Trƣớc hết, kiểm toán viên cần tiến hành đối chiếu số dƣ đầu kỳ (đầu năm) của từng tài khoản vốn chủ sở hữu (TK 4111, 4112, 4118, 412, 413,...) với số liệu “số cuối năm” của chỉ tiêu tƣơng ứng của bảng cân đối kế toán năm trƣớc đã đƣợc kiểm toán hoặc đã đƣợc phê duyệt.
Tiếp đến là tiến hành kiểm tra, xem xét chi tiết các nghiệp vụ và số dƣ cuối tỳ từng tài khoản và từng chi tiết của vốn chủ sở hữu. Công việc kiểm tra này, ngoài phần liên quan đến chứng từ gốc nhƣ phần đã nói trên, kiểm toán viên còn cần xem xét các khía cạnh có liên quan đến quá trình hạch toán các nghiệp vụ phát sinh và tính toán tổng hợp số dƣ trình bày vào báo cáo tài chính (tính giá, đầy đủ, chính xác, đúng kỳ, cộng dồn và báo cáo). Về nguyên tắc, các thể thức thủ tục kiểm toán chủ yếu tƣơng tự nhƣ đối với các loại thông tin tài chính khác. Tuy nhiên, nội dung và cách thức cụ thể cần vận dụng phù hợp với từng loại vốn chủ cụ thể. Dƣới đây là một số điểm chính cần lƣu ý, liên quan đến kiểm tra chi tiết từng loại vốn chủ sở hữu:
Đối với nguồn vốn kinh doanh: xem xét việc xác định, tính giá và hạch toán chính xác từng loại vốn, kết hợp với việc xem xét mức độ hợp lý của vốn kinh doanh so với tài sản của đơn vị. Chú ý thực hiện kiểm tra các khoản thu đƣợc từ phát hành cổ phiếu chủ yếu thông qua đối chiếu các nghiệp vụ phát hành cổ phiếu với việc thu tiền. Thực hiện việc xin xác nhận từ các ngân hàng hoặc công ty đƣợc ủy thác làm dịch vụ lƣu ký và chuyển nhƣợng cổ phần. Đối chiếu giữa sổ ghi chép kế toán với sổ theo dõi vốn cổ phần
Đối với chênh lệch đánh giá lại tài sản: ngoài việc kiểm tra quy trình thực hiện công việc và thủ tục phê duyệt xử lý chênh lệch đánh giá lại tài sản cần xem xét lại việc tính toán, đánh giá và đối chiếu với các tài khoản liên quan (tài sản cố định, nguyên liệu, vật liệu,...).
Đối với chênh lệch do tỷ giá hối đoái: kiểm tra phƣơng pháp hạch toán chênh lệch tỷ giá ngoại tệ đơn vị áp dụng có phù hợp với chế độ kế toán quy định và có đảm bảo áp dụng nhất quán trong quá trình hạch toán hay không. Chọn mẫu một số nghiệp vụ phát sinh chênh lệch tỷ giá trong kỳ và cuối kỳ để kiểm tra việc tính toán (nếu cần có thể tự tính toán lại) và việc ghi chép của đơn vị có chính xác và phù hợp hay không. Cũng cần thiết kiểm tra khâu phê duyệt chênh lệch tỷ giá và hạch toán xử lý chênh lệch có phù hợp và đúng đắn hay không.
Đối với các quỹ (quỹ đầu tƣ phát triển, quỹ dự phòng tài chính, quỹ khen thƣởng và phúc lợi,...) và nguồn vốn đầu tƣ xây dựng cơ bản. Đặc biệt xem xét về sự hợp lý, đúng thẩm quyền của việc phê chuẩn và sự đầy đủ, đúng đắn trong việc hạch toán vào sổ kế toán. Đối với lợi nhuận chƣa phân phối: cần có sự đối chiếu các khoản lãi lỗ trong năm với tài liệu báo cáo lãi lỗ của đơn vị. Tiến hành tính toán lại và đối chiếu, kiểm tra việc phân phối lãi.
Đối với nguồn kinh phí sự nghiệp: chú ý việc đối chiếu kinh phí nhận đƣợc trong kỳ với cơ quan cấp kinh phí và có liên quan, kiểm tra xem xét việc quyết toán nguồn kinh phí đã đƣợc thực hiện cho đến này lập báo cáo tài chính và đối chiếu số dƣ còn lại với báo cáo