Từ khi hình thành và phát triển đến nay, làng nghề bánh chưng Bờ Đậu đã có sự biến đổi không ngừng về tổ chức sản xuất. Nếu như những năm đầu tiên làng nghề còn tồn tại ở dạng manh mún của các hộ sản xuất theo kiểu
mạnh ai người ấy làm, thì đến nay làng nghề đã tổ chức thành các hợp tác xã, tham gia vào các hội làng nghề, bao gồm:
- Hộ thuần nông: Phần lớn hay toàn bộ người trong gia đình tham gia sản xuất nông nghiệp. Hộ thuần nông của làng nghề bánh chưng Bờ Đậu theo chủ nhiệm Hộ nông dân tập thể ông Nguyễn Văn Long cho biết: hiện nay có 80 hộ nằm trong hộ nông dân, nhưng trên thực tế chỉ còn 20 hộ là làm nông nghiệp trong tổng số 236 hộ, chiếm 8,47 %.
- Hộ kiêm nghiệp: Những hộ vừa làm nông nghiệp, vừa làm thủ công nghiệp, số hộ kiêm nghiệp này chưa có số liệu cụ thể tại làng, vì có những thời gian rảnh việc đồng áng họ mới tham gia sản xuất và giao cho các cửa hàng mặt đường.
- Hộ chuyên nghiệp: Phần lớn hay toàn bộ người trong gia đình tham gia làm nghề và đem lại nguồn thu nhập chính cho cả gia đình. Các hộ này có thể vẫn có đất nông nghiệp nhưng họ thường thuê người khác làm hoặc cho thuê đất, nhưng không muốn bán đất nông nghiệp. Sản xuất của hộ chuyên nghiệp vẫn chủ yếu diễn ra trong nhà ở của các hộ gia đình. Theo ông Nguyễn Hải Âu, hiện nay ở làng nghề có 70 hộ chuyển sang chuyên làm nghề bánh chưng chiếm 29,67% trong tổng số hộ. Ngoài ra, còn có hợp tác xã, hiệp hội làng nghề tỉnh Thái Nguyên. Các tổ hợp tác xã và hội làng nghề chủ yếu đáp ứng dịch vụ đầu vào, đầu ra, còn sản xuất do các hộ gia đình đảm nhận. Ở làng nghề Bờ Đậu Hội làng nghề bánh chưng đứng ra nhận các đơn đặt hàng của các tỉnh rồi sau đó giao cho từng hộ làm. Hội làng nghề còn là đơn vị đứng ra tổ chức các sự kiện liên quan tới làng nghề như tham gia các hội chợ của tỉnh Thái Nguyên và các tỉnh lân cận nhằm quảng bá sản phẩm làng nghề. Làng nghề bánh chưng Bờ Đậu hình thức kinh doanh hộ gia đình là chủ yếu. Sự xuất hiện của các doanh nghiệp còn ít, hoặc có thì quy mô của các doanh nghiệp còn nhỏ. Điều này phản ánh kết quả của sự phát triển làng nghề, đồng thời là nguyên nhân hạn chế sự phát triển của làng nghề.Ở làng nghề
bánh chưng Tranh Khúc, Thanh Trì, Hà Nội có khác với làng nghề bánh chưng Bờ Đậu bởi: nếu như ở Bờ Đậu có sự chi phối và quan tâm hỗ trợ, quản lý của Hội làng nghề thì ở Tranh Khúc lại là hợp tác xã nông nghiệp của xã Duyên Hà đứng ra quản lý về tổ chức sản xuất bánh chưng. HTX Duyên Hà mua 10 máy ép chân không để hỗ trợ giúp bà con trong làng nghề đóng gói và bảo quản. HTX Duyên Hà cũng là đơn vị giúp các hộ gia đình đăng ký thương hiệu và mã vạch kinh doanh. Trong khi bánh chưng Tranh Khúc có mã vạch và đóng gói hút chân không được các siêu thị lớn ở Hà Nội nhập và bán như Big C, Metro…thì các loại bánh của các nơi khác như bánh chưng Bờ Đậu vẫn chưa ứng dụng được kiểu hiện đại như vậy. Các doanh nghiệp và hộ gia đình bánh chưng Bờ Đậu mới chỉ dừng lại ở khâu in nhãn mác dán lên sản phẩm của mình chứ chưa có giấy tờ, mã vạch nhằm bảo hộ độc quyền và tránh hàng giả như bánh chưng Tranh Khúc. Chính vì vậy, bánh chưng Bờ Đậu không có khả năng cạnh tranh cao bởi tính chuyên nghiệp còn thấp trong khâu bảo quản và quảng cáo thương hiệu. Do bánh chưng Tranh Khúc được hút khí chân không nên thời gian bảo quản được dài ngày lên tới 15 ngày, thì bánh chưng Bờ Đậu chỉ được 3 ngày trong thời tiết mùa hè, mùa đông thì dài hơn khoảng 5 ngày. Vì thế, bánh chưng Bờ Đậu ít có khả năng bán cho những địa điểm có khoảng cách địa lý xa. Ngoài ra, theo khảo sát thực tế trong làng nghề bánh chưng Bờ Đậu gần như 100 % các hộ đều dùng bếp than để đun nấu bánh chưng gây độc hại cho sức khỏe và ô nhiễm môi trường, thì làng nghề bánh chưng Tranh Khúc đã gần như 70% số hộ đã dùng đến các bếp điện hiện đại, hoặc các lò hơi thay thế bếp than rút ngắn thời gian đun nấu, giảm chi phí, ít gây độc hại và ô nhiễm môi trường. Đây là một trong những biện pháp mà bánh chưng Bờ Đậu cần phải học hỏi để cải biến sản phẩm kinh doanh và khâu sản xuất đạt hiệu quả hơn.