Nội dung xuyên suốt của thanh tra thuế là thanh tra việc chấp hành pháp luật thuế của NNT, trong đó bao gồm các nội dung cụ thể sau:
Một là, thanh tra hồ sơ pháp lý, tính trung thực của các tài liệu của NNT có liên quan tới pháp luật thuế như:
Giấy chứng nhận mã số doanh nghiệp-mã số thuế (ngành nghề kinh doanh, vốn, địa điểm, thời gian thực tế kinh doanh)…nhằm phát hiện và xử lý những gian lận trong kê khai đăng ký thuế. Cần coi trọng việc thanh tra nội dung ghi trong đăng ký kinh doanh, đăng ký thuế vì đây là khâu đầu tiên trong quy trình quản lý thu thuế để tránh bỏ sót đối tượng nộp thuế, đối tượng chịu thuế, bỏ sót nguồn thu.
Việc thanh tra tính pháp lý của các tờ khai thuế gốc, các báo cáo tài chính, các hợp đồng kinh tế gốc, hồ sơ tài liệu đã đủ chữ ký của người có thẩm quyền hay chưa, sổ sách, chứng từ, hóa đơn có đủ tính chất pháp lý hay không, … nhằm đảm bảo hồ sơ thanh tra là đủ cơ sở pháp lý để thanh tra, đảm bảo nguyên tắc an toàn, hợp pháp khi thanh tra.
Hai là, thanh tra việc chấp hành chế độ kế toán, sổ sách, hoá đơn, chứng từ. Việc thực hiện chế độ kế toán, sổ sách, hóa đơn, chứng từ có liên quan chặt chẽ đến việc tính thuế, khai thuế và nộp thuế của NNT. Thanh tra nội dung này bao gồm: thanh tra việc tổ chức thực hiện luật kế toán, chuẩn mực kế toán của NNT, “kiểm tra việc mở sổ sách kế toán; việc quản lý và sử dụng các loại chứng từ, hóa đơn theo chế độ quy định; hình thức hạch toán, chế độ ghi chép cập nhật sổ sách…”[18, tr.502]. Xác định tính hợp lý, trung thực của từng loại chứng từ, hóa đơn có liên quan như: hóa đơn bán hàng, phiếu xuất kho, chứng từ thu, chi… nhằm đảm bảo chính xác các căn cứ tính thuế, ngăn chặn việc hạch toán sai để trốn-tránh thuế. Do đó, đây là một nội dung thanh tra quan trọng, đòi hỏi cán bộ thanh tra phải am hiểu Luật kế toán, chuẩn mực kế toán, đồng thời tốn nhiều thời gian, công sức. Thực hiện tốt nội dung thanh tra này sẽ tạo tiền đề cho nội dung thanh tra việc thực hiện kê khai thuế, tính thuế và nộp thuế.
Ba là, thanh tra việc thực hiện kê khai thuế, tính thuế và nộp thuế.
Thanh tra căn cứ tính thuế nhằm mục đích xác định đúng số thuế phải nộp, số thuế đã nộp, số thuế nợ, số thuế được miễn giảm, số thuế được hoàn trong kỳ của NNT.
Trong thực tế, NNT có nhiều hoạt động sản xuất kinh doanh phức tạp, cần phải kiểm tra để xác định đúng đối tượng chịu thuế, đối tượng nộp thuế đúng với quy định của từng sắc thuế là bước quan trọng để xác định mức thuế phải nộp, tránh bỏ sót nguồn thu.
Kiểm tra căn cứ tính thuế thực hiện thông qua việc xem xét, đối chiếu các sổ sách kế toán, chứng từ hóa đơn và các tài liệu có liên quan: tờ khai, bảng kê mua vào bán ra, tờ khai tự quyết toán, … NNT tự tính so với các quy định hiện hành và thực tế sản xuất kinh doanh để phát hiện số thuế đơn vị khai thiếu, số thuế ẩn lậu…”[18, tr.503] Đây là một khâu rất quan trọng trong quy trình thanh tra thuế, đòi hỏi cán bộ thuế phải nắm vững nội dung quy định của các sắc thuế, các văn bản hướng dẫn thực hiện, đồng thời cần thông thạo nghiệp vụ kế toán.
Kiểm tra việc chấp hành nghĩa vụ kê khai, nộp thuế của NNT: xác định xem NNT có thực hiện nghiêm túc quy định về thời hạn nộp tờ khai và tiền thuế theo luật quản lý thuế hay không, nếu nợ đọng thì xác định nguyên nhân nợ để đôn đốc thu nợ. Kiểm tra nội dung này cần kiểm tra số thuế phải nộp trên Tờ khai và Giấy nộp tiền vào NSNN xem có nộp nhầm, nộp thừa vào các tài khoản khác không hay chưa nộp?
Tóm lại, nội dung thanh tra rất quan trọng, là cơ sở để CQT tiến hành thanh tra NNT. Tùy theo tính chất, yêu cầu quản lý thuế theo từng thời kỳ và tùy thuộc vào nguồn lực mà CQT (bộ phận thanh tra) đặt giới hạn, trọng tâm nội dung thanh tra cho phù hợp. Nội dung thanh tra cũng có thể chỉ tập trung vào những chuyên đề hẹp như: đôn đốc nợ đọng, sử dụng hóa đơn, hoặc chỉ là quyết toán một sắc thuế: giá trị gia tăng (GTGT), thu nhập doanh nghiệp (TNDN), thu nhập cá nhân (TNCN)…). Hoặc trong cùng một CQT có thể mỗi đoàn thanh tra lựa chọn một nội dung thanh tra thuế riêng, theo loại hình doanh nghiệp hoặc theo lĩnh vực sản xuất kinh doanh…để có thể hoàn thành hiệu quả nhất nhiệm vụ, nhưng tất cả phải dựa trên cơ sở phân tích rủi ro để xác định trọng tâm nội dung thanh tra.