Thanh tra thuế đóng vai trò quan trọng trong việc đạt được các mục tiêu của CQT, đó là chống thất thu thuế, phát hiện ra các gian lận, sai sót, khuyến khích NNT tuân thủ tự nguyện, phát hiện ra những bất cập của chính sách thuế để kiến nghị sửa đổi cho phù hợp... Nhìn chung, thanh tra thuế có những vai trò chủ yếu sau đây:
Thứ nhất, thanh tra thuế góp phần nâng cao hiệu lực, hiệu quả quản lý Nhà nước trong lĩnh vực thuế.
Nhà nước thực hiện quản lý thuế thông qua hệ thống các luật, các chính sách, chế độ quản lý để điều chỉnh các quan hệ và thậm chí có thể cưỡng chế các tổ chức và cá nhân trong xã hội phải tuân thủ nhằm bảo vệ các lợi ích của Nhà nước. Trong đó thanh tra thuế được sử dụng như một công cụ để đảm bảo pháp luật thuế được thực thi nghiêm túc, quyền và lợi ích Nhà nước, của NNT được bảo đảm. Thanh tra thuế nhằm kiểm soát việc chấp hành pháp luật thuế của NNT, giúp phòng
ngừa, phát hiện và xử lý các hành vi vi phạm pháp luật về thuế. Thanh tra thuế là một trong những công cụ rất quan trọng và hữu hiệu để đảm bảo hiệu lực quản lý Nhà nước, thiết lập kỷ cương xã hội.
Thực tiễn chỉ ra rằng, hiệu lực quản lý của Nhà nước trong lĩnh vực thuế tùy thuộc vào nội dung, chất lượng và biện pháp tổ chức thực hiện các quyết định của CQT. Để các quyết định của CQT được NNT tuân thủ và chấp hành một cách chính xác, đầy đủ, CQT phải đề ra quy trình thực hiện quyết định- là quy trình quản lý thuế. Trong quy trình đó không thể thiếu được hoạt động thanh tra thuế. Thanh tra thuế là để đánh giá, nhận xét tình hình chấp hành pháp luật thuế và các kết quả thực hiện quyết định quản lý thuế, làm rõ nguyên nhân, xác định trách nhiệm thuộc khâu nào, thuộc ai để chấn chỉnh hoặc xử lý (khi có hành vi vi phạm), với ý nghĩa đó, thanh tra thuế thực chất đã góp phần nâng cao hiệu quả quản lý Nhà nước trong lĩnh vực thuế.
Thứ hai, thanh tra thuế nhằm hạn chế, chống thất thu thuế, hạn chế trốn- tránh, gian lận thuế. Điều này xuất phát từ nguyên tắc hiệu quả và mục đích chống gian lận, chống thất thu cho NSNN của thanh tra thuế. Hàng năm, thanh tra thuế truy thu, truy hoàn và phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế đã góp phần động viên số thu không nhỏ cho NSNN. Với các thủ đoạn ngày càng tinh vi và phức tạp, một số NNT cố tình trốn-tránh nghĩa vụ khai, nộp thuế, thanh tra thuế giúp minh bạch và kiểm soát để lượng tiền thuế này không bị thất thoát, chiếm dụng, giảm ý đồ không tuân thủ, giảm hành vi gian lận thuế, nâng cao ý thức đóng góp tự nguyện đầy đủ của NNT làm tăng thu cho NSNN.
Thứ ba, thanh tra thuế đảm bảo NNT chấp hành tốt pháp luật thuế: Thanh tra thuế với tính chất chuyên sâu và tổ chức hoạt động một cách chuyên nghiệp, có tác dụng hữu hiệu ngăn chặn, phòng ngừa các hành vi vi phạm pháp luật về thuế, buộc NNT có ý đồ không tuân thủ phải thực hiện đầy đủ nghĩa vụ của mình đối với NSNN, ngăn chặn, làm nản lòng một số NNT khác đang có ý đồ trốn- tránh thuế. Kết luận của thanh tra thuế phản ánh những hành vi vi phạm của NNT, xác định rõ nguyên nhân chủ quan (cố tình vi phạm), hay khách quan (hệ thống luật pháp bất cập) dẫn đến vi phạm của NNT để có các biện pháp ngăn chặn kịp thời các hành vi gian lận về thuế, góp phần làm cho việc thực thi pháp luật về thuế hiệu quả hơn.
Thứ tư, thanh tra thuế tạo nên sự bình đẳng giữa NNT trong sản xuất kinh doanh, giúp NNT có môi trường kinh doanh lành mạnh, cạnh tranh bình đẳng. Thanh tra thuế kịp thời phát hiện các vi phạm pháp luật thuế, xử lý kịp thời vi phạm trong phạm vi thẩm quyền của mình, từ đó làm cho môi trường cạnh tranh giữa các doanh nghiệp bình đẳng hơn, NNT có ý đồ gian lận sẽ không còn những cơ hội dùng “lá chắn thuế” hoặc “khe hở thuế” để đối phó với CQT, lợi dụng việc chiếm dụng, trốn thuế để thao túng thị trường, cạnh tranh bất bình đẳng về giá, thị phần…, nhờ đó mà những NNT làm ăn chân chính có thể cạnh tranh lạnh mạnh và vững tin vào tính nghiêm minh của pháp luật. Khi NNT đều có nghĩa vụ phải minh bạch và công khai đóng góp nghĩa vụ của mình cho NSNN sẽ tạo được sự công bằng, thúc đẩy sự cạnh tranh lành mạnh, đồng thời thúc đẩy sản xuất kinh doanh phát triển. Nhờ tác dụng đó thanh tra thuế đã làm giảm những hành vi tiêu cực trong việc thực hiện pháp luật thuế từ đó nâng cao tính tuân thủ của NNT.
Thứ năm, thanh tra thuế góp phần hoàn thiện chính sách và cơ chế quản lý thuế, phát hiện những hạn chế chưa đồng bộ về cơ chế quản lý và chính sách thuế và thực tiễn đời sống, kinh tế, xã hội của đất nước, từ đó kiến nghị các cơ quan có thẩm quyền kịp thời bổ sung hoàn thiện. Việc tăng cường thanh tra các ngành nghề kinh doanh, loại hình kinh doanh của doanh nghiệp giúp CQT phát hiện ra những thủ đoạn, “kỹ xảo”, thủ thuật gian lận của NNT, đồng thời nắm bắt, ghi nhận những vướng mắc, bất cập của chính sách không phù hợp với NNT để từ đó kiến nghị các cơ quan ban hành chính sách kịp thời sửa đổi chính sách, có các chính sách, biện pháp quản lý thuế phù hợp.
Thứ sáu, thanh tra thuế tạo điều kiện để giúp NNT nhìn nhận lại thực trạng khách quan về tình hình tài chính của bản thân NNT. Qua thanh tra toàn diện về tình hình chấp hành pháp luật thuế giúp NNT nhìn nhận, đánh giá khách quan lại bản thân mình về tình hình kê khai, thực hiện nghĩa vụ với NSNN, chế độ sổ sách kế toán…của mình trong quá khứ. Qua thanh tra thuế, CQT chỉ rõ cho NNT những ưu điểm và hạn chế để NNT để rút ra những kinh nghiệm, bài học cần thiết nhằm tránh được những yếu kém, những sai phạm, những nguy cơ trực tiếp trong hoạt động sản xuất, kinh doanh của NNT nhằm nâng cao tính tuân thủ pháp luật thuế của NNT, đồng thời thanh tra thuế có tác dụng giúp NNT minh bạch tình hình tài chính, giúp NNT kiểm soát tình hình tài chính hiệu quả hơn.
Tóm lại, công tác thanh tra nói chung và thanh tra thuế nói riêng có vai trò hết sức quan trọng và hết sức cần thiết trong công tác quản lý thuế, nó gắn liền với chức năng của thuế và quản lý thuế. CQT không thể đạt được mục tiêu quản lý của mình nếu thiếu chức năng thanh tra thuế.