Liên quan đến cấu trúc vốn của DN còn có lý thuyết về chi phí đại diện. Được giới thiệu vào năm 1976, Jensen và Meckling đã chỉ ra hai loại mâu thuẫn cơ bản trong DN đó là mâu thuẫn giữa nhà quản trị và cổ đông và mâu thuẫn giữa cổ đông với chủ nợ. Luôn tồn tại mâu thuẫn lợi ích giữa nhà quản trị và cổ đông khi cổ đông muốn tối đa hóa giá trị tài sản của mình thì nhà quản trị chỉ quan tâm đến lợi ích của bản thân họ. Điều này được thể hiện qua việc các nhà quản trị có xu hướng đầu tư vào những dự án kém hiệu quả để được hưởng lợi. Theo nghiên cứu của Jensen (1986), việc gia tăng nợ hoặc tăng tỷ lệ chi trả cổ tức có thể giúp giảm được việc đầu tư quá mức từ các nhà quản lý nhờ dòng tiền dùng để trả nợ sẽ làm giảm dòng tiền tự do của DN. Giữa cổ đông và chủ nợ cũng có sự xung đột lợi ích dẫn đến xuất hiện chi phí đại diện. Theo đó, nhà quản trị có thể thực hiện một số hành động có lợi đối với cổ đông nhưng ảnh hưởng đến lợi ích của chủ nợ. Do đó, để bảo vệ mình, các chủ nợ thường tăng lãi suất cho vay cũng như áp dụng một số điều kiện chặt chẽ khi cấp tín dụng. Đây là cơ sở để cho thấy yếu tố quản trị công ty có
ảnh hưởng đến hoạt động ngân hàng nói chung và việc đảm bảo tỷ lệ an toàn vốn nói riêng.
Như vậy, các nội dung về các lý thuyết liên quan đến cấu trúc vốn của các DN nói chung cho thấy việc xác định cơ cấu vốn của DN chịu ảnh hưởng của nhiều yếu tố. Theo Berger (1995) đã xem xét các lý thuyết vốn vào trong nghiên cứu ở các tổ chức tài chính. Ông cho rằng khi đánh giá vị thế vốn ngân hàng, ngân hàng phải xem xét cả chi phí cố định kèm theo bất kỳ lợi nhuận vốn và chi phí biến đổi kèm theo quá trình thay đổi nó. Tất cả các chi phí này được xem xét bởi các cơ quan quản lý tỷ lệ vốn đầy đủ. Các lĩnh vực ngân hàng cũng tương tự như các lĩnh vực khác, trong đó họ cam kết chịu một số chi phí phi quy định liên quan đến mức độ an toàn vốn của họ và các nhà quản lý ngân hàng từ lâu đã xem việc duy trì vốn đầy đủ là một yếu tố quan trọng để duy trì sự an toàn và lành mạnh của ngân hàng. Do đó, tất cả các ngân hàng bắt buộc phải tuân thủ tỷ lệ bắt buộc và những ngân hàng vi phạm tỷ lệ này phải chịu trách nhiệm xử phạt tùy thuộc vào mức độ không tuân thủ. Tuy nhiên, Berger (1995) cũng chỉ ra rằng các cơ quan quản lý thường không có truy vấn khi tỷ lệ vốn quá cao. Theo Berger (1995) xác định các yếu tố ảnh hưởng đến cấu trúc tài chính của các công ty tài chính và chỉ ra được những đặc điểm của các tổ chức tài chính khác biệt với các tổ chức phi tài chính bởi những quy định về giới hạn an toàn mà các tổ chức tài chính phải tuân thủ. Như vậy, những lý thuyết về cấu trúc vốn giúp giải thích được các yếu tố ảnh hưởng đến cấu trúc vốn của NHTM, từ đó, ảnh hưởng đến hệ số CAR.