Sau khi được giao nhiệm vụ KH&CN, căn cứ vào quyết định và đề cương đã được phê duyệt, tổ chức chủ trì và chủ nhiệm đề tài, dự án chủ động triển khai các nội dung nghiên cứu với trách nhiệm, quyền hạn cụ thể như sau:
Đối với tổ chức chủ trì:
- Chịu trách nhiệm về nội dung của đề tài, dự án thuộc định hướng chủ yếu phát triển KH&CN của đơn vị.
- Cùng chủ nhiệm đề tài, dự án ký kết với Ban chủ nhiệm Chương trình và Văn phịng các chương trình hợp đồng thực hiện đề tài, dự án.
- Cùng chủ nhiệm đề tài, dự án thực hiện đầy đủ, nghiêm chỉnh các cam kết trong hợp đồng về:
+ Cơ sở vật chất (trang thiết bị, nhà xưởng, phương tiện) và nhân lực; + Điều phối kế hoạch, tiến độ thực hiện đề tài, dự án;
+ Các điều khoản khác thuộc trách nhiệm của tổ chức chủ trì.
- Quản lý kinh phí được cấp, cấp đủ, đúng tiến độ kinh phí từ các nguồn kinh phí đã cam kết trong hợp đồng; tổ chức đấu thầu, mua sắm và quản lý trang thiết bị của đề tài, dự án theo quy định hiện hành.
- Tổ chức quản lý, khai thác, chuyển giao kết quả của đề tài, dự án và được hưởng các quyền lợi khác từ các hoạt động trên theo quy định pháp luật. - Được ghi nhận các kết quả của đề tài, dự án làm căn cứ xem xét cho tổ chức
Đối với chủ nhiệm đề tài, dự án:
- Tổ chức thực hiện đề tài, dự án và chịu trách nhiệm về tính trung thực, giá trị khoa học, trình độ nghiên cứu, hiệu quả của kết quả nghiên cứu của đề tài, dự án; có đăng ký sáng chế từ kết quả của đề tài, dự án; có phương án ứng dụng kết quả hoặc phương án thương mại hoá sản phẩm từ kết quả đề tài, dự án. - Chủ động sử dụng kinh phí đúng mục đích, đúng chế độ, có hiệu quả theo nội
dung của hợp đồng; thực hiện thanh, quyết tốn kinh phí theo quy định hiện hành.
- Được đảm bảo các điều kiện để thực hiện đề tài, dự án theo thoả thuận trong hợp đồng và đề xuất, kiến nghị các điều chỉnh khi cần thiết.
- Kiểm tra đôn đốc các tổ chức, cá nhân tham gia phối hợp trong việc thực hiện đề tài, dự án theo hợp đồng. Thực hiện báo cáo theo quy định về tình hình triển khai nhiệm vụ, sử dụng kinh phí.
- Thực hiện việc cơng bố, giao nộp, chuyển giao kết quả thực hiện đề tài, dự án theo quy định hiện hành.
Tổ chức KH&CN được giao trực tiếp nhiệm vụ KH&CN có thể tổ chức thực hiện các nhiệm vụ này theo phương thức tuyển chọn hoặc giao trực tiếp cho tập thể, cá nhân trong tổ chức của mình. Nếu tổ chức thực hiện theo phương thức tuyển chọn thì phải thành lập Hội đồng tuyển chọn. Trường hợp thực hiện theo phương thức giao trực tiếp thì phải thành lập Hội đồng KH&CN xét duyệt đề cương thực hiện nhiệm vụ KH&CN.
Giai đoạn thực hiện nhiệm vụ KH&CN chính là q trình triển khai các nội dung nghiên cứu và sử dụng kinh phí phục vụ nghiên cứu. Đây là giai đoạn quan trọng nhất và tiềm ẩn nhiều nguy cơ tham nhũng nhất. Tham nhũng trong giai đoạn này thường tập trung vào nhóm các hành vi "gian lận" và "thơng đồng, móc ngoặc". Tuy nhiên, việc phân chia và xác định hành vi cụ thể là "gian lận" hay "thơng đồng, móc ngoặc" cũng chỉ có ý nghĩa tương đối.
Bởi vì có những trường hợp chủ thể hành vi thực hiện việc thơng đồng, móc ngoặc nhằm mục đích gian lận hoặc ngược lại.