Tài chính của Tổng công ty không đủ mạnh. Vốn và tài sản của Tổng công ty qúa bé so với yêu cầu một doanh nghiệp kinh doanh vận tải hàng không quốc tế, và so với các hãng hàng không trong khu vực.
Đối tượng khách của Vietnam Airlines trên đường bay này chủ yếu là khách có thu nhập thấp, khách du lịch. Vietnam Airlines chưa thâm nhập được vào thị phần khách có thu nhập cao, khách thương gia. Đặc biệt, Vietnam Airlines bị hạn chế so với đối thủ cạnh tranh là JL và NH trong việc khai thác nguồn khách từ các tỉnh lẻ của Nhật Bản. Bên cạnh đó, dịch vụ giải trí trên chuyến bay của VN còn nghèo nàn, đặc biệt là các chuyến bay tầm trung, xa như chuyến bay đi Nhật Bản. Sự nhận biết và tin tưởng của khách hàng vào sản phẩm của Vietnam Airlines còn thấp.
Thiếu tiện nghi phục vụ nối chuyến tại các đầu sân bay của Việt Nam cũng là một cản trở lớn đối với Vietnam Airlines khi muốn biến SGN/HAN làm sân bay trung chuyển trong khu vực.
Ngoài ra, đối với đường bay Nhật Bản, VN chỉ cho phép khách hàng được mang tối đa là 40 kg hành lý miễn cước ở hạng phổ thông, 60 kg hành lý miễn cước ở hạng thương gia. Trong khi đó, Japan Airlines, đối thủ cạnh tranh chính của VN ở đường bay này cho phép khách hàng được mang tới 46 kg hành lý miễn cước ở hạng phổ thông và 69 kg hành lý miễn cước ở hạng thương gia. Đây là một điểm yếu của VN trong việc thu hút một số nguồn khách Nhật có nhu cầu mang nhiều hành lý như khách đi du học, khách đi buôn bán…