Mặc dù NATO khá thành công trong thích nghi với tình hình mới nhƣng kể từ sau khi Chiến tranh lạnhkết thúc, có thể nói mối đe doạ lớn nhất đối với NATO không phải là các thách thức từ bên ngoài mà là sự rạn nứt trong nội bộ liên minh này. Không giống nhƣ trƣớc đây, khi mối đe doạ từ Liên Xô và nguy cơ bị hủy diệt bởi chiến tranh hạt nhân là thƣờng trực đối với tất cả các thành viên NATO, các thách thức an ninh hiện nay đa dạng, phức tạp, ảnh hƣởng tới các thành viên ở mức độ khác nhau. Ngay cả trong 2 nguy cơ lớn nhất đối với NATO là phổ biến vũ khí hủy diệt hàng loạt và khủng bố, không phải tất cả các thành viên đều coi mối đe doạ này ở mức độ nghiêm trọng nhƣ nhau, dẫn đến bất đồng trong các biện pháp ứng phó. Ví dụ nổi bật là quyết định tấn công Iraq của Mỹ năm 2003. Sự chia rẽ lên tới đỉnh điểm vào tháng 2/2003, khi Pháp, Đức và Bỉ phủ quyết đề xuất của Mỹ triển khai các biện pháp phòng vệ Thổ Nhĩ Kỳ trƣớc khả năng xảy ra chiến tranh với Iraq. Sự rạn nứt này khó có thể đƣợc hàn gắn khi các mối đe doạ và thách thức ngày càng phức tạp và đa dạng thì lợi ích an ninh cũng ngày càng khác biệt.
Với sự mở rộng và tăng cƣờng nhất thể hóa cùng với chính sách an ninh và phòng thủ châu Âu, châu Âu ngày càng muốn có vai trò lãnh đạo lớn hơn trong NATO, nhấn mạnh cải tổ NATO để biến NATO do Mỹ cầm đầu thành một thực thể có hai trụ cột cân bằng và hai đối tác bình đẳng, từ đó tạo nên vị thế lớn trong việc giải quyết các vấn đề an ninh, chính trị của châu Âu mà NATO vẫn đang kiểm soát. Trong khi đó, Mỹ muốn Tây Âu cùng chia sẻ bớt trách nhiệm, chi phí, gánh nặng trong giải quyết công việc của NATO. Tuy nhiên, Mỹ vẫn muốn duy trì vị trí lãnh đạo, chi phối toàn bộ hoạt động của NATO và kiềm chế Tây Âu. Sự tranh giành vai trò chi phối trong NATO thể hiện qua những bất đồng giữa hai bên về các vấn đề của NATO.
Thứ nhất, nắm quyền chỉ huy NATO luôn là điểm bất đồng giữa hai bên. Mỹ muốn nắm giữ toàn bộ quyền này, trong khi các nƣớc Tây Âu, đặc biệt là Pháp đòi quyền lãnh đạo một khu vực quan trọng là quyền chỉ huy tƣ lệnh Nam Âu và chức Phó Tƣ lệnh tối cao. Các nƣớc Đức, Bỉ, Ý cũng tán thành quan điểm của Pháp. Dù vậy, Mỹ kiên quyết phản đối với lý do lo sợ vị trí số 1 của mình trong NATO bị lung lay. Còn đối với các nƣớc nòng cốt châu Âu, hành động này của phía Mỹ càng minh chứng cho tham vọng muốn giữ một địa vị thống trị đối với vấn đề an ninh, chính trị của châu Âu ngay cả khi Chiến tranh lạnhđã kết thúc. Tại Hội nghị Bộ trƣởng NATO tháng 12/1997, Pháp đã phản ứng lại bằng cách trì hoãn vô thời hạn việc trở lại bộ chỉ huy hỗn hợp của NATO. Hội nghị lần thứ tƣ Hội đồng an ninh châu Âu, Mỹ và Tây Âu đấu tranh chính trị gay gắt xoay quanh cơ chế Hội đồng an ninh châu Âu. Trong khi các nƣớc Tây Âu chủ trƣơng hoàn thiện cơ chế Hội đồng này, tăng cƣờng vai trò của Hội đồng trong việc ngăn ngừa, giải quyết xung đột và khủng hoảng khu vực thì Mỹ lại chủ trƣơng duy trì tính chất diễn đàn của Hội đồng, không cần thiết phải xây dựng cơ chế quân sự. Thực chất, mục đích của Mỹ là ngăn cản việc nâng cao vai trò của Hội đồng và đƣa NATO vào Hội đồng nhằm mở rộng chức năng của NATO.
Thứ hai, Mỹ và châu Âu bất đồng trong kết nạp thành viên mới. Mỹ muốn
giới hạn việc kết nạp thành viên mới là Ba Lan, Cộng Hoà Czech và Hung-ga-ri vào NATO với mục đích để Mỹ có đƣợc cầu nối tiến sát Nga một cách nhanh chóng. Đồng thời, do Mỹ muốn chia sẻ nhằm giảm bớt gánh nặng tài chính của các nƣớc thành viên trong đó Mỹ là nƣớc đóng nhiều nhất và 3 nƣớc Ba Lan, Czech và Hung-ga-ri đều là có khả năng về tài chính, có thể tự đảm nhiệm một phần chi phí cải cách quân đội cần thiết. Ủng hộ quan điểm này của Mỹ gồm có Ireland và Anh. Đức tỏ ra dè dặt hơn. Pháp, Ý và 7 nƣớc Tây Âu khác thì muốn kết nạp thêm Rumani và Slovakia trong đợt đầu này. Nếu nhƣ đối với Ý, Slovakia là cầu nối sang phía Đông thì Rumani đƣợc coi nhƣ một biện pháp mà Pháp cần có để cân bằng ảnh hƣởng của mình với Đức ở Trung Âu. Cuộc tranh
cãi diễn ra gay gắt và kết quả chỉ kết nạp 3 nƣớc, đồng thời ghi nhận những phát triển tích cực ở Rumani và Slovakia.
Thứ ba, bất đồng trong việc chia sẻ trách nhiệm trong vấn đề mở rộng. Việc mở rộng NATO sang phía Đông đòi hỏi một khoản kinh phí khá lớn, tổng cộng khoảng 42 tỷ USD. Đối với các nƣớc thành viên, bản thân không phải ai cũng muốn bỏ tiền của vào kế hoạch mới này nếu nhƣ không đƣợc bảo đảm lợi ích tƣơng xứng. Theo tờ Atlantic ngày 10/01/1996, việc mở rộng NATO phải chi mất 7 tỉ USD trong vòng 10 năm, trong đó các nƣớc mới gia nhập phải chi 2,5 tỉ để hiện đại hoá quân đội...[195]. Các nƣớc Tây Âu tính toán rằng Mỹ chỉ phải mất 150 - 220 triệu USD/năm trong khi những thành viên hiện nay phải mất tới hơn 1 tỉ USD/năm. Điều này có nghĩa Mỹ chỉ phải chi 6% tổng chi phí của việc mở rộng mà lợi ích thu đƣợc rất lớn. Do vậy, các nƣớc Tây Âu phản đối việc Mỹ ép đồng minh phải gánh vác các chi phí cao. Về phía Mỹ cho rằng việc phòng thủ của Châu Âu phải là trách nhiệm của Châu Âu là chính.
Thứ tư, bất đồng trong xác định chiến lƣợc mới của NATO. Một là, bất đồng nảy sinh trong việc xác định “Khái niệm chiến lƣợc mới.” Mỹ muốn biến NATO thành một liên minh độc lập nằm ngoài khuôn khổ của Liên hiệp quốc. Trong khi đó, các nƣớc Tây Âu cho rằng cần phải có sự uỷ quyền của Liên Hợp Quốc đối với những hành động can thiệp của NATO. Thực chất, Tây Âu muốn (luôn) dựa vào Liên Hợp Quốc là nhằm tạo một sức mạnh đối trọng với Mỹ trong các vấn đề quốc tế. Hai là, bất đồng trong vấn đề vũ khí hạt nhân. Mỹ cho rằng NATO phải tăng cƣờng vai trò răn đe vũ khí hạt nhân trƣớc mối nguy cơ phổ biến vũ khí hạt nhân. Ngƣợc lại, các nƣớc Tây Âu nhƣ Đức, Hà Lan lại không ủng hộ quan điểm này, “do tình hình NATO đã thay đổi, cho nên cần xem xét lại cơ bản chiến lƣợc hạt nhân của NATO, vứt bỏ chính sách sử dụng trƣớc vũ khí hạt nhân.” Ba là, về vấn đề phạm vi mở rộng khu vực hoạt động của NATO. Mỹ chủ trƣơng sửa đổi nguyên tắc phòng thủ tập thể của NATO sao cho phạm vi hoạt động không bị hạn chế bởi tính chất khu vực. Còn các nƣớc Tây
Âu chủ trƣơng mở rộng hoạt động của NATO nhƣng phải có một phạm vi giới hạn, không muốn NATO trở thành công cụ can thiệp của Mỹ.