Có nhiều nguyên nhân khách quan và chủ quan dẫn đến tình trạng ô nhiễm môi trƣờng nƣớc, nhƣ sự gia tăng dân số, mặt trái của quá trình công nghiệp hoá, hiện đại hoá, cơ sở hạ tầng yếu kém, lạc hậu: nhận thức của ngƣời dân về vấn đề môi trƣờng còn chƣa cao… Đáng chú ý là sự bất cập trong hoạt động quản lý, bảo vệ môi trƣờng.
Nhận thức của nhiều cấp chính quyền, cơ quan quản lý, tổ chức và cá nhân có trách nhiệm về nhiệm vụ bảo vệ môi trƣờng nƣớc chƣa sâu sắc và đầy đủ; chƣa thấy rõ ô nhiễm môi trƣờng nƣớc là loại ô nhiễm gây nguy hiểm trực tiếp, hàng ngày và khó khắc phục đối với đời sống con ngƣời cũng nhƣ sự phát triển bền vững của đất nƣớc.
Các quy định về quản lý và bảo vệ môi trƣờng nƣớc còn thiếu (chẳng hạn nhƣ chƣa có các quy định và quy trình kỹ thuật phục vụ cho công tác quản lý và bảo vệ nguồn nƣớc). Cơ chế phân công và phối hợp giữa các cơ quan, các ngành và địa phƣơng chƣa đồng bộ, còn chồng chéo, chƣa quy định trách nhiệm rõ ràng.
Chƣa có chiến lƣợc, quy hoạch khai thác, sử dụng và bảo vệ tài nguyên nƣớc theo lƣu vực và các vùng lãnh thổ lớn. Chƣa có các quy định hợp lý trong việc đóng góp tài chính để quản lý và bảo vệ môi trƣờng nƣớc, gây nên tình trạng thiếu hụt tài chính, thu không đủ chi cho bảo vệ môi trƣờng nƣớc.
Ngân sách đầu tƣ cho bảo vệ môi trƣờng nƣớc còn rất thấp (một số nƣớc ASEAN đã đầu tƣ ngân sách cho bảo vệ môi trƣờng là 1% GDP, còn ở Việt Nam mới chỉ đạt 0,1%). Các chƣơng trình giáo dục cộng đồng về môi trƣờng nói chung và môi trƣờng nƣớc nói riêng còn quá ít. Đội ngũ cán bộ quản lý môi trƣờng nƣớc còn thiếu về số lƣợng, yếu về chất lƣợng (Hiện nay ở Việt Nam trung bình có khoảng 3 cán bộ quản lý môi trƣờng/1 triệu dân, trong khi đó ở một số nƣớc ASEAN trung bình là 70 ngƣời/1 triệu dân)...
Hiện thực cho thấy mặc dù Việt Nam có luật môi trƣờng, trong đó nêu rõ các tiêu chuẩn đánh giá kể cả các khung phạt nhất định khi vi phạm thế nhƣng nhƣ chúng ta hàng ngày hàng giờ chứng kiến thì Việt Nam vẫn đang trong tình trạng báo động về ô nhiễm, ngƣời ngƣời xả rác, nhà nhà xả rác, các doanh nghiệp thải chất thải... Doanh nghiệp gây ô nhiễm, chính quyền ngại xử vì coi trọng “đóng góp” cho ngân sách nhà nƣớc.