Ngoài giống lúa, khâu thu hoạch và công nghệ sau thu hoạch có ý nghĩa quan trọng vì cũng chi phối trực tiếp chất lượng gạo. Chẳng hạn, nếu phơi và sấy lúa không kịp thời, không đúng quy trình kỹ thuật sẽ làm hạt gạo ẩm vàng. Nếu dự trữ quá lâu và bảo quản gạo không tốt cũng sẽ làm biến chất gạo. Tất cả những điều này đều khiến cho giá bán rẻ hơn, thậm chí không thể bán được ở những thị trường khó tính đòi hỏi chất lượng nghiêm ngặt. Hoặc có bán được ở những thị trường khác, chúng ta sẽ bị bên mua chèn ép giá hay đưa ra các điều kiện bất lợi cho ta như trả chậm, mua chịu...
Hiện nay, công nghệ sau thu hoạch ở Việt Nam vẫn chưa được đầu tư đúng mức. Việc thu hoạch lúa chủ yếu vẫn được tiến hành thủ công. Khâu phơi sấy vẫn dựa chủ yếu vào thời tiết, nắng tự nhiên, chưa có thiết bị thu hoạch và phơi sấy. Trong cả nước 90% nông hộ có sân phơi, nhưng ở Đồng bằng Sông Cửu Long (ĐBSCL) chỉ có 76% nông hộ có sân phơi. Trong số đó, khoảng 60% nông hộ có sân xi măng hoặc gạch. Do thiếu sân phơi, nông dân thường phơi ở đường giao thông,do đó tỷ lệ gãy cao và lẫn sạn nhiều. Mặt khác, vụ hè thu ở Nam Bộ thu hoạch vào mùa mưa, nên không có điều kiện phơi nắng, gạo dễ bị ẩm mốc và giảm chất lượng. Trong khâu bảo quản, hiện còn quá ít các phương tiện phòng chống vi sinh vật gây hại như nấm mốc, chuột bọ...Những hạn chế này vừa giải thích lí do tại sao chất lượng gạo của Việt Nam thường thua kém các nước khác, vừa cho thấy tổn thất về số lượng do công nghệ lạc hậu mang lại.