Bên cạnh những thuận lợi, Bình Phước cũng gặp không ít khó khăn trên đường phát triển công nghiệp chế biến nông sản xuất khẩu. Khó khăn lớn nhất của tỉnh hiện nay chính là kết cấu hạ tầng chưa phát triển đồng bộ và rộng khắp. Do đo, việc liên lạc và giao thông giữa trung tâm tỉnh, trung tâm huyện, thị với các điểm dân cư vùng sâu, vùng xa chưa thật sự thuận lợi. Việc đi lại còn khó khăn sẽ kéo theo hàng loạt vấn đề khác, như: sản xuất kinh doanh trắc trở, giao lưu hàng hóa chậm chạp, chi phí tăng, người dân ít có cơ hội tiếp cận các dịch vụ tiện ích...
Hệ thống giao thông giữa Bình Phước với các tỉnh lân cận chưa đủ đáp ứng các loại xe tải hạng nặng phục vụ cho việc vận chuyển hàng hóa, lại thường hay bị sạt lở vào mùa mưa, làm ách tắc giao thông.
Hệ thống sông suối trên địa bàn Bình Phước tuy có mật độ cao, nhưng không có vai trò quan trọng trong việc giao thông. Đa số các sông, suối đều có dòng chảy hẹp, có độ dốc, nước chảy xiết vào mùa mưa thường gây ra lũ bất ngờ, gây thiệt hại trong sản xuất nông nghiệp.
Đời sống vật chất và tinh thần của đại đa số nhân dân còn thấp, nhất là đồng bào các dân tộc ít người. Nhiều người chưa quen với cách làm ăn khoa học, sản xuất còn mang nặng tính tự phát, quảng canh, chạy theo thị trường vì vậy không tránh được tình trạng được giá trồng 0 ạt, mất giá lại chặt bỏ. Trồng rồi lại chặt, không tránh được lãng phí sức người, sức của. Điều này ảnh hưởng rất lớn đến sự ổn định về nguyên liệu cho công nghiệp chế biến nông sản xuất khấu.