Nghị quyết số 49 đã chỉ rõ: Cải cách tư pháp lấy trọng tâm là cải cách hệ thống Tòa án; Tổ chức hệ thống Tòa án theo thẩm quyền xét xử, không phụ thuộc vào đơn vị hành chính cấp huyện; Tòa án sơ thẩm khu vực được tổ chức ở một hoặc một số đơn vị hành chính cấp huyện; Tòa phúc thẩm có nhiệm vụ chủ yếu xét xử phúc thẩm và xét xử sơ thẩm một số vụ án. Tòa Thượng thẩm được tổ chức theo khu vực có nhiệm vụ xét xử phúc thẩm. TANDTC có nhiệm vụ tổng kết kinh nghiệm xét xử, hướng dẫn áp dụng thống nhất pháp luật, phát triển án lệ và xét xử giám đốc thẩm, tái thẩm [7].
Yêu cầu đầu tiên, cơ bản của việc xây dựng Nhà nước pháp quyền là phải đảm bảo tính độc lập của Tòa án. Hiến pháp, Luật Tổ chức TAND đã quy định rõ “Khi xét xử, Thẩm phán độc lập và chỉ tuân theo pháp luật”. Vì vậy, cần xây dựng
cơ chế chính trị - pháp lý thật đầy đủ để bảo đảm cho được tính độc lập của Tòa án (không bị lệ thuộc, không bị giàng buộc) để giảm thiểu tối đa sự can thiệp, áp lực từ bên ngoài vào hoạt động xét xử các VAHC của TAND cấp tỉnh.
Yêu cầu thứ hai của cải cách Tòa án là xây dựng mô hình Tòa án một cách hợp lý, một mặt tạo thuận lợi cho việc thực hiện quyền lực nhà nước nhưng cũng cần quan tâm đến lợi ích của tổ chức và công dân khi có việc liên quan đến tố tụng tại tòa. Quan điểm của Chủ tịch Hồ Chí Minh về xây dựng cơ quan tư pháp phải “gần dân, hiểu dân, giúp dân, học dân” vẫn là bài học vô cùng quý giá trong chiến lược cải cách tư pháp của chúng ta hiện nay.
Các giải pháp nhằm nâng cao vai trò tài phán hành chính của TAND liên quan đến nhiều vấn đề, tuy nhiên vấn đề quan trọng nhất là đổi mới mô hình tổ chức hệ thống THC làm sao cho Tòa án có khả năng độc lập tác nghiệp ở mức độ cao nhất mà không bị chi phối bởi cơ chế hành chính.
Những năm gần đây, có ý kiến đề nghị nghiên cứu việc thiết lập cơ chế tài phán hành chính thuộc Chính phủ để thay thế cơ chế giải quyết khiếu nại hiện hành. Cơ quan tài phán hành chính thuộc Chính phủ được tổ chức thành hệ thống 3 cấp: [70].
1. Cơ quan tài phán trung ương: giải quyết các khiếu nại đối với QĐHC, HVHC của Bộ trưởng và tương đương, của thủ trưởng cơ quan thuộc Bộ và tương đương;
2. Ba cơ quan tài phán vùng đặt ở Hà Nội, Đà Nẵng và thành phố Hồ Chí Minh: giải quyết các khiếu nại đối với QĐHC, HVHC của Chủ tịch UBND cấp tỉnh, Giám đốc Sở và tương đương;
3. Các cơ quan tài phán khu vực thành lập theo địa bàn từ 3 đến 5 huyện: giải quyết các khiếu nại đối với QĐHC, HVHC của Chủ tịch UBND cấp huyện, trưởng phòng của UBND cấp huyện, Chủ tịch UBND cấp xã và cán bộ, công chức làm việc ở các cơ quan đó.
Cơ quan tài phán hành chính cấp trên không làm nhiệm vụ giải quyết khiếu nại đã được cơ quan tài phán hành chính cấp dưới giải quyết; khiếu nại hành chính chỉ được cơ quan tài phán hành chính giải quyết một lần, nếu không đồng ý thì cá nhân, tổ chức kiện ra Tòa án. Chức năng của cơ quan tài phán hành chính giải quyết tất cả các khiếu nại hành chính, trừ các khiếu nại hành chính liên quan đến chỉ đạo,
điều hành giữa cấp trên với cấp dưới; liên quan đến an ninh, quốc phòng, ngoại giao. Khi cơ quan tài phán hành chính được thành lập, các cơ quan hành chính nhà nước không làm nhiệm vụ giải quyết khiếu nại hành chính nữa mà tập trung vào hoạt động quản lý điều hành. Việc giải quyết khiếu nại do cơ quan tài phán hành chính giải quyết.
Theo dự thảo Đề án này sẽ tạo ra 4 cơ chế giải quyết khiếu nại hành chính với 2 loại "tiền tố tụng" là: (1). Cơ chế giải quyết khiếu nại đối với các QĐHC, HVHC trong lĩnh vực an ninh, quốc phòng, ngoại giao, trong hoạt động chỉ đạo, điều hành của các cơ quan hành chính; (2). Cơ chế "tự xem xét lại" của cơ quan hành chính, đây được coi là thủ tục "tiền tố tụng của tài phán hành chính”; (3). Cơ chế tài phán hành chính, được xem như thủ tục "tiền tố tụng hành chính"; (4). Cơ chế giải quyết KKHC tại Tòa án.
Chính vì vậy, vấn đề là chúng ta cần tập trung nghiên cứu hoàn thiện mô hình tổ chức THC. Nhiều công trình khoa học đều thống nhất cần phải đổi mới tổ chức THC theo thẩm quyền xét xử, không phụ thuộc vào đơn vị hành chính. Tuy nhiên, khi bàn về cơ cấu tổ chức cụ thể của các cấp THC thì có một số ý kiến như sau:
- Phần nhiều các ý kiến cho rằng cần tổ chức hệ thống THC trong hệ thống TAND thành 04 cấp: Tòa sơ thẩm khu vực (không phụ thuộc vào đơn vị hành chính cấp huyện); Tòa phúc thẩm; Tòa thượng thẩm; TANDTC.