Tham nhũng là hành vi tiêu cực gắn với yếu tố quyền lực. Do vậy, việc nhận diện và phát hiện đối với tham nhũng nói chung trên thực tế rất hạn chế. Để có số liệu tương đối chính xác về tham nhũng, chỉ có thể thơng qua các bản án đã có hiệu lực pháp luật với việc thống kê các tội danh thuộc nhóm tội về tham nhũng. Nhưng đó chỉ là con số rất nhỏ (khoảng 5%) so với thực trạng tham nhũng bởi vì nhiều vụ việc khơng được đưa ra xử lý về hình sự [41].
Trong việc thực hiện các nhiệm vụ KH&CN, mặc dù các phương tiện thông tin đại chúng nêu rất nhiều về vấn đề "tham nhũng, lãng phí trong nghiên cứu khoa học" nhưng thực tế chỉ có một số ít vụ việc được xem xét và nếu có xử lý cũng chỉ là áp dụng các biện pháp tài chính hoặc hành chính. Theo thống kê chưa đầy đủ của Thanh tra Bộ KH&CN thì trong 3 năm từ 2006-2008, lực lượng Thanh tra KH&CN của 63 tỉnh, thành phố trên cả nước đã tiến hành thành tra 298 nhiệm vụ KH&CN cấp tỉnh nhưng chỉ có 23 nhiệm vụ bị kết luận là có vi phạm. Các vi phạm thường được nhận định chung là "sai quy chế", "gây thất thoát" hoặc "vi phạm quy định về quản lý tài chính".
Gần đây nhất, vào tháng 3/2009 Thanh tra Bộ Nơng nghiệp và Phát triển Nông thôn phát hiện ra dấu hiệu tham nhũng trong việc triển khai các nhiệm vụ KH&CN ở Viện Thú y Trung ương do Viện trưởng và một số cán bộ khác của Viện thực hiện. Có thể nói, đây là lần đầu tiên một vụ việc có dấu hiệu tiêu cực trong quá trình thực hiện các nhiệm vụ KH&CN bị phát hiện và bị xác định trách nhiệm tham nhũng.
Xem xét trên phương diện mức độ tham nhũng chúng ta thấy rằng, thực chất tham nhũng, lãng phí trong nghiên cứu khoa học là một vấn đề ít
được dư luận quan tâm. Chống tham nhũng, lãng phí chủ yếu vẫn được tập trung vào một số ngành xây dựng cơ bản. Nhiều người vẫn cho rằng, tham nhũng trong xây dựng cơ bản, nhất là các cơng trình giao thơng, cơng cộng có tỷ lệ cao nhất, có thể lên tới 30-40%. Nhưng theo phân tích của một số nhà khoa học, mỗi đề tài nghiên cứu khoa học thất thốt vì tham nhũng, lãng phí khoảng 40% tổng kinh phí [54]. Trên thực tế, vụ tiêu cực ở Viện Thú y Trung ương cho thấy, chỉ riêng trong năm 2005 và 2006, Viện đã thực hiện tổng số 45 nhiệm vụ nghiên cứu khoa học, nhưng có 19/45 đề tài nghiên cứu khơng có sản phẩm; nhiều đề tài bị buông lỏng quản lý, làm trái nguyên tắc (về khoa học và tài chính), gây tổn thất cho ngân sách nhà nước khoảng 4,3 tỉ đồng, trong đó thất thốt, thiệt hại gần 1,557 tỷ đồng và gây lãng phí trên 2,757 tỷ đồng tiền ngân sách. Ví dụ, đề tài "Thử nghiệm vắc-xin cúm gia cầm" đã bị chủ nhiệm sử dụng chứng từ khống để thanh tốn số tiền 405 triệu đồng trong tổng số kinh phí của đề tài là 805 triệu đồng, hay đề tài "Nghiên cứu phương pháp duy trì các yếu tố gây bệnh của vi khuẩn E.Coli nhằm ổn định hiệu lực vắc-xin phù đầu lợn" chỉ có 169 triệu đồng có hố đơn, chứng từ hợp pháp để thanh toán trong tổng số kinh phí thực hiện đề tài nghiên cứu là 430 triệu đồng [69]. Như vậy, tỷ lệ bị thất thốt đều hơn 50%, thậm chí nếu hiểu theo nghĩa rộng, tức là có đầu tư nhưng khơng mang lại chút kết quả nào thì “thất thốt cịn có thể lên tới 100%” [76].
Trong phạm vi các nhiệm vụ cụ thể, có ý kiến cho rằng, trước đây KH&CN của nước ta kém phát triển là do kinh phí hạn hẹp (Nhà nước thường cấp không quá 1 tỷ đồng cho mỗi đề tài) nhưng mấy năm gần đây, kinh phí cho mỗi đề tài đã gấp 2-4 lần so với những năm trước, nhưng kết quả đạt được thì khơng có khác biệt đáng kể. Tỷ lệ ngân sách nhà nước dành cho nghiên cứu KH&CN đã tăng lên nhiều so với 10-15 năm trước và chắc chắn còn tiếp tục tăng trong những năm tiếp theo nhưng thành tựu đạt được có lẽ
chỉ là “nâng cao thêm trình độ cán bộ chứ khơng mang lại kết quả gì đáng kể cho nền kinh tế quốc dân” [60].
Quá trình thực hiện các nhiệm vụ KH&CN gồm nhiều giai đoạn với trình tự, thủ tục khác nhau nên các hành vi tiêu cực nói chung và tham nhũng nói riêng trong các giai đoạn cũng có tính chất và biểu hiện khác nhau.