Những nhân tố về điều kiện tự nhiên bao gồm: Điều kiện đất đai, thời tiết, khí hậu, nguồn nước, rừng, khống sản và các yếu tố sinh học khác…có ảnh hưởng rất lớn đến phát triển nông nghiệp bền vững, nhất là đối với các nước có trình độ cơng nghiệp hóa cịn thấp.
Các nhân tố về điều kiện tự nhiên có tác động trực tiếp tới việc hình thành, vận động biến đổi ngành nông nghiệp. Trong các nội dung của nông nghiệp phát triển bền vững đều chịu ảnh hưởng của các điều kiện tự nhiên. Môi trường sản xuất nông nghiệp cũng do yếu tố tự nhiên quy định. Mỗi vùng nơng nghiệp lại có đặc điểm tự nhiên riêng, do đó đặc điểm về kết cấu xã hội cũng có cái riêng, vùng núi khác vùng đồng bằng…
Điều kiện tự nhiên có ảnh hưởng khá lớn đến phát triển kinh tế. Ở những địa phương thuần nơng, nơng nghiệp là ngành có tỷ trọng lớn và ảnh hưởng rất lớn đến các ngành khác. Các vùng kinh tế có điều kiện tự nhiên khác nhau, do đó quy mơ của các ngành kinh tế (nơng nghiệp, công nghiệp, xây dựng) và trong nội bộ ngành nơng nghiệp cũng khác nhau. Điều đó được thể hiện rõ nét trong cơ cấu kinh tế nông nghiệp giữa các vùng đồng bằng, trung du, miền
núi. Vùng có điều kiện tự nhiên thuận lợi có thể phát triển những ngành có lợi thế hơn so với những ngành khác và ngược lại. Đó là cơ sở tự nhiên để phát triển, khai thác các lợi thế so sánh của vùng. Nếu không căn cứ vào điều kiện tự nhiên để xây dựng chiến lược phát triển nơng nghiệp thì nơng nghiệp sẽ phát triển khơng bền vững.