Mỗi loại TSTT đều có những đặc trưng riêng nhất định, do nhiều Bộ, ngành quản lý (Bộ Khoa học và Công nghệ, Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn), do vậy, ngoài việc Chính phủ cần ban hành một Nghị định để hướng dẫn cụ thể về trình tự, cách thức thực hiện góp vốn bằng quyền SHTT cũng như việc giải quyết các hậu quả pháp lý khi có tranh chấp xảy ra giữa các chủ thể tham gia góp vốn.
TSTT là loại tài sản phải được định giá khi góp vốn. Thực tế cho thấy định giá TSTT không hề đơn giản. Tuy nhiên, đến nay, Bộ Tài chính vẫn
chưa ban hành bất kỳ văn bản nào hướng dẫn riêng về định giá TSTT. Đối với việc góp vốn bằng TSTT khi thành lập doanh nghiệp (doanh nghiệp thành lập mới) phải được các thành viên, cổ đông sáng lập định giá thống nhất và nhất trí theo nguyên tắc thị trường. Giá trị vốn góp bằng TSTT trong quá trình hoạt động do doanh nghiệp và người góp vốn thỏa thuận, hoặc do một tổ chức chuyên nghiệp định giá. Trường hợp tổ chức chuyên nghiệp định giá thì giá trị quyền SHTT góp vốn phải được người góp vốn và doanh nghiệp chấp thuận. Đồng thời, tổ chức định giá chuyên nghiệp phải có đủ các điều kiện theo quy định của pháp luật và phải có ít nhất một thẩm định viên có kỹ năng về định giá quyền SHTT được cơ quan nhà nước cấp thẻ hành nghề. Căn cứ Nghị định số 101/2005/NĐ-CP ngày 03/8/2005 của Chính phủ về thẩm định giá và Thông tư số 17/2006/TT-BTC ngày 13/3/2006 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện Nghị định số 101/2005/NĐ-CP ngày 03/8/2005 của Chính phủ về thẩm định giá, Bộ Tài chính hàng năm sẽ công bố danh sách doanh nghiệp thẩm định giá và chi nhánh doanh nghiệp thẩm định giá có đủ điều kiện hoạt động thẩm định giá tài sản và danh sách thẩm định viên về giá đủ điều kiện hành nghề thẩm định giá tài sản trên cơ sở các điều kiện quy định tại các văn bản này.
Điều 30, LDN 2005 quy định về định giá tài sản góp vốn khi doanh nghiệp được thành lập và khi doanh nghiệp đang hoạt động. Khi doanh nghiệp được thành lập, việc định giá tài sản dựa trên nguyên tắc thống nhất ý chí của các thành viên tham gia góp vốn, điều này là rất quan trọng vì việc thành lập doanh nghiệp cũng được dựa trên cơ sở thống nhất nhất trí của các thành viên tham gia góp vốn, nếu các thành viên không thống nhất ý chí về việc định giá tài sản thì hệ quả là không thể thành lập doanh nghiệp. Khi công ty đang hoạt động thì giá trị tài sản góp vốn phải được sự thỏa thuận của doanh nghiệp với tư cách là bên nhận góp vốn và bên góp vốn. Đây là một quy định mới rất tiến bộ của LDN năm 2005 so với LDN 1999.
Tuy nhiên, Tài sản góp vốn trong quá trình hoạt động có thể do một tổ chức định giá chuyên nghiệp định giá. Trường hợp tổ chức định giá chuyên
nghiệp định giá thì giá trị tài sản góp vốn phải được người góp vốn và doanh nghiệp chấp thuận. Khoản 3 Điều 30 LDN quy định trách nhiệm liên đới của "người góp vốn hoặc tổ chức định giá và người đại diện theo pháp luật của doanh nghiệp đối với các khoản nợ và nghĩa vụ tài sản khác của công ty bằng số chênh lệch giữa giá trị được định và giá trị thực tế của tài sản góp vốn tại thời điểm kết thúc định giá nếu tài sản góp vốn được định giá cao hơn giá trị thực tế tại thời điểm góp vốn" còn chưa rõ ràng và có mâu thuẫn với Khoản 1, 2 Điều 30. Khi thành lập doanh nghiệp cũng như khi doanh nghiệp đã thành lập, tài sản góp vốn phải do thành viên góp vốn hoặc tổ chức định giá chuyên nghiệp định giá. Nếu các thành viên góp vốn không đủ kiến thức, kinh nghiệm, trình độ có thể thuê một hoặc một số tổ chức định giá chuyên nghiệp định giá, nhưng tài sản góp vốn được định giá theo nguyên tắc thống nhất ý chí của các thành viên, do vậy các thành viên, cổ đông sáng lập liên đới chịu trách nhiệm đối với các khoản nợ và nghĩa vụ tài sản khác của công ty bằng số chênh lệch giữa giá trị được định giá và giá trị thực tế của tài sản góp vốn tại thời điểm kết thúc định giá. Khi doanh nghiệp đã thành lập, bên góp vốn hay doanh nghiệp nhận góp vốn nếu không đủ kiến thức, kinh nghiệm, trình độ định giá cũng có quyền thuê tổ chức định giá thực hiện việc định giá tài sản góp vốn. Tuy nhiên, giá trị tài sản góp vốn phải được bên góp vốn và doanh nghiệp nhận góp vốn chấp thuận. Khi đã thống nhất được ý chí của các thành viên, nếu tài sản góp vốn được định giá cao hơn giá trị thực tế tại thời điểm góp vốn thì người góp vốn và doanh nghiệp cùng liên đới chịu trách nhiệm đối với các khoản nợ và nghĩa vụ tài sản khác của công ty bằng số chênh lệch giữa giá trị được định và giá trị thực tế của tài sản góp vốn tại thời điểm kết thúc định giá. Khi tổ chức định giá chuyên nghiệp định giá, tổ chức này phải chịu trách nhiệm trước tổ chức, cá nhân thuê định giá về tính trung thực về giá trị của tài sản góp vốn. Quan hệ giữa tổ chức định giá với tổ chức, cá nhân thuê định giá là một quan hệ độc lập, không liên quan đến quan hệ của doanh nghiệp cũng như các thành viên tham gia góp vốn với chủ nợ,
khách hàng của doanh nghiệp. Do đó, cần điều chỉnh lại quy định tại Khoản 3 Điều 30 LDN năm 2005 cho thống nhất với Khoản 1, 2 Điều 30 cho phù hợp với thực tiễn đồng thời cũng để tránh xảy ra tranh chấp khi trách nhiệm của các bên không rõ ràng. Đồng thời, ở đây cũng phải xem xét trách nhiệm của doanh nghiệp thay cho trách nhiệm của người đại diện theo pháp luật đối với các khoản nợ và nghĩa vụ tài sản khác của công ty.