Công tác tổ chức bảo vệ ngƣ trƣờng của Chi hội Nghề cá tuy đã tiến hành tích cực, nhƣng cho đến nay vẫn đang còn phức tạp. Các mâu thuẫn, vi phạm về sử dụng nguồn lợi còn tiếp diễn ở ngƣ trƣờng dƣới đập Cửa Lác thuộc vùng sản xuất của Chi hội Nghề cá Quảng Thái. Đây là mặt còn tồn tại nhất của mô hình nghiên cứu, nhƣng nhìn chung vấn đề tồn tại này là khách quan vì chính sự tồn tại này là động lực của việc xây dựng hệ thống quản lý nghề cá dựa vào dân. Suy cho cùng, nếu không còn tồn tại mâu thuẫn thì cũng không cần thiết phải tổ chức quản lý thuỷ sản. Phân tích cho thấy các nguyên nhân còn nhiều mâu thuẫn, cơ bản nhất vẫn là vấn đề "sở hữu" chƣa xác định.
- Nguyên nhân khách quan: Do hệ thống ngƣ dân trên toàn bộ đầm phá Thừa Thiên Huế mới xác lập bƣớc đầu, tổ chức ngƣ dân chƣa thành lập đồng bộ ở các vùng ngƣ trƣờng lân cận, hệ thống "quyền đánh cá" chƣa triển khai. Chi hội nghề cá Quảng Thái vẫn chƣa đƣợc trao quyền khai thác, sử dụng và uỷ quyền quản lý một số lãnh vực ở ngƣ trƣờng cụ thể bằng một văn bản chủ quyền nghề cá thực sự nên việc tổ chức quản lý nghề cá còn nhiều khó khăn. Việc ngăn chặn những ngƣ dân các xã lân cận khai thác bằng các nghề bất hợp pháp còn thiếu cƣơng quyết do chƣa xác định chủ quyền. Điều này dẫn đến một tình trạng khó khăn hơn khi các thành viên trong Chi hội Nghề cá bắt đầu cảm thấy thiệt thòi về kinh tế so với các ngƣ dân bên ngoài.
- Nguyên nhân chủ quan: Đấu tranh bản thân của mỗi một thành viên trong tổ chức ngƣ dân, đấu tranh giữa "mặt tích cực" và "cái tiêu cực" trong
mỗi một con ngƣời. Mặt tích cực ở đây là tinh thần trách nhiệm đối với tài nguyên chung của cộng đồng, “cái tiêu cực” là quyền lợi riêng tƣ trƣớc mắt, cục bộ của cá nhân, gia đình. Sự đấu tranh này gay gắt đến mức có một thành viên đã từ chối nhận nhiệm vụ tham gia BCH Chi hội khi đƣợc ngƣ dân bầu ra, do họ biết rằng đã là Lãnh đạo tổ chức ngƣ dân thì phải gƣơng mẫu, cả dòng họ con cái cũng phải gƣơng mẫu, không khai thác các nghề ảnh hƣởng đến nguồn lợi thuỷ sản đồng nghĩa với việc giảm thu nhập trƣớc mắt, điều đó ảnh hƣởng trực tiếp đến đời sống bản thân và gia đình.
Mâu thuẫn của thực tiễn triển khai mô hình quản lý nghề cá hiện vẫn còn phía trƣớc... vì nó gắn với đời sống, sinh kế của từng gia đình ngƣ dân cụ thể, do đó không thể giải quyết bằng lý thuyết động viên chung chung, mà cả bằng hệ thống đầy đủ các thể chế pháp luật, cơ chế tạo niềm tin, giải pháp kinh tế... trong toàn bộ khu vực hệ sinh thái một cách đồng bộ. Hiện nay mô hình Quảng Thái có vẻ nhƣ chững lại trong công tác bảo vệ ngƣ trƣờng, nguồn lợi thuỷ sản. Điều đó là tất nhiên vì một mô hình quản lý nhỏ trong cộng đồng không thể tiến lên rất xa, trong lúc cả hệ thống chung quanh đang còn chƣa chuyển đổi. Ở đây cần chú ý, nguồn lợi thuỷ sản có tính hệ thống, liên thông trong hệ sinh thái, khác hẳn đa số các tài nguyên khác. Mô hình nghiên cứu triển khai ở Quảng Thái từ sau tháng 10/2004 đã không còn nhận bất cứ một trợ giúp tài chính nào ngoài ý kiến tƣ vấn, chính nhƣ thế mới xác định tính chân thật của mô hình. Một số mô hình khác cứ đƣợc nhận hỗ trợ tài chính lâu dài thì không thể đánh giá đƣợc liệu chúng có tồn tại bền vững hay không, sau khi nhà tài trợ chia tay, trả lại công tác quản lý nghề cá cho chính quyền và ngƣ dân địa phƣơng. Do đó, mô hình Quảng Thái có thể không hào nhoáng, nhƣng là thật đứng trên đôi chân của mình và trong môi trƣờng thật của mình phải đối mặt: khó khăn sinh kế, mâu thuẫn sử dụng nguồn lợi vẫn tiếp tục, nguồn lực quản lý từ Nhà nƣớc đang còn nhiều hạn chế...