Trước hết, nguyên nhân từ phía lập pháp. Đó là:
a) Điều 79 BLTTHS quy định: Khi có căn cứ chứng tỏ bị can, bị cáo gây khó khăn cho việc điều tra, truy tố, xét xử hoặc tiếp tục phạm tội…, Cơ quan điều tra, VKS, Tòa án trong phạm vi của mình hoặc người có thẩm quyền theo quy định của Bộ luật này có thể áp dụng một trong những biện pháp sau đây: bắt, tạm giữ, tạm giam, cấm đi khỏi nơi cư trú, bảo lĩnh, đặt tiền hay tài sản có giá trị để bảo đảm. Các căn cứ này không được cơ quan có thẩm quyền giải thích nên gây ra những hạn chế là: "1) Các Cơ quan điều tra lấy việc áp dụng biện pháp ngăn chặn làm biện pháp khám phá tội phạm; 2) Là điều kiện để cơ quan tiến hành tố tụng không tích cực thực hiện các hoạt động tố tụng trong quá trình giải quyết vụ án; 3) Là một trong những nguyên nhân vi phạm quyền con người" [9, tr. 133].
b) Các điều 86, 87 BLTTHS quy định về biện pháp tạm giữ, nhưng không đề cập đến căn cứ áp dụng làm cho việc áp dụng tùy tiện, tràn lan "hễ bắt là tạm giữ" nên không phát huy được hiệu quả. Bên cạnh đó, còn có loại thời hạn khác cần được trừ vào thời hạn tạm giam, nhưng luật chưa điều chỉnh, như: thời gian cấm đi khỏi nơi cư trú; thời gian bắt buộc chữa bệnh ở cơ sở y tế hoặc tâm thần; thời hạn họ bị tạm giam trên lãnh thổ nước khác theo yêu cầu tương trợ tư pháp hoặc theo yêu cầu chuyển giao cho Việt Nam theo quy định tại Điều 343 BLTTHS; Điều 80 BLTTHS quy định về bắt bị can, bị cáo để tạm giam cũng không đề cập đến căn cứ áp dụng, đồng thời, bỏ lọt trường hợp cần áp dụng biện pháp tạm giam đối với bị can, bị cáo phạm một tội mà BLHS quy định mức hình phạt tù đến 2 năm nếu có một trong những tình tiết sau: không có nơi cư trú thường xuyên trên lãnh thổ Việt Nam; không xác định được nhân thân của đối tượng; họ đã vi phạm khi thực hiện BPNC khác được áp dụng trước đó; họ đã trốn tránh Cơ quan điều tra, VKS hoặc Tòa án. Việc chưa luật hóa các nội dung này làm hạn chế hiệu quả áp dụng của biện pháp tạm giam. c) Điều 126 BLTTHS quy định: "Khi có đủ căn cứ để xác định một người phạm tội, thì ra quyết định khởi tố bị can". Điều luật không chỉ rõ định tính, định lượng, tức là cái gì là căn cứ và đủ căn cứ là bao nhiêu ? Việc khởi tố bị can tràn lan và có nhiều trường hợp không cần thiết áp dụng biện pháp tạm giam vẫn bị tạm giam có nguyên nhân sâu xa xuất phát từ quy định của điều luật này.
d) Quan trọng hơn cả là trong BLTTHS năm 2003 thiếu quy phạm về "căn cứ không khởi tố bị can" nên dễ dẫn đến sai lầm khi ra quyểt định khởi tố bị can do không có căn cứ "làm phép đếm loại trừ" và gây ra oan.
e) Các loại thời hạn tạm giam quá dài được quy định trong từng giai đoạn tố tụng theo các điều 120, 121, 166, 177, 228, 242 BLTTHS.
g) BLTTHS không đề cập thời hạn của việc thực hiện quy trình: cán bộ Tòa án tiếp nhận hồ sơ do VKS chuyển sang - cán bộ Tòa án chuyển cho người
có trách nhiệm phân công thẩm phán chịu trách nhiệm giải quyết vụ án - thẩm phán nghiên cứu hồ sơ vụ án - thẩm phán nghiên cứu và đề xuất Chánh án áp dụng BPNC tạm giam. Do quy trình này chưa được luật hóa nên dẫn đến tình trạng quá hạn tạm giam chiếm tỷ lệ cao do trách nhiệm của Tòa án.
h) Trong các điều 80, 81, 82 BLTTHS quy định về bắt người, nhưng không có quy định nào đề cập đến thời điểm kết thúc của việc bắt nên có thể hạn chế quyền và tự do của con người với thời hạn không xác định.
i) Điều 91 BLTTHS không quy định căn cứ áp dụng và các điều 92, 93 không quy định căn cứ cụ thể về tính chất nghiêm trọng của tội phạm để áp dụng là nguyên nhân dẫn đến hiệu quả thấp đối với biện pháp cấm đi khỏi nơi cư trú, bảo lĩnh và đặt tiền hoặc tài sản có giá trị để bảo đảm.
Thứ hai, có một số nội dung về các BPNC không rõ nghĩa chưa được
giải thích từ cơ quan có thẩm quyền, làm cho việc áp dụng không thống nhất, như: các BPNC do VKS phê chuẩn, thì việc hủy bỏ hoặc thay thế phải do VKS quyết định; thời điểm kết thúc của thời hạn tạm giữ, căn cứ khởi tố bị can;...
Thứ ba, sự giám sát của Hội đồng nhân dân, Quốc hội đối với việc áp
dụng các BPNC còn hình thức, chỉ thông qua các báo cáo của VKS, Tòa án tại kỳ họp của Hội đồng nhân dân, Quốc hội và không có biện pháp cụ thể nên tình trạng vi phạm pháp luật tuy có giảm, nhưng chậm khắc phục.
Thứ tư, các phương tiện, trang bị, chế độ cho cán bộ làm công tác điều
tra, truy tố, xét xử, thi hành án, quản lý nơi giam giữ chưa được ưu tiên đầy đủ làm ảnh hưởng năng lực hoàn thành nhiệm vụ. Nhất là, trang bị phương tiện kỹ thuật điều tra hiện đại để phòng ngừa và ĐTCTP mới nảy sinh có sử dụng kỹ thuật tin học hay tội phạm trong lĩnh vực chứng khoán...
Thứ năm, do số lượng cán bộ của Tòa án còn thiếu, chưa đáp ứng với
yêu cầu của thời kỳ cải cách tư pháp và chưa có biện pháp phối hợp chặt chẽ giữa các cấp xét xử để tình trạng bị cáo quá hạn tạm giam kéo dài.
Thứ sáu, hầu hết các trại tạm giam đều quá tải, cán bộ quản lý trại tạm giam không thể quán xuyến được hết tất cả công việc để kịp thời thông báo các trường hợp gần hết thời hạn tạm giam.