): là đơn vị thuộc Tổng cục Thuế, thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành trong phạm vi quản lý Nhà nước của Tổng cục Thuế, có nhiệm vụ chủ yếu là: thực hiện chức năng thanh tra thuế, kiểm tra thuế đối với NNT; thanh tra giải quyết tố cáo về hành vi trốn thuế, gian lận thuế của NNT trong phạm vi quản lý Nhà nước của Tổng cục Thuế.
Sơ đồ 3.1. Tổ chức bộ máy thanh tra thuế 2007-2012
Bộ phận thanh tra Cục Thuế (các phòng thanh tra thuế): là đơn vị thuộc Cục Thuế, thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành thuế trong phạm vi quản lý Nhà nước địa phương của Cục Thuế. Phòng thanh tra thuế chịu sự quản lý, chỉ đạo trực tiếp của Cục trưởng Cục Thuế và sự chỉ đạo về công tác nghiệp vụ thanh tra của Thanh tra Tổng cục Thuế. Phòng thanh tra thuế có nhiệm vụ: giúp Cục trưởng Cục Thuế triển khai thực hiện công tác thanh tra thuế trong việc chấp hành pháp luật thuế; giải quyết tố cáo về hành vi trốn lậu thuế, gian lận thuế liên quan đến NNT thuộc phạm vi Cục Thuế quản lý.
Tổ chức bộ máy thanh tra thuế tùy theo tình hình thực tế tại mỗi địa phương (chủ yếu tại các Cục Thuế). Nếu như trước đây Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh được thành lập 03 phòng thanh tra thuế thì nay được thành lập không quá 04 phòng thanh tra thuế. Cục Thuế thành phố Hà Nội được phép thành lập 04 phòng thanh tra. Đối với các Cục Thuế địa phương khác, số lượng phòng thanh tra được phép thành lập phụ thuộc vào các ngưỡng mới như số thu hàng năm hoặc số lượng NNT