Tham nhũng trong việc thực hiện các nhiệm vụ KH&CN thường đạt lợi ích kép (nhiều lợi ích khác nhau).
Đối với tham nhũng nói chung, chúng ta có thể chia yếu tố vụ lợi thành 3 loại: lợi ích vật chất (tiền, vàng, nhà, đất…), quyền lực hành chính (chức vụ, quyền hạn…) và danh vị (học hàm, học vị, các hình thức khen thưởng). Mỗi loại chủ thể tham nhũng đều có những đặc điểm riêng và mục đích hướng tới những loại "lợi ích" khác nhau. Tham nhũng phổ biến trên thế giới và ở Việt Nam hiện nay chủ yếu là hướng tới lợi ích vật chất.
Trong việc thực hiện các nhiệm vụ KH&CN, mục đích hướng tới của các chủ thể bao gồm cả ba loại "lợi ích vật chất", "quyền lực", "danh vị". Ba loại này có mối liên hệ chặt chẽ với nhau.
Hiện nay theo quy định về tuyển chọn nhiệm vụ KH&CN, điều kiện để là chủ nhiệm đề tài, dự án phải là những người có học hàm, học vị nhất định (ví dụ, đối với nhiệm vụ cấp nhà nước, chủ nhiệm thường phải có học vị tiến sỹ trở lên). Việc thực hiện thành công nhiệm vụ trước sẽ là lợi thế trong việc tuyển chọn để thực hiện các nhiệm vụ tiếp theo và đó cũng là điều kiện thuận lợi trong việc xét thi nâng cao học vị hoặc cơng nhận học hàm. Điều 36 Luật KH&CN cịn quy định: “Những người có học vị tiến sỹ hoặc có cơng trình nghiên cứu KH&CN xuất sắc hoặc các giải thưởng cao về KH&CN được ưu tiên trong xét, bổ nhiệm vào các chức vụ khoa học cao”.
Trên thực tế, hệ quả của sự phân chia đẳng cấp hành chính trong tổ chức khoa học là những nhiệm vụ KH&CN do các cơ quan thực hiện cũng được xem xét giá trị tương đương với cấp của cơ quan đó theo cấp hành chính. Theo tiêu chuẩn phong giáo sư, phó giáo sư ở Việt Nam, nếu ứng viên thực hiện đề tài cấp nhà nước thì được tính điểm cao hơn so với khi thực hiện đề tài cấp cơ sở. Nghĩa là, việc đánh giá giá trị khoa học của đề tài được dựa theo cấp hành chính (Việt Nam là nước duy nhất trên thế giới đánh giá theo kiểu này). Ngoài ra, đề tài, dự án cấp càng cao thì đồng nghĩa với việc kinh phí nghiên cứu dành cho nó càng lớn. Báo chí trong nước nhiều lần nói về các quan chức làm chủ nhiệm nhiệm vụ KH&CN trên danh nghĩa và gọi họ là “cai đầu dài” trong khoa học, nhưng trong một số trường hợp cụ thể, số tiền có thể tham nhũng được chưa phải là quan trọng nhất bởi vì khoản kinh phí cấp cho các đề tài, dự án khơng đáng kể gì so với các khoản bổng lộc mà họ có thể tìm kiếm được qua các chức vụ của mình. Đề tài, dự án ấy chỉ có ý nghĩa "trang sức" cho chức vụ, hơn nữa là cơ sở để tính điểm phong giáo sư và phó giáo sư... [89]. Các chức danh này có thể kéo dài thời gian công tác, quản lý đơn vị nếu được đơn vị "mời" và có nhu cầu. Đó cũng là nguyên nhân sâu xa của hiện tượng các nhà khoa học tìm mọi cách để kiếm được đề tài cấp càng cao càng tốt.
Cơ chế hiện nay cũng cho thấy, đối với các hệ thống cơ quan quản lý nói chung và tổ chức KH&CN nói riêng, điều kiện bổ nhiệm đối với các chức vụ, vị trí lãnh đạo thường phải có học hàm, học vị nhất định (theo từng cơ quan, tổ chức và vị trí cụ thể). Ví dụ, ngành nội vụ hiện nay đang dự thảo quy định một trong những tiêu chuẩn xét bổ nhiệm lãnh đạo các sở là phải có bằng tiến sỹ [50]. Cơ chế này về nguyên tắc là phù hợp bởi những vị trí, trọng trách nhất định địi hỏi phải có trình độ và những kiến thức tương ứng. Tuy nhiên, nó cũng tạo ra một áp lực trong việc phấn đấu của cán bộ. Trong một số trường hợp, áp lực ấy cũng là tiền đề để nảy sinh tiêu cực.
Đã có hiện tượng một số nhà khoa học đã bỏ phần lớn thì giờ để tìm kiếm các đề tài cấp càng cao, kinh phí càng nhiều càng tốt với mục đích lấy đó làm chi phí để mua thiết bị chủ yếu phục vụ cá nhân, nhận nhiều nghiên cứu sinh để thực hiện một số nội dung nghiên cứu trong đề tài, "sản xuất" các bài báo đăng trên các tạp chí với "chỉ số ảnh hưởng" càng cao càng tốt. Kết quả thực hiện và số lượng các bài báo lại được dùng như một thành tích để tiếp tục xin kinh phí cho các đề tài, dự án khác, tạo thành một vòng luân chuyển trong suốt cuộc đời nghiên cứu khoa học. Cứ như thế, con đường thăng chức càng rộng mở, danh tiếng càng bay xa [57].
Có thể khái quát mối liên quan của các yếu tố vụ lợi trong việc thực hiện các nhiệm vụ KH&CN như sau: Tham nhũng để có lợi ích vật chất (tiền, tài sản…); có danh (điều kiện nâng cao học hàm, học vị, khen thưởng, thuận lợi để tiếp tục thực hiện nhiệm vụ khác…). Khi có danh thì có điều kiện để được bổ nhiệm, đề bạt (quyền lực hành chính). Khi có quyền lại có cơ hội để tham nhũng "vật chất" và "danh". Tất nhiên nói như vậy khơng có nghĩa là mục đích của các hành vi tham nhũng trong nghiên cứu khoa học đều hướng tới tất cả các lợi ích nêu trên. Có thể một hành vi chỉ nhằm hướng tới 1 hoặc 2 hình thức lợi ích nhất định. Tuy nhiên, các yếu tố lợi ích đều có mối liên quan chặt chẽ với nhau, được hình thành bởi hệ thống cơ chế quản lý mà không
phụ thuộc vào ý thức chủ quan của chủ thể. Do vậy yếu tố "lợi" của tham nhũng trong việc thực hiện các nhiệm vụ KH&CN nên được xem xét và nhận định là lợi ích kép.