Tổ chức quản lý trong du lịch của tỉnh Nghệ An cũng giống như các địa phương khác trong cả nước, tổ chức quản lý ở đây bao gồm ba thành phần chính là: tổ chức quản lý nhà nước về du lịch, tổ chức quản lý kinh doanh du lịch của các doanh nghiệp, tổ chức quản lý của địa phương là tại các huyện thị, phường xã nơi có khu, điểm du lịch. Nhìn chung ngành du lịch Nghệ An chịu sự quản lý từ trung ương xuống địa phương, hoạt động theo đường lối, chủ trương của Đảng và Nhà nước đề ra và trong khuôn khổ pháp luật. Đó là các cơ quan quản lý nhà nước về du lịch cấp Trung ương bao gồm Tổng cụ du lịch cùng các vụ chức năng, các Bộ, các ngành quản lý các lĩnh vực kinh tế - xã hội cùng các bộ phận của nó có chức năng quản lý ngành như Bộ Tài chính, Ngân hàng Nhà nước, Bộ Kế hoạch – Đầu tư …các Bộ, ngành hữu quan như Hàng không, Hải quan, Ngoại giao, Công an…
Quản lý nhà nước về du lịch tại tỉnh Nghệ An cũng có các cơ quan tương tự như cấp Trung ương nhưng có chức năng quản lý theo địa bàn. Cấp quản lý cao nhất cũng như các tỉnh khác là cấp tỉnh, đứng đầu là Chủ tịch tỉnh, Ủy ban nhân dân tỉnh, tiếp đó là các sở, ban ngành liên quan trực thuộc tỉnh. Các cấp quản lý
từng địa phương là các huyện thị có các phòng quản lý du lịch nơi địa phương có các tài nguyên du lịch, tiếp đó là các cơ quan quản lý địa bàn của các phường xã nơi có điểm du lịch. Quản lý theo chuyên ngành du lịch có các sở ban ngành liên quan, quản lý chéo các vấn đề liên quan tới nhau như các ban ngành công an, thương mại, giao thông, tài nguyên môi trường... Hiện nay ngành du lịch được sát nhập ngành văn hóa và thể thao gọi chung là Sở văn hóa thể thao và du lịch Nghệ An. Cơ cấu tổ chức của Sở Văn hoá, Thể thao và Du lịch có Giám đốc và không quá ba Phó Giám đốc, Giám đốc là người đứng đầu Sở, chịu trách nhiệm trước Uỷ ban nhân dân tỉnh, Chủ tịch Uỷ ban nhân dân tỉnh và trước pháp luật về toàn bộ hoạt động của Sở. Phó Giám đốc là người giúp Giám đốc, chịu trách nhiệm trước Giám đốc Sở và trước pháp luật về nhiệm vụ được phân công. Khi Giám đốc vắng mặt, một Phó Giám đốc được Giám đốc uỷ quyền điều hành các hoạt động của Sở. Việc bổ nhiệm Giám đốc, Phó Giám đốc do Chủ tịch Uỷ ban nhân dân tỉnh quyết định theo tiêu chuẩn chuyên môn, nghiệp vụ được Bộ trưởng Bộ Văn hoá, Thể thao và Du lịch ban hành. Việc miễn nhiệm, cách chức, khen thưởng, kỷ luật Giám đốc, Phó Giám đốc được thực hiện theo quy định của pháp luật. Tiếp đó là các phòng chuyên môn, nghiệp vụ như: Phòng Nghiệp vụ văn hoá. Phòng Xây dựng nếp sống văn hoá và gia đình. Phòng Nghiệp vụ thể dục thể thao. Phòng Nghiệp vụ du lịch. Phòng Quản lý Di sản văn hoá. Phòng Kế hoạch - Tài chính. Phòng Tổ chức cán bộ. Ban Thanh tra và khối văn phòng.
Các đơn vị sự nghiệp trực thuộc Sở là: Bảo tàng Nghệ An. Bảo tàng Xô Viết Nghệ Tĩnh. Ban Quản lý Di tích và Danh thắng. Ban quản lý Quảng trường Hồ Chí Minh và Tượng đài Bác Hồ. Thư viện tỉnh. Trung tâm Văn hoá thông tin tỉnh. Khu di tích Kim Liên. Trung tâm Bảo tồn phát huy di sản dân ca xứ Nghệ. Đoàn ca múa kịch. Trung tâm Phát hành Phim và Chiếu bóng. Trung tâm Đào tạo và Huấn luyện thể dục thể thao. Trung tâm Thi đấu và Dịch vụ thể thao. Câu lạc bộ bóng đá Sông Lam Nghệ An. Trung tâm xúc tiến Du lịch Nghệ An. Tạp chí Văn hoá Nghệ An.
Trung tâm xúc tiến thương mại du lịch Nghệ An hình thành từ một phần Sở du lịch Nghệ An cũ, đứng đầu Giám đốc trung tâm, các phó giám đốc phụ việc và các phòng ban, các chuyên viên du lịch. Trung tâm thực hiện các công tác quảng bá xúc tiến hình ảnh du lịch Nghệ An trên mọi miền tổ quốc, quốc tế và tổ chức thực hiện các hoạt động du lịch trên địa bàn, hay tham gia các hoạt động du lịch ở các địa phương khác…
Những năm qua, ngành du lịch Nghệ An đã tham mưu cho Tỉnh ủy và Ủy ban nhân dân tỉnh ban hành nhiều chủ trương, nghị quyết, chỉ thị, quyết định để triển khai thực hiện Luật du lịch và các văn bản luật liên quan cho các cơ quan ban ngành và các đơn vị kinh doanh trên địa bàn và tác động thúc đẩy du lịch phát triển, tạo môi trường hoạt động lành mạnh, tuân thủ pháp luật. Thực hiện công tác thu hút đầu tư cơ sở hạ tầng, vật chất kỹ thuật, phối hợp ban ngành và Ủy ban nhân dân huyện xã kiểm tra chất lượng du lịch, tình hình an ninh du lịch, môi trường tài nguyên du lịch… Phối hợp trung tâm xúc tiến thương mại du lịch tổ chức các hoạt động du lịch trên địa bàn, xúc tiến quảng bá hình ảnh du lịch Nghệ An, tham gia các hoạt động du lịch các tỉnh khác và các nước láng giềng.
Về quản lý và khai thác bảo tồn di sản văn hoá Sở văn hóa thể thao và du lịch có nhiệm vụ và quyền hạn: Tổ chức thực hiện quy chế, giải pháp huy động, quản lý, sử dụng các nguồn lực để bảo vệ và phát huy giá trị di sản văn hoá tại địa phương sau khi được phê duyệt. Hướng dẫn và tổ chức thực hiện các dự án bảo quản, tu bổ và phục hồi di tích thuộc địa phương quản lý sau khi được phê duyệt. Tổ chức điều tra, phát hiện, thống kê, phân loại và lập hồ sơ di sản văn hoá phi vật thể thuộc địa bàn tỉnh. Hướng dẫn thủ tục và cấp giấy phép nghiên cứu, sưu tầm di sản văn hoá phi vật thể trên địa bàn tỉnh cho tổ chức, cá nhân nước ngoài và người Việt Nam định cư ở nước ngoài. Tổ chức thực hiện kiểm kê, phân loại, lập hồ sơ xếp hạng di tích lịch sử văn hoá và danh lam thắng cảnh thuộc địa bàn tỉnh. Thẩm định dự án cải tạo, xây dựng các công trình nằm ngoài khu vực bảo vệ di tích cấp
tỉnh có khả năng ảnh hưởng đến cảnh quan, môi trường của di tích. Tổ chức việc thu nhận, bảo quản các di vật, cổ vật, bảo vật quốc gia do tổ chức, cá nhân giao nộp và thu giữ ở địa phương theo quy định của pháp luật. Đăng ký và tổ chức quản lý di vật, cổ vật, bảo vật quốc gia trong phạm vi tỉnh; cấp giấy phép làm bản sao di vật, cổ vật, bảo vật quốc gia thuộc bảo tàng cấp tỉnh và sở hữu tư nhân. Quản lý, hướng dẫn tổ chức các hoạt động bảo tồn, phát huy giá trị di sản văn hoá, lễ hội truyền thống, tín ngưỡng gắn với di tích, nhân vật lịch sử tại địa phương.
Tổ chức quản lý kinh doanh ở các doanh nghiệp du lịch tại Nghệ An bao gồm các loại hình doanh nghiệp như doanh nghiệp nhà nước, doanh nghiệp tư nhân, cổ phần và doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài. Trong đó các doanh nghiệp du lịch nhà nước chịu sự quản lý trực tiếp của các cơ quan ban ngành liên quan và chịu sự quản lý địa bàn như khách sạn của Bộ Công An, khách sạn Công Đoàn, nhà khách Tỉnh Ủy… Một số khách sạn, nhà hàng có vốn đầu tư của nước ngoài nhưng số lượng này không nhiều chịu sự quản lý của địa phương và các ban ngành liên quan. Còn các doanh nghiệp tư nhân, cổ phần chiếm phần lớn doanh nghiệp nơi đây, những doanh nghiệp này có quy mô lớn nhỏ khác nhau, nhưng đa số là khách sạn, nhà hàng công ty có quy mô vừa và nhỏ. Nhìn chung những khách sạn lớn có bộ máy tổ chức quản lý chặt chẽ nhiều phòng ban với những chức năng khác nhau, hoạt động chuyên nghiệp và hiệu quả. Đó là những công ty, khách sạn từ ba sao đến bốn sao tập trung chủ yếu ở thành phố Vinh và thị xã Cửa Lò, kinh doanh đa dạng từ khách sạn, nhà hàng, lữ hành, vận tải, khu vui chơi giải trí… Đứng đầu là ban lãnh đạo có giám đốc điều hành là Tổng Giám đốc và các Phó Giám đốc điều hành, tiếp theo là các phòng ban đứng đầu là các trưởng bộ phận quản lý bộ phận và các nhân viên, lao động trực tiếp với số lượng đông như bộ phận lễ tân, buồng, kỹ thuật của khách sạn, bộ phận nhà hàng, bộ phận kinh doanh, bộ phận lữ hành…Hiện nay có khách sạn Phương Đông của tập đoàn dầu khí, khách sạn Sài Gòn Kim Liên và một số khách sạn ở thị xã Cửa Lò, lao động ở các
doanh nghiệp này ổn định, chất lượng đảm bảo và các chế độ cho lao động rất đầy đủ. Còn các doanh nghiệp có quy mô vừa và nhỏ là các khách sạn hai sao, các công ty lữ hành thì bộ máy tổ chức đơn giản hơn, có giám đốc điều hành, các phòng ban hành chính và các bộ phận khách sạn và bộ phận nhà hàng. Ngoài ra còn có số đông các nhà nghỉ, nhà hàng đang hoạt động có bộ máy tổ chức đơn giản, có nhà nghỉ hoạt động mang tính chất gia đình đa số tập trung ở thị xã Cửa Lò, tức là những người trong gia đình cùng tham gia phục vụ kinh doanh các dịch vụ cho khách du lịch, đến mùa du lịch khoảng cuối tháng tư đến tháng chín dương lịch hàng năm các nhà nghỉ này hoạt động hết công suất như các khách sạn lớn nhưng nguồn lao động trực tiếp thường thuê các lao động phổ thông làm mùa vụ cho nên chất lượng phục vụ không cao.
Tổ chức quản lý tại các địa phương tức là các huyện thị cho đến các xã phường nơi giữ chức năng quản lý theo địa bàn thường quản lý các khu có điểm du lịch, các tài nguyên du lịch trên địa bàn của mình. Các cơ quan này chịu sự quản lý chung từ trung ương xuống địa phương cấp tỉnh cho đến cấp huyện thị, ở cấp huyện có các phòng quản lý về du lịch hay tài nguyên. Đến cấp phường xã là nơi trực tiếp quản lý các tài nguyên và các doanh nghiệp kinh doanh du lịch đóng trên địa bàn. Đối với các điểm du lịch hay các di tích, công trình danh lam thắng cảnh như đền chùa, miếu mạo…ở cấp phường sẽ đề cử những người đại diện cho phường làm quản lý gọi là ban quản lý di tích đó chịu trách nhiệm trông coi tài sản và các vấn đề phát sinh trong quá trình công tác cũng như trong việc bảo tồn, giữ gìn phát huy giá trị văn hóa của tài nguyên đó, ban quản lý có thể có nhiều người và những người cùng trông coi làm việc tại khu di tích đó. Các ban ngành và ủy ban nhân dân các huyện thị phối hợp thanh tra, kiểm tra, chấn chỉnh tình hình an ninh, hoạt động của các cơ sở kinh doanh dịch vụ, giá cả, tệ nạn tại các khu, tuyến điểm du lịch trên địa bàn. Ủy ban nhân dân tỉnh là đơn vị ra quyết định cấp phép
cho thành lập Hiệp hội Du lịch Nghệ An đáp ứng nhu cầu, nguyện vọng của các doanh nghiệp và đòi hỏi phát triển của địa phương, toàn ngành du lịch.
Ở những khu di tích lớn thì sẽ có bộ máy tổ chức quản lý quy mô hơn như khu di tích Kim Liên – Nam Đàn, hay một số khu du lịch của thành phố Vinh như Quảng trường Hồ Chí Minh, khu Công viên trung tâm, rừng quốc gia Pù Mát… sẽ có các công ty, doanh nghiệp có khả năng kinh tế đứng ra thuê hay cùng góp vốn và quản lý, khai thác bảo tồn các tài nguyên văn hóa hoặc có những đầu tư vốn và tham gia khai thác kinh doanh một phần trong khu du lịch đó nhưng chịu sự quản lý của các cơ quan ban ngành trực thuộc tỉnh. Với các cấp quản lý cao nhất là ban lãnh đạo, sau đó là các phòng ban hành chính, kinh tế và các bộ phận quản lý lao động…Còn các phường xã đóng vai trò quản lý địa bàn, phối hợp với bên công an quản lý con người, an ninh trật tự, tài sản đất đai cho người dân…Riêng khu di tích Kim Liên thuộc khu di tích cấp quốc gia cho nên trực thuộc quản lý của Ủy ban nhân dân tỉnh, do tỉnh cử ra cấp quản lý. Hiện nay các dự án đầu tư bảo tồn và phát triển các hạng mục di tích được Phó giám đốc Sở văn hóa thể thao và du lịch trực tiếp quản lý điều hành, kiểm tra đôn đốc, tiếp là các phòng ban liên quan quản lý đội ngũ nhân viên trực tiếp làm việc trong khu di tích…
Hiện nay bộ máy quản lý trong toàn tỉnh khá kiện toàn, hệ thống cơ chế chính sách phát triển du lịch, quy hoạch các khu du lịch được hình thành và hoàn thiện từng bước tạo môi trường thuận lợi cho du lịch phát triển.